d******1
发帖数: 709 | 1 【 以下文字转载自 Boston 讨论区 】
发信人: santa2009 (santa), 信区: Boston
标 题: 羊穿microarray 发现8号染色体多了一点点怎么办？
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 10 19:34:30 2014, 美东)
高龄产妇， 二胎，等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
心，在18周时做了一个羊穿，自己掏腰包加选了microarray （这个查得更细，不加选
这个就是普通的羊穿）。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了8号染色体
上多了一小块（8p23.1), 大小大约0.73Mb。
下面是报告的原文， 觉得写的有点模糊：
No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain
significance was identified: a heterozygous copy number gain of 0.73 Mb on
8p23.1 (10,875, 772-11... 阅读全帖 |
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s*******9
发帖数: 177 | 2 高龄产妇， 二胎，等明年生产时已经39了。虽然maternity T21 结果正常（要求做NT
， 没让）， 但还是决定做一个羊穿。
见了genetic counselor，她先说羊穿实际上的risk比文献上的要小，还说了什么不同
研究的统计方法不同什么的。接着她有话锋一转，意思是说maternity T21正常， 羊穿
没什么必要做。她说羊穿也只是排一排23对染色体，看有没有少和多。说关心的是21，
18 和13体， 其它体有问题会自然淘汰的。说cell-free DNA 就是测21， 18和13体的
并且准确度非常高。我忘了说准确度高达99.3%的只是21体， 18和13体可能只有80%的
准确度.她说羊穿不比cell-free DNA 提供的信息多多少， 那我问为什么都说羊穿是
diagnostic 的， 她狡辩的回答那是screening 发现了有问题才用它来diagnose。
看到我真的想做， 她又说上次来做maternity T21时告诉过你羊穿有两种吗？ 一种就
是普通的羊穿， 就是排一排染色体， 她又强调像这个普通的羊穿，做cell-free DNA
来代替可能就够了。... 阅读全帖 |
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s*******9
发帖数: 177 | 3 高龄产妇， 二胎，等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
心，在18周时做了一个羊穿，自己掏腰包加选了microarray （这个查得更细，不加选
这个就是普通的羊穿， 心想既然反正做羊穿要扎一针的， 还不如就这个机会做的全面
一些）。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了8号染色体
上多了一小块（8p23.1), 大小大约0.73Mb。
下面是报告的原文， 觉得写的有点模糊：
No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain
significance was identified: a heterozygous copy number gain of 0.73 Mb on
8p23.1 (10,875, 772-11,603,171): MIR598,XKR6,MTMR9,SLC35G5,TDH,C8orf12,
FAM167A,BLK,LINC00208, GATA4 (partial).
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s*******9
发帖数: 177 | 4 高龄产妇， 二胎，等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
心，在18周时做了一个羊穿，自己掏腰包加选了microarray （这个查得更细，不加选
这个就是普通的羊穿， 心想既然反正做羊穿要扎一针的， 还不如就这个机会做的全面
一些）。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了8号染色体
上多了一小块（8p23.1), 大小大约0.73Mb。
下面是报告的原文， 觉得写的有点模糊：
No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain
significance was identified: a heterozygous copy number gain of 0.73 Mb on
8p23.1 (10,875, 772-11,603,171): MIR598,XKR6,MTMR9,SLC35G5,TDH,C8orf12,
FAM167A,BLK,LINC00208, GATA4 (partial).
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s*******9
发帖数: 177 | 5 高龄产妇， 二胎，等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
心，在18周时做了一个羊穿，自己掏腰包加选了microarray （这个查得更细，不加选
这个就是普通的羊穿， 心想既然反正做羊穿要扎一针的， 还不如就这个机会做的全面
一些）。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了8号染色体
上多了一小块（8p23.1), 大小大约0.73Mb。
下面是报告的原文， 觉得写的有点模糊：
No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain
significance was identified: a heterozygous copy number gain of 0.73 Mb on
8p23.1 (10,875, 772-11,603,171): MIR598,XKR6,MTMR9,SLC35G5,TDH,C8orf12,
FAM167A,BLK,LINC00208, GATA4 (partial).
