d**b
发帖数: 1286 | 1 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
（consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
$250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
的计划是
￥5,000）。
这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
Illumina
Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
（PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
quantum dot technology，Oxford Nanopore，IBM等等。
目前其中最主要的三家是是Illumina，SOLID和454。这里有篇综述主要介绍了他们的技
术比较 |
a****o
发帖数: 1786 | 2 先支持一下再细读
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
|
e****a
发帖数: 449 | 3 请问楼主背景？ 看起来有点像yy阿 呵呵
现在那些公司效益好么？？
如果熟悉这个领域 可以说说需要什么样的技术 有什么工种么？
我们都可以学习学习 |
t****p
发帖数: 1504 | 4 兄弟，不要什么东西看着都这么negative啊!世界上有哪个领域一踏进去就是钵满盆满
的？
【在 e****a 的大作中提到】
: 请问楼主背景？ 看起来有点像yy阿 呵呵
: 现在那些公司效益好么？？
: 如果熟悉这个领域 可以说说需要什么样的技术 有什么工种么？
: 我们都可以学习学习
|
a****o
发帖数: 1786 | 5 好文要顶
Helicos的市场和服务太滥了，不然情况不会这么糟糕，
不需要扩增就可以测序，不需要反转录就可以测序RNA， 都是很诱人的特色
同意4楼的评论，看到别人赚钱再跳进去就晚了
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
|
h********n
发帖数: 4079 | |
w******a
发帖数: 26 | 7 Agree with LZ, sequencing cost may not be a problem in the future. PacBio
claims to sequence the human genome with $100, GnuBio claims $30 in the
future. What will be the biggest problems are data analysis and
interpretation. A regular lab probably won't have the computing resources
for whole genome analysis, so people are talking about cloud computing and
offer a genome browser interface for users, like DNAnexus. Interpretation
is also a formidable task. There will be so many variants with un
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
|
e****a
发帖数: 449 | |
r****r
发帖数: 379 | 9 所以说生物学研究的模式可能会发生变化，group数目增加的速度会落后研究经费投入
的速度，但每个group产生的数据量会大大增加。传统的不懂得利用高通量研究方法的
group占绝对主导地位的现状会有所改变。
and
method
【在 w******a 的大作中提到】
: Agree with LZ, sequencing cost may not be a problem in the future. PacBio
: claims to sequence the human genome with $100, GnuBio claims $30 in the
: future. What will be the biggest problems are data analysis and
: interpretation. A regular lab probably won't have the computing resources
: for whole genome analysis, so people are talking about cloud computing and
: offer a genome browser interface for users, like DNAnexus. Interpretation
: is also a formidable task. There will be so many variants with un
|
p***a
发帖数: 6202 | 10 ding
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
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n********e
发帖数: 19 | |
e****a
发帖数: 449 | 12 我原来看到一个在大测序仪公司工作的人发的帖子 以一个从业者的身份 这些公司还算
稳定 不过很少opening对fresh 有也基本是关系户 待遇也一般 当然他是做生物信息的
所以参照是计算机的工作 一般这么有激情总结的 应该不是学生就是法考题吧 呵呵 |
d*******e
发帖数: 1649 | 13 这个方向确实发展很快
【在 e****a 的大作中提到】
: 我原来看到一个在大测序仪公司工作的人发的帖子 以一个从业者的身份 这些公司还算
: 稳定 不过很少opening对fresh 有也基本是关系户 待遇也一般 当然他是做生物信息的
: 所以参照是计算机的工作 一般这么有激情总结的 应该不是学生就是法考题吧 呵呵
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t*d
发帖数: 1290 | 14 一个行业刚刚兴起的时候，你觉得市场太小，没有去。一个行业已经成熟的时候，你发
现坑已经满了，也没有进去。
【在 e****a 的大作中提到】
: 我原来看到一个在大测序仪公司工作的人发的帖子 以一个从业者的身份 这些公司还算
: 稳定 不过很少opening对fresh 有也基本是关系户 待遇也一般 当然他是做生物信息的
: 所以参照是计算机的工作 一般这么有激情总结的 应该不是学生就是法考题吧 呵呵
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p******i
发帖数: 1092 | 15 好帖,頂
