e********r
发帖数: 147 | 1 我们最近的实验发现细菌的一个合成酶基因会受盐胁迫诱导。当把其上游一个kinase基
因突变后，Northern做出来这个合成酶的转录上调没受影响，依然被盐诱导，而且诱导
量也没变。但用Western检测却发现，在kinase基因的突变体里，这个合成酶的蛋白量
和野生型相比要少很多。
我们猜测kinase调控合成酶基因的表达，但不是影响其转录，而是影响其转录后的过程
或者翻译的过程。
然而，影响转录后mRNA代谢和影响蛋白翻译的因素实在太多，如果再往下分析调控机理
的话，各位认为应该走哪条策略比较靠谱呢？总不能所有的可能性，比如mRNA稳定性、
ribosome结合位点什么的都去试一遍吧，那可真没完了，呵呵。 |
a****o
发帖数: 1786 | 2 since mRNA level does not change, it is unlikely the stability of mRNA is
the cause. it is more likely to be translation efficiency or protein
stability changed. I suggest you to check the association of ribosome with
this mRNA first, then check if protein level is higher in a protease
deficient strain, another thing you can check is the de novo synthesis of
mRNA by ChIP. maybe only newly synthesized mRNA can be translated. Good
luck! |
e********r
发帖数: 147 | 3 Many thanks, good suggestions. It seems a lot of work to be done.
【在 a****o 的大作中提到】
: since mRNA level does not change, it is unlikely the stability of mRNA is
: the cause. it is more likely to be translation efficiency or protein
: stability changed. I suggest you to check the association of ribosome with
: this mRNA first, then check if protein level is higher in a protease
: deficient strain, another thing you can check is the de novo synthesis of
: mRNA by ChIP. maybe only newly synthesized mRNA can be translated. Good
: luck!
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b******n
发帖数: 4225 | 4 你们的抗体现在work了？
【在 e********r 的大作中提到】
: 我们最近的实验发现细菌的一个合成酶基因会受盐胁迫诱导。当把其上游一个kinase基
: 因突变后，Northern做出来这个合成酶的转录上调没受影响，依然被盐诱导，而且诱导
: 量也没变。但用Western检测却发现，在kinase基因的突变体里，这个合成酶的蛋白量
: 和野生型相比要少很多。
: 我们猜测kinase调控合成酶基因的表达，但不是影响其转录，而是影响其转录后的过程
: 或者翻译的过程。
: 然而，影响转录后mRNA代谢和影响蛋白翻译的因素实在太多，如果再往下分析调控机理
: 的话，各位认为应该走哪条策略比较靠谱呢？总不能所有的可能性，比如mRNA稳定性、
: ribosome结合位点什么的都去试一遍吧，那可真没完了，呵呵。
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e********r
发帖数: 147 | 5 呵呵，好记性，是另外一个基因。仁兄有何建议？
【在 b******n 的大作中提到】
: 你们的抗体现在work了？
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I***a
发帖数: 13467 | 6 凡是能想到的跟他们相关都可以检测一下，
特别是一些能跟mRNA结合的蛋白 |
e********r
发帖数: 147 | 7 汗......就怕这样搞啊，呵呵。在我们这个细菌里，绝大部分能与mRNA结合的蛋白还都
不知道（整体研究水平比E. coli差老远了），而且也没现成的抗体什么的......
【在 I***a 的大作中提到】
: 凡是能想到的跟他们相关都可以检测一下，
: 特别是一些能跟mRNA结合的蛋白
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