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s*******9
发帖数: 177 | 6 高龄产妇， 二胎，等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
心，在18周时做了一个羊穿，自己掏腰包加选了microarray （这个查得更细，不加选
这个就是普通的羊穿， 心想既然反正做羊穿要扎一针的， 还不如就这个机会做的全面
一些）。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了8号染色体
上多了一小块（8p23.1), 大小大约0.73Mb。
下面是报告的原文， 觉得写的有点模糊：
No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain
significance was identified: a heterozygous copy number gain of 0.73 Mb on
8p23.1 (10,875, 772-11,603,171): MIR598,XKR6,MTMR9,SLC35G5,TDH,C8orf12,
FAM167A,BLK,LINC00208, GATA4 (partial).
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s*******9
发帖数: 177 | 7 高龄产妇， 二胎，等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
心，在18周时做了一个羊穿，自己掏腰包加选了microarray （这个查得更细，不加选
这个就是普通的羊穿， 心想既然反正做羊穿要扎一针的， 还不如就这个机会做的全面
一些）。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了8号染色体
上多了一小块（8p23.1), 大小大约0.73Mb。
下面是报告的原文， 觉得写的有点模糊：
No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain
significance was identified: a heterozygous copy number gain of 0.73 Mb on
8p23.1 (10,875, 772-11,603,171): MIR598,XKR6,MTMR9,SLC35G5,TDH,C8orf12,
FAM167A,BLK,LINC00208, GATA4 (partial).
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s*******9
发帖数: 177 | 8 高龄产妇， 二胎，等明年生产时已经39了.先做了maternity T21 plus正常。觉得不放
心，在18周时做了一个羊穿，自己掏腰包加选了microarray （这个查得更细，不加选
这个就是普通的羊穿， 心想既然反正做羊穿要扎一针的， 还不如就这个机会做的全面
一些）。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了8号染色体
上多了一小块（8p23.1), 大小大约0.73Mb。
下面是报告的原文， 觉得写的有点模糊：
No diagnostic copy number were observed, however, one variant of uncertain
significance was identified: a heterozygous copy number gain of 0.73 Mb on
8p23.1 (10,875, 772-11,603,171): MIR598,XKR6,MTMR9,SLC35G5,TDH,C8orf12,
FAM167A,BLK,LINC00208, GATA4 (partial).
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t*d
发帖数: 1290 | 9 biological replicates 不一定比 technical replicates 更有意义。有些时候我们就
是希望知道technical replicates 的variation。
比如有人想做基因表达普，找差异表达的基因。一般现在第一个问题就是用microarray
还是 RNA-seq。如果目的是找差异表达基因，那么variation between technical
replicates 直接影响到 statistical power。如果同样两份细胞，通过 RNA-seq 流程
做出来（包括建库）的variation 比通过 microarray 流程做出来的variation 大，那
就是用microarray 做更好了。
那种之比较不同 lane 之间的 variation 对生物学家来说，没有什么现实指导意义。
另外，现在不少人认为 RNA-seq 成本已经将下来，和microarray 差不多了。可是这个
成本的下降是通过barcode multiplex 来实现的的。所以要比较 RNA-seq 和
microarray，最好能在同成本的条件下比。 |
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s******m
发帖数: 137 | 10 帮朋友询问下有关于CGH(Comparative genomic hybridization) microarray用于胎儿
基因缺陷诊断检查的问题，到医疗版和宝宝版搜了下都没有任何相关内容，就先发到本
版了，请知道相关信息的帮忙，有包子答谢。
我朋友是B超(NT ultrasound)的值很高，约了genetic counsellor，按照建议做羊水穿
刺检查宝宝的染色体。最早说的程序是羊穿后先有一个快速检查（rapid result）可以
排除唐氏综合症，然后还有一个详细报告（final report）可以看全部46条染色体的形
态。医生举例就是是不是明显长一截短一截什么的。这些都正常就做microarray进行