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
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v******s
发帖数: 51 | 16 收藏了，LZ写的很好，谢谢！
另外有人对链接里面的那个合肥安启生物科技有了解吗？
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
|
Y**I
发帖数: 444 | 17 跟贴吼一声。
有兴趣做NGS的，wetlab and bioinfo的同学们 站里给我投个条。
有NGS公司招人。 |
e****a
发帖数: 449 | |
L******e
发帖数: 679 | 19 楼住有很好的在测序方面的背景，很羡慕。
我是半路出家，但现在完全热爱上了这行。我的领域是关于个性化治疗方面的。基于测
序技术建立multiplex mutational profiling 方法。已经有一个整在交付检验科使用
。和moleculer pathologist 接触很多。其中就讨论到next generation 测序仪大量应
用后我们现在建立的方法还能用多久，我们现在的方法是基于经典测序法的。我的老板
是临床医生，他觉得至少还能用5年。但检验的的主任觉得next-generation用到临床还
会有很长时间。用到临床的东西必须是有很好地准确度和重复性，要经过很长时间的检
验。next-generation 最主要的问题是假阳性，是临床最不能接受的。一个例子就是
gene chip， 在美国是几乎不用于临床诊断的，虽然研究性试验室广泛应用（主任说的
，不知道对不对？），还有就是我们现在的方法能很直接的读出突变，不用分析序列。
据他们的说法一个专业的pathologist 是不会花过多的时间去读序列的，如果只为了几
百块钱。对于临床医生来说，只有出自一个‘CLIA'lab的有
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
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y*******o
发帖数: 236 | 20 我做microarray分析数据库的，NGS的数据接着也会进来。很关注这一行发展，觉得数
据分析处理这块会有一定市场，或者是个机会。有一同关注这一行的可以一起去喝咖啡
。 |
|
|
e****a
发帖数: 449 | 21 恩 数据分析这块还可以吧 其实很多生物医学领域是很有钱 也很多美国人学生物的在
做 很多工作也不错 问题是对于无身份的中国做实验的学生 大多很难找到出路 也不是
你聪明或者用功就可以找到工作的 碰巧挤到体制内的朋友应该多帮助大家找找路子 看
怎么样也能进去 这样业内中国人才会更多 |
L******e
发帖数: 679 | 22 I believe that the data analysis play a very important role in the next-
generation sequencer. As i mentioned that a pathologist do not want to waste
time in reading sequence results. I am thinking if hundreds of thousands of
sequence results were automatically analysed before they go to a
pathologist. Pathologist only need to pick up the final mutant results and
screen the one related to targeted therapy.
That need somebody to put all the normal sequence, SNP and mutation
information into the d
【在 y*******o 的大作中提到】
: 我做microarray分析数据库的，NGS的数据接着也会进来。很关注这一行发展，觉得数
: 据分析处理这块会有一定市场，或者是个机会。有一同关注这一行的可以一起去喝咖啡
: 。
|
e*n
发帖数: 1511 | 23 这个只需要一两个stats Ph.D把活干了就够了。
waste
of
【在 L******e 的大作中提到】
: I believe that the data analysis play a very important role in the next-
: generation sequencer. As i mentioned that a pathologist do not want to waste
: time in reading sequence results. I am thinking if hundreds of thousands of
: sequence results were automatically analysed before they go to a
: pathologist. Pathologist only need to pick up the final mutant results and
: screen the one related to targeted therapy.
: That need somebody to put all the normal sequence, SNP and mutation
: information into the d
|
g******n
发帖数: 9 | 24 搭车问一个问题。这几种NGS中，除了Helicos RNA-seq之外，还有哪些适合profile
unannotated genes, 比如novel的non-coding RNA/small RNA等。
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
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y*******o
发帖数: 236 | 25 只能做实验的前路很死，能行的话修个cs或是mathe学位吧，这么出来就根正苗红人家
指望你做bio-it了，不想碰bio也可以做it民工，学数学的话折腾点也能去finance混混。
【在 e****a 的大作中提到】
: 恩 数据分析这块还可以吧 其实很多生物医学领域是很有钱 也很多美国人学生物的在
: 做 很多工作也不错 问题是对于无身份的中国做实验的学生 大多很难找到出路 也不是
: 你聪明或者用功就可以找到工作的 碰巧挤到体制内的朋友应该多帮助大家找找路子 看
: 怎么样也能进去 这样业内中国人才会更多
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Y**I
发帖数: 444 | 26 NGS has higher error rate than Sanger, however, the deep sequencing (high
coverage) is capable of improving
it.
As matter of fact, a few private companies already provide "personal
sequencing", which is used by physicians
as reference for prescriptions (personal drugs). FDA actually is trying hard
to regulate these services by, for
example, implementing "prescription needed" policy for the service
providers when customers knock at the
doors.
Here comes an interesting question: what kinda physic
【在 L******e 的大作中提到】
: 楼住有很好的在测序方面的背景，很羡慕。
: 我是半路出家，但现在完全热爱上了这行。我的领域是关于个性化治疗方面的。基于测
: 序技术建立multiplex mutational profiling 方法。已经有一个整在交付检验科使用
: 。和moleculer pathologist 接触很多。其中就讨论到next generation 测序仪大量应
: 用后我们现在建立的方法还能用多久，我们现在的方法是基于经典测序法的。我的老板
: 是临床医生，他觉得至少还能用5年。但检验的的主任觉得next-generation用到临床还
: 会有很长时间。用到临床的东西必须是有很好地准确度和重复性，要经过很长时间的检
: 验。next-generation 最主要的问题是假阳性，是临床最不能接受的。一个例子就是
: gene chip， 在美国是几乎不用于临床诊断的，虽然研究性试验室广泛应用（主任说的
: ，不知道对不对？），还有就是我们现在的方法能很直接的读出突变，不用分析序列。
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s******y
发帖数: 137 | 27 454，Illumina, SoLID都用过（更精确的说都做过数据分析）我也说两句吧，
454
好处是长度最接近sanger sequencing， 很多现成的工具都可以用。
精确度可能是三个里最低的，特别对多个单碱基重复非常差是他的致命缺点。还有测序
费用比较高。
Illumina现在基本就是Next gen sequencing 的代名词了。好处和缺点都楼主都说的比
较清楚了。
SoLID测序费用比Illumina低，精确度由于他特有的记录碱基方式比illumina也要高不
少。
缺点是color space 的概念比较复杂，我开始的时候错把doule encoded的序列直接当测序结果来
分析浪费了很多时间。很多对Illumina开发的工具不能直接用在SoLID上。 还有就是应
该要有reference序列才能做到base calling（如果错了请大家指正）。反正我们实验
室现在基本还是回到Illuminas上了。
对新的技术不看好Helicos, 长度短错误率高，RNA直接测序从2009年1月就说马上就有
了但现在还没有地方能做（Harvard 目前只做DNA测序）
BioP |
w******y
发帖数: 8040 | 28 Solid错误率不见得比ILMN好啊，理论上是一回事， 实践上是另一回事
denovo assembly of SSR错误多不奇怪， 刚出来的时候这里就不少人怀疑
当测序结果来
【在 s******y 的大作中提到】
: 454，Illumina, SoLID都用过（更精确的说都做过数据分析）我也说两句吧，
: 454
: 好处是长度最接近sanger sequencing， 很多现成的工具都可以用。
: 精确度可能是三个里最低的，特别对多个单碱基重复非常差是他的致命缺点。还有测序
: 费用比较高。
: Illumina现在基本就是Next gen sequencing 的代名词了。好处和缺点都楼主都说的比
: 较清楚了。
: SoLID测序费用比Illumina低，精确度由于他特有的记录碱基方式比illumina也要高不
: 少。
: 缺点是color space 的概念比较复杂，我开始的时候错把doule encoded的序列直接当测序结果来
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n****n
发帖数: 434 | 29 Good discussion. But dont know what message the LZ is trying to deliver. |
Y**I
发帖数: 444 | 30 SOLiD SNP call false positive应该比illumina 低。
【在 w******y 的大作中提到】
: Solid错误率不见得比ILMN好啊，理论上是一回事， 实践上是另一回事
: denovo assembly of SSR错误多不奇怪， 刚出来的时候这里就不少人怀疑
:
: 当测序结果来
|
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o******n
发帖数: 511 | 31 please continue the discussion, very beneficial |
e*******e
发帖数: 1837 | 32 好贴顶一个，我觉得个人基因组的可行性还很低。单纯的测序应该近两年就会足够便宜
，但数据分析以及与临床结合会成为主要障碍。
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
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j***a
发帖数: 10844 | 33 Nice summary!