detail gene testing。前天快速检查结果出来，排除了21 18 13 和性别染色体的异常
，昨天他们的医生紧急又约谈了一次说不想做那个染色体的final report了，建议直接
去做CGH microarray。当时说染色体final report能查出的问题CGH microarray全部都
能查，可以节省时间不做重复工作，弊端就是microarray... 阅读全帖 |
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s******m
发帖数: 137 | 11 帮朋友询问下有关于CGH(Comparative genomic hybridization) microarray用于胎儿
基因缺陷诊断检查的问题，到医疗版和宝宝版搜了下都没有任何相关内容，就先发到本
版了，请知道相关信息的帮忙，有包子答谢。
我朋友是B超(NT ultrasound)的值很高，约了genetic counsellor，按照建议做羊水穿
刺检查宝宝的染色体。最早说的程序是羊穿后先有一个快速检查（rapid result）可以
排除唐氏综合症，然后还有一个详细报告（final report）可以看全部46条染色体的形
态。医生举例就是是不是明显长一截短一截什么的。这些都正常就做microarray进行
detail gene testing。前天快速检查结果出来，排除了21 18 13 和性别染色体的异常
，昨天他们的医生紧急又约谈了一次说不想做那个染色体的final report了，建议直接
去做CGH microarray。当时说染色体final report能查出的问题CGH microarray全部都
能查，可以节省时间不做重复工作，弊端就是microarray... 阅读全帖 |
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d****9
发帖数: 517 | 12 有个compound, 可以激活both humoral and cell-mediated immune responses，但是
不知道机理，想做一个protein microarray for immune response (cytokine,
chemokine, DC maturation marker, etc.,)
对这个领域非常不了解，不知道protein microarray可不可行，还是必须用gene
microarray。可以推荐个microarray，给点建议吗？多谢！ |
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z********o
发帖数: 137 | 13 cell culture
我也不知道kd的效率怎么回事，我qPCR和WT做的kd的效率都很高的，但是上了
microarray和RNAseq kd效率就只有～50%。我觉得我一步步做的很小心仔细了（我有点
完美主义似的强迫症），但是microarray和RNAseq结果就是没什么变化。我个人都怀疑
这个课题的方向是不是存在问题，但是老板和实验室的人现在都揪着这个kd的效率，说
microarray和RNAseq测的效率只有～50%，这个效率不足以引起变化，所以我的RNAseq
和microarray的结果很flat。 |
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h********u
发帖数: 531 | 14 是的啊！我做羊穿前仔细听了genetic counselor关于microarray的描述，有时候
microarray查出染色体有片断异常，但是23对整体不受影响，这个染色体片断异常现在
医学没法解释孩子会有什么问题。不知道我这么理解对不对，MM？谢谢啊！
我家娃已经10个月了哈，纯属好奇，呵呵。。因为我上面说的原因，我没有做
microarray，省得查出点啥不能解释的问题，我一辈子都睡不着了。。
DNA |
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s*******9
发帖数: 177 | 15 你的保险公司也包 microarray吗？ 能说说你问什么要做amnio 加microarray 吗？我
的counselor 说maternity T21没什么问题， 她很难像保险公司解释要cover
microarray 这部分。羊穿可以cover。
关于NT， 我要求了要做， 即使当时我气鼓鼓的，人家也不给开单子。说是多余的。我
也拿她没办法。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 16 我现在在做这个，也在摸索。所以随便讲讲。
我们现在做的是比较treatment以后，基因表达的变化。microarray找出了好几百个基
因。所以我先用 GSEA 做了一个pathway/geneset analysis，看看那个pathway/
geneset 显著的变化了。然后从几个感兴趣，又显著的pathway/geneset中，找出那些
表达变化比较大的基因，用q－PCR，western，immunohistochemistry验证。然后和已
经发表的文献联系联系，扯上几句。比如A基因和细胞增殖有关，我的处理也和增殖有
关，但是A基因和我的处理的关系没有被报道，这样我在discussion里讨论讨论，把他
们联系起来。当然，如果条件许可，进一步做一些 gain of function 和 loss of
function 的实验，就更好了。做 GOF 和 LOF 比较费时，所以多看看文献，再决定哪
个基因的变化更可能有表型。这个时候你自己的 microarray 数据帮不上太多的忙，需
要你的专业知识，别人的报道，别人的 microarray 数据 （比如有人做过的有临床数
据 |
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h*****g
发帖数: 42 | 17 目前的microarry studies更关注false positives，是因为通常统计分析能提供大量的
candiate genes。
可还有另外一种情况，统计分析（比如ttest＋FDR control)无法得到任何基因或很少