这是个烧钱的买卖，GA II还没用多久，HiSeq 2000又来了，没有相当的经济实力是做
不了的，再过
几年等cost降到$30-100/genome的时候（哪怕是$1000/genome也行）就会大大降温了。
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
|
f**********e
发帖数: 1994 | 34 如果 color space sequence 能 map 上 reference, SOLiD 理论上
和实际上精确度都会比较好。SOLiD 的 encoding 实际上就是 EE 用的
纠错码。
【在 w******y 的大作中提到】
: Solid错误率不见得比ILMN好啊，理论上是一回事， 实践上是另一回事
: denovo assembly of SSR错误多不奇怪， 刚出来的时候这里就不少人怀疑
:
: 当测序结果来
|
f**********e
发帖数: 1994 | 35 不靠谱
【在 e*n 的大作中提到】
: 这个只需要一两个stats Ph.D把活干了就够了。
:
: waste
: of
|
f**********e
发帖数: 1994 | 36 正确，color space 到 base space 必须要 mapped to reference.
大熊猫的 de novo 测序那些 contigs 的组装正确性有什么方法能确定？
是不是就是 N50 越长越好？不然我记得一篇很早以前的 paper 就讲到错
误的组装可能有更好的 N50。
当测序结果
来
【在 s******y 的大作中提到】
: 454，Illumina, SoLID都用过（更精确的说都做过数据分析）我也说两句吧，
: 454
: 好处是长度最接近sanger sequencing， 很多现成的工具都可以用。
: 精确度可能是三个里最低的，特别对多个单碱基重复非常差是他的致命缺点。还有测序
: 费用比较高。
: Illumina现在基本就是Next gen sequencing 的代名词了。好处和缺点都楼主都说的比
: 较清楚了。
: SoLID测序费用比Illumina低，精确度由于他特有的记录碱基方式比illumina也要高不
: 少。
: 缺点是color space 的概念比较复杂，我开始的时候错把doule encoded的序列直接当测序结果来
|
w******y
发帖数: 8040 | 37 嗯， 原理上增加了一层区分snp和seq error的办法
能不能说说solid卖得不如illumina的原因是什么？
【在 f**********e 的大作中提到】
: 如果 color space sequence 能 map 上 reference, SOLiD 理论上
: 和实际上精确度都会比较好。SOLiD 的 encoding 实际上就是 EE 用的
: 纠错码。
|
f**********e
发帖数: 1994 | 38 个人意见：太晚进市场，资料太难读，sample prep 太难。不然这技术本身在
理论/数学上比较有意思。
【在 w******y 的大作中提到】
: 嗯， 原理上增加了一层区分snp和seq error的办法
: 能不能说说solid卖得不如illumina的原因是什么？
|
Y**I
发帖数: 444 | 39 同意。
还有一个重要原因是SOLID 必须有reference.
SOLID 的客服非常好，仪器和操作软件的设计都比Illumina好用，灵活性强。但是，各
种文库的制作都比ILMN麻烦非常之多。其次，因为各个样品要用barcode，上测序仪器
的灵活性不如 单独8通道的illumina.
color space, di-base，是相当聪明有趣的设计，但是同时也带来数据分析的复杂和麻
烦程度。SOLiD 本身的pipeline也不太完善。
【在 f**********e 的大作中提到】
: 个人意见：太晚进市场，资料太难读，sample prep 太难。不然这技术本身在
: 理论/数学上比较有意思。
|
Y**I
发帖数: 444 | 40 illumina
【在 g******n 的大作中提到】
: 搭车问一个问题。这几种NGS中，除了Helicos RNA-seq之外，还有哪些适合profile
: unannotated genes, 比如novel的non-coding RNA/small RNA等。
:
: 是：
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Y**I
发帖数: 444 | 41 最适合做SOLID的项目: SNP, gene expression profile
当测序结果来
【在 s******y 的大作中提到】
: 454，Illumina, SoLID都用过（更精确的说都做过数据分析）我也说两句吧，
: 454
: 好处是长度最接近sanger sequencing， 很多现成的工具都可以用。
: 精确度可能是三个里最低的，特别对多个单碱基重复非常差是他的致命缺点。还有测序
: 费用比较高。
: Illumina现在基本就是Next gen sequencing 的代名词了。好处和缺点都楼主都说的比
: 较清楚了。
: SoLID测序费用比Illumina低，精确度由于他特有的记录碱基方式比illumina也要高不
: 少。
: 缺点是color space 的概念比较复杂，我开始的时候错把doule encoded的序列直接当测序结果来
|
Y**I
发帖数: 444 | 42
便宜难说；这个行业太太太烧钱，成本太高；仪器三年就更新，可能本都没回来就要买
新仪器了，会慢慢便宜，但是不会太快；另外水涨船高，便宜了大家就要更多的data量
，那么总的cost可能不会差太大。
【在 e*******e 的大作中提到】