的基因，这时false negatives应该很高吧。一个true positive在什么情况下会被
microarray整成false negative呢？是否和这个true positive的在细胞内的表达水平
有关系？拍脑袋想想，低表达的true positive很可能成为false negative，因为在
microarray的信号和noise差不多。那高表达的true positive会怎么样呢？
网上搜了一圈，很少有专门讨论microarray false negative的，至于和true positive
的expression level有啥关系就更不清楚了。大家有何高见？ |
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h*****g
发帖数: 42 | 18 目前的microarry studies更关注false positives，是因为通常统计分析能提供大量的
candiate genes。
可还有另外一种情况，统计分析（比如ttest＋FDR control)无法得到任何基因或很少
的基因，这时false negatives应该很高吧。一个true positive在什么情况下会被
microarray整成false negative呢？是否和这个true positive的在细胞内的表达水平
有关系？拍脑袋想想，低表达的true positive很可能成为false negative，因为在
microarray的信号和noise差不多。那高表达的true positive会怎么样呢？
网上搜了一圈，很少有专门讨论microarray false negative的，至于和true positive
的expression level有啥关系就更不清楚了。大家有何高见？ |
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w*****y
发帖数: 1201 | 19 两个重复，有一个不work，连mean都没有，这样的结果还能可信，
现在RNA-seq的价格和非模式物种的microarray，价格基本相近，microarray的灵敏度
要差好多。
Nimblgen已经cut掉做非模式生物的microarray department了。 |
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w*****y
发帖数: 1201 | 20 两个重复，有一个不work，连mean都没有，这样的结果还能可信，
现在RNA-seq的价格和非模式物种的microarray，价格基本相近，microarray的灵敏度
要差好多。
Nimblgen已经cut掉做非模式生物的microarray department了。 |
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m******p
发帖数: 67 | 21 Need to do microarray experiment. will do 16 samples using Affymetrics Mouse
Gene 2.1 ST 16-Array Plate for 16 samples.
Company 1: $475 per samples including everything.
Company 2: $200 per samples including everything, except microarray. The
array is $3000 according to Affymetrics quote.
Are these prices OK? Do you have a recommendation for a good company that
does microarray?
Thank you very much! |
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z********o
发帖数: 137 | 22 苦命人，严重怀疑课题方向存在问题，但是还是不得不做呀！knockdown之后RNAseq
，microarray结果都非常flat。后来老板非要上了ChIPseq，结果也是不太理想。自己
不会分析，分析的人就说有几个peaks很强，挑出来了，但是这几个target在RNAseq和
microarray里根本就没变化或者没被测到。懂的朋友能解释一下吗？
我老板从来不来实验室，跟别说做实验。估计文献都只看个标题，最多摘要。而且
还是那种给他一颗沙，他能意淫出一座金矿的人。我这个课题根据就是，人家两百多页
的专利上一堆microarray结果，列了个表说我现在做的这个东西跟一种cancer的预后不
良有关。实际上写这个专利的大牛实验室发了无数文章中从来没有提及这个蛋白。我老
板就东扯西拉，找了个人帮他做了些初始数据申请了一个州内的grant。那些初始数据
很不严谨的，其中一张WT图怎么看怎么像造假，没有内参，我做出来的跟此有很大出入
。感觉就是故意把想要的结果调强，不想要的调弱。我进了实验室后，就没听说我老板
还能跟他这位“朋友”取得联系，email人家根本就不理，打电话也不接。... 阅读全帖 |
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w***g
发帖数: 712 | 23 Identifying Interactions
To detect interactions at microarray features, scientists must label the test
sample in such a way that an appropriate instrument can recog- nize it. Since
the minute size of microarray fea- tures limits the amount of material that c
an be located at any feature, detection methods must be extremely sensitive.
Other than a few low-end systems that use radioactive or chemiluminescent tag
ging, most microarrays use fluorescent tags as their means of identification,
These l |
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R******3
发帖数: 121 | 24 今天跟生物一个教授聊天，他说现在几乎没人用microarray了，全部switch to RNA-
seq 了。
那现在还在做microarray data analysis的statistician岂不是在瞎耽误功夫？
话说现在还有很多top journal 上能看到microarray的文章的。。。
困惑。。。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 25 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: medIT (medIT), 信区: Biology
标 题: Great summer intern opportunity for microarray data analysis
发信站: BBS 未名空间站 (Sat May 5 12:30:06 2007)
我本来已经拿到这个offer，但因为个人原因不能去了，昨天刚和HM电话里说了，因为
时间比较紧，所以他让我refer个人给他，他同时也在当地找。此intern的salary是$25
/h, 公司提供一次性$2,500的relocation and housing fee.有microarray或bioinfo经
验的在校学生有对此位置感兴趣的，请尽快跟我联系，并附上你的RESUME和联系方式。
我会尽快和你联系。我的email是b****[email protected]
下面是job description:
US-CA-Mountain View-Summer Intern
Status: Full Time, Employee
Job Category: Biote |
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s*********e
发帖数: 399 | 26 http://laboratories.sequenom.com/maternit21plus/prenatal-test-i
cell free准确性实际已经超过羊穿。 但是羊穿已经通过fda （做过clinical trial),
所以羊穿是所谓诊断。 cell free 如果也要通过fda, 需要做clinical trial, 费钱费
力， 主要是费时。 illumina的verifi test(基本和maternity21一样）应该在准备提
交fda，但是估计也要一年以上的时间了。
至于21，18 13的准确性，如上面链接，都是99以上，不存在80的问题。而羊穿，最高
不过99.
microarray或者其他测序的问题是可能找出一下特殊的基因情况， 学术上可以叫
polymorphism. 比如我们头发是黑色的，白人很多是金色的。这个可能是一个位点的不
同，但是两种都正常。 头发颜色的基因是已知的，而人类2万多基因中，很多是未知的
。 如果查到一个不同点，可能文献根本没有记载，或者没有研究清楚。 这样的情况下
，不能判断这个不同点会致病，还是简单的polymorphism,只... 阅读全帖 |
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R*********i
发帖数: 7643 | 27 作为14年前的microarray lab毕业的遗传硕士我完全同意genetic counselor的观点。
microarray可能会有未知的发现，徒增烦恼。当然我改行了，没有全面跟进最新成果。
三年前我自己做CVS的时候没有cell-free DNA test的选择，否则我会做cell-free DNA
test。如果正常就不做别的了。另外我做CVS的时候要了一个FISH，两天就知道初步结
果了，能早点放心。
至于为什么羊穿是诊断性的。cell free是根据母亲血清里胎儿DNA片断推测的各染色体
相对含量。模建得非常准确，但是这个方法是间接的。而羊穿是直接获取羊水里胎儿脱
落的细胞培养的。在显微镜下看到的是胎儿的一条条染色体。羊穿万一出错一般是因为
样品污染了或者是弄混了。 |
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p****p
发帖数: 540 | 28 如果钱不是问题，cell free dna当然好了，就是母亲抽血提取胎儿dna，没任何风险。
保险报不报不好说，因为这是新技术，保险公司能不报当然推脱了。
羊水穿刺和cell free dna目的都是得到dna。
microarray就是检查基因，传统羊水穿刺得到dna后就显微镜下看看，没到基因这一步
，当然羊水穿刺得到dna也可以做microarray。数数染色体可以判断唐氏等 有限的几种
严重疾病，查基因可以了解更多疾病。
补充一句，这些检查主要目的还是检查唐氏什么的严重疾病，其他即使有问题也不太会
打胎，其实查其他小毛病也不着急。这个cell free dna目前对大众来说最大意义在于0
风险查唐氏。小孩子查基因出生后随时可抽血查。
NT |
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m**********2
发帖数: 2646 | 29 顶一下这个，你现在几周，做了普通的血检B超那些了么，抛开M２１的结果，你的唐氏
几率是多少？
羊穿本身还有风险呢，如果你真要做，真的没有必要microarray，就像楼上的回复，知
道的太多未必是好事，尤其是很多突变，医生们都不知道有什么影响，你只会越想越乱
，你做个microarray，得益更多的是科研（他们需要很多人的数据来发现新东西），对
你个体来说可能提供不了比普通羊穿多的有用信息
), |
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w****e
发帖数: 93 | 30 高龄产妇35+。先做了maternity T21 plus正常。觉得不放心，在18周时做了一个羊穿
，自己掏腰包加选了microarray 。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了X
(xp22.33)和Y (Yp11.23)染色体PAR1 (pseudoautosomal) 区
上多了一小块, 大小大约0.31M。X,Y染色体的PAR1是SHOX 基因，这个基因的扩增是引
起矮小症ISS (Idiopathic short stature ) 和LWD (软骨生成障碍）的原因。但正常
身高人的染色体里也会发现有这种扩增。
报告说我本人也有这个染色体增扩，所以这个增扩是遗传我的，不是孩子原生的。我的
情况是，身高不高但也算正常158cm，孩子他爹172cm. 小时候爸妈是说过我有好动症，
腿脚没劲，走走就瘫了，但大了也没有什么大问题，除了人容易疲劳之外，还算健康。
Genetic counselor问了我家族的身高，然后就说我是家族型矮小，说这个孩子以后很
可能个子不高，但也不至于不正常。她还说这个是染色体增扩（Gain) 不是缺失（
deletion), 不是那么糟... 阅读全帖 |
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T*****n
发帖数: 897 | 31 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Biology
标 题: microarray及real time PCR发现了一些基因表达降低,但却不能用WB及ELISA证明怎么办？
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Mar 23 21:00:10 2012, 美东)
我们做microarray发现了一些基因表达降低，随后用real time PCR 也得到确认。但我
们试图用western blot及ELISA的方法去证明蛋白表达也降低时却遇到麻烦，因为
western和ELISA显示蛋白表达正常。有点想不通。大家遇到过这样的情况吗？ |
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w*****i
发帖数: 64 | 32 本人在医院实验室工作每个星期都给发育迟缓和异常新生儿病人做microarray和出分析
报告草稿（实验室主任定稿），可以试着回答一下问题。
问：“现在担心的是如果父母的microarray结果都正常，fetal echo 也正常， 那该怎
么办？
要还是不要？8号上多一小块染色体对小孩以后的智力，身体健康，成长和发育有什么
影响？8号染色
体有都大？有多少Mb？正常的人群中也可能会有染色体的microduplication 和
microdeletion吗？ 也就是说， 是不是只要有microduplication 或microdeletion，
不管多小或在什么位置， 多多少少都有一些负面的影响？还是有的 microduplication
或microdeletion根本就没什么影响？请懂基因和遗传的大侠们来指导指导。”
答：一般情况下，父母至少一方应该有这个异常，de novo（原发）的情况较少见，但
是不代表没有。不懂fetal echo是什么？“要不要”这个问题没有人会给答案，只有父
母可以决定。
variant of uncertain significance(VOUS)这... 阅读全帖 |
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c********g
发帖数: 2075 | 33 我知道的几个经常做microarray的实验室都是都是出钱让公司分析。以前microarray刚
出来的时候还是自己分析的，不过需要有reference的database。 |
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y***i
发帖数: 11639 | 34 Primary cell的microarray general intensity 比起 cell line 明显低，虽然之前检
测过RNA (量，蛋白，降解)。microarray 的 Quality Criteria 都过了。
两个问题：
1。 这种情况下可以用normalization然后对比两者的表达么
2。 什么因素可能造成这种情况？实验中得buffer用的是一样得。 |
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p*n
发帖数: 34 | 35 以前看到版上有人提到NGS会取代DNA microarray成为下一代高通量技术的主流，但是
有一个问题我一直不大理解，microarray主要得到的是expression level的信息，而
sequencing得到的是DNA序列信息，这两个并不构成竞争关系，后者如何取代前者呢？
粗浅理解，欢迎牛人拍砖 |
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s******m
发帖数: 137 | 36 谢谢，看来这种microarray的结果大家还都是很信任的，但是如果只有90%的话，误诊
的可能性还是挺大的吧。她的医生上周介绍羊水穿刺的时候，说准确性是100%，他们非
常肯定这个羊水如果检查出有问题就一定有问题。所以我朋友总觉得要不是100% for
sure能准确诊断的话，如果检查结果说有什么毛病决定流产了，可是实际根本是正常的
就太可怕了。我不是搞生物的，可我的专业里也没有什么100%肯定的东西，都是有置信
区间的，所以我觉得100%的说法也不太靠谱，可是microarray的90%好像也还是低了点。
我还是想帮她看看专业研究的论文，清查站内，双黄包表示感谢。
MD |
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j*******n
发帖数: 8 | 37 用一套人源和一套鼠源（MEFs）针对我的target gene的knock out cell lines做了
microarray，结果已出来，但我对microarray后期的分析统计没有什么概念。
我想请问，如果想在做分析时想用Venn Diagram或者之类的生物信息学手段将两组结果
整合在一起，会不会因为一个入源一个是鼠源而带来麻烦？
非常感谢！ |
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z********o
发帖数: 137 | 38 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
起作用的？
还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
希望各位能人帮我分析下这些问题。谢谢呀！ |
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l***y
发帖数: 4671 | 39 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
功能，否则，应当以 WB 为准。
最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 40 我觉得microarray主要是做法比较统一, 而seq各实验室手法不一样, 还经常不做
repeat.
不过比如遇到alternative splicing这种, microarray作出来的表达量可能错误百出. |
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l******3
发帖数: 25 | 41 最近想建一个某基因高表达的细胞系，然后做microarray找一些该基因的关联基因，先
不谈这样找到的基因是否准确，单说建这个高表达的细胞系。
我能不能直接用慢病毒感染，然后做facs sorting？但是我想这样得到的population都
不是从一个单克隆来的，microarray的结果肯定相差很大。
我试着用pcDNA3.1做载体转细胞，然后用G418筛，但是转染效率不高（基因比较大，将
近7k），所以导致筛到后面克隆很少，因为用的细胞本身就长得很慢，所以仅有的几个
单克隆长了很久也没有长起来。
大家有没有什么好的建议呢？谢谢！ |
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s********n
发帖数: 2939 | 42 需要做一些high throughput protein identification, 刚接触这个领域，除了mass
spec外，是不是就是protein microarray？还有没有其他一些技术？
对protein microarray不了解，有没有这个方面公司的产品可以推荐？万望邻域专家不
吝赐教啊。 |
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t**h
发帖数: 82 | 43 最近，请我们学校microarray core（据称有１５年经验）做个Affymetrix microarray
比较正常小鼠和杂合子鼠（有表型）一组织的基因表达谱，他们用的是GeneChip®
Mouse Transcriptome Assay 1.0。结果只有１５个基因有差异（变化1.5倍以上）。请
教可能的原因。谢谢! |
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f*******a
发帖数: 671 | 44 我猜测这个chip的dynamic range很小。或者说虽然variation小，但是差异表达也被缩
小了，我做了7年实验都是microarray和sequencing为主的，这个chip浪费了我们2个
study的RNA.他家的Mouse Gene 2.0还不错。而且1.0数据分析的bioconductor资源也不
多，比430和2.0差很多。能做sequencing还是不要做microarray啦。 |
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w****e
发帖数: 93 | 45 高龄产妇35+。先做了maternity T21 plus正常。觉得不放心，在18周时做了一个羊穿
，自己掏腰包加选了microarray 。 普通的羊穿结果没问题，但是microarray 发现了X
(xp22.33)和Y (Yp11.23)染色体PAR1 (pseudoautosomal) 区
上多了一小块, 大小大约0.31M。X,Y染色体的PAR1是SHOX 基因，这个基因的扩增是引
起矮小症ISS (Idiopathic short stature ) 和LWD (软骨生成障碍）的原因。但正常
身高人的染色体里也会发现有这种扩增。
报告说我本人也有这个染色体增扩，所以这个增扩是遗传我的，不是孩子原生的。我的
情况是，身高不高但也算正常158cm，孩子他爹172cm. 小时候爸妈是说过我有好动症，
腿脚没劲，走走就瘫了，但大了也没有什么大问题，除了人容易疲劳之外，还算健康。
Genetic counselor问了我家族的身高，然后就说我是家族型矮小，说这个孩子以后很
可能个子不高，但也不至于不正常。她还说这个是染色体增扩（Gain) 不是缺失（
deletion), 不是那么糟... 阅读全帖 |
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D***e
发帖数: 44 | 46 手头的KO小鼠一直没做出来任何预设的结果。现在考虑把WT和KO去进行一下在做组织的
蛋白/基因表达分析，想看看可能的pathways和相关的蛋白表达是否有变化（如一些比
较关心的蛋白家族）。懂行的人说说这个思路靠谱不？靠谱的话，该用Microarray，
RNA-Seq还是DGE？已海归在国内，问了些公司，他们的销售都讲不清楚，有推荐
Microarray的，也有大力鼓吹RNA-Seq的。我以前没接触过这一块。其实我的诉求很简
单，就是做不下去了不想浪费，想扩大范围撞撞运气，但这个范围还是在我划定的一块
里面，而上述的测序之类看起来很庞杂的样子，不确定是否为我想要的。而且后期的数
据我不确定公司是否会分析到位。
如果有感兴趣的高手帮助我一起进行分析，可以给劳务费，也可以选择合作文章挂名。 |
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w***g
发帖数: 712 | 47 The PotentiaL of Microarray AnaLysis
The future contains even more promise. "Microarray technology will be as revo
lutionary to life science research as PCR technology, with an even bigger mar
ket potential," says Walter Tian, business development manager in charge of m
icroarrays at Boston-based NEN Life Sci- ence Products. "Our own analysis and
that of others suggest that this market can go over $1 billion in five years,
including chips, other con- sumables, and instruments. We're talking abou |
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w***g
发帖数: 712 | 48 Using Microarrays
Identifying drug targets provided the initial mar- ket for the microarrays. A
good drug target has extraordinary value for developing pharmaceuti- cals. By
comparing the ways in which genes are expressed in a normal and diseased hear
t, for example, scientists might be able to identify the genes - and hence th
e associated proteins - that are part of the disease process. Researchers cou
ld then use that information to synthesize drugs that interact with these pro
teins, thus re |
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d********m
发帖数: 3662 | 49 没听说过microarray, biochip？ |
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j****n
发帖数: 1 | 50 My advisor asked me to help hime get a new graduate student.
Name: University of Missouri-Columbia
Department: Animal Science
Direction: Using Microarray to investigate some phisiology problem
Requirement: Major in Biology, good at statistics, know something about
computer science.
Good aspect: people are very nice in the lab.
Possible not so good aspects: normal University, not an famous lab
If you are really interested in this ( will stay at least two years for a
Master) and think you are qual |
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