: 好贴顶一个，我觉得个人基因组的可行性还很低。单纯的测序应该近两年就会足够便宜
: ，但数据分析以及与临床结合会成为主要障碍。
:
: 是：
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f**********e
发帖数: 1994 | 43 NGS 不会真正 "便宜". 就单个 run 的成本，老式的 ABI 3730 绝对天下无敌。
NGS 测序就像去 costco 买菜一样，单个便宜，但一买要买一堆。你说你是喜欢
$1 买一只铅笔，还是 $0.001 一只，但你一次要买一百万只？（这一百万只还有
一堆歪瓜劣枣）
【在 Y**I 的大作中提到】
:
: 便宜难说；这个行业太太太烧钱，成本太高；仪器三年就更新，可能本都没回来就要买
: 新仪器了，会慢慢便宜，但是不会太快；另外水涨船高，便宜了大家就要更多的data量
: ，那么总的cost可能不会差太大。
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c*********r
发帖数: 1312 | 44 这篇文章确实不错，但楼主能否注明“转载”和出处啊？而且原文第一段怎没有一同复
制粘贴啊？
原文链接：
http://biowsnv.com/new-sequencing-technology-review/
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
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f**********e
发帖数: 1994 | 45 SOLiD 不是能用不同的 slide mask 吗？Full/Quad/Oct. Illumina 的一个通道
不也是永远要被 control 占着？再者，不是所有的 sample 都要上 barcode 的。
【在 Y**I 的大作中提到】
: 同意。
: 还有一个重要原因是SOLID 必须有reference.
: SOLID 的客服非常好，仪器和操作软件的设计都比Illumina好用，灵活性强。但是，各
: 种文库的制作都比ILMN麻烦非常之多。其次，因为各个样品要用barcode，上测序仪器
: 的灵活性不如 单独8通道的illumina.
: color space, di-base，是相当聪明有趣的设计，但是同时也带来数据分析的复杂和麻
: 烦程度。SOLiD 本身的pipeline也不太完善。
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g******n
发帖数: 9 | 46 再请教一个问题。
现在市面上的Whole Genome/Transcripton Amplification kit （比如Sigma的GenomePlex和NuGen的Ovation WTA等），哪些和NGS的分析软件 compatible？
【在 Y**I 的大作中提到】
: illumina
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t**********n
发帖数: 283 | 47 Thanks for sharing.
是：
【在 d**b 的大作中提到】
: 1990年，人类基因组计划开始；2000年草图完成；2001年发表。这第一个基因组的耗材
: （consumables）花费估计有$300,000,000。而最近发表的几个被测序的基因组费用是：
: $250,000 （Illumina，2008）$48,000（Helicos，2009）和$4,400（Complete
: Genomics，2010）。基因组测序越来越便宜了，以后还会降到$1,000甚至更低（中国人
: 的计划是
: ￥5,000）。
: 这些简单的数字背后是测序技术和仪器研发的激烈竞争。先简单列一下有哪些公司吧，
: Illumina
: Genome Analyzer，Life Technologies的SOLID，Roche 454，Pacific Biosciences
: （PacBio），Complete Genomics，Helicos，Ion Torrent，Life Technologies的
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Y**I
发帖数: 444 | 48 用quad会损失20% 以上的数据量；oct就更多了。
ilmn很多时候不用control。
不上barcode只能测一个样。除非是超大genome resequencing，要那么多数据干嘛？
任何一个平台的优势和劣势都是相对，取决于测序的对象和目的是什么。
【在 f**********e 的大作中提到】
: SOLiD 不是能用不同的 slide mask 吗？Full/Quad/Oct. Illumina 的一个通道
: 不也是永远要被 control 占着？再者，不是所有的 sample 都要上 barcode 的。
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Y**I
发帖数: 444 | 49 是否跟NGS的分析软件 compatible 在于你用什么平台测序。
所以一般来说，用什么kit做RNA 文库不是问题。
ovation wta 官方支持ilmn,但是solid也不是问题。问题在于：ilmn市场大，每种新
Kit 都是现在ilmn上测试。
GenomePlex和NuGen的Ovation WTA等），哪些和NGS的分析软件 compatible？
【在 g******n 的大作中提到】
: 再请教一个问题。
: 现在市面上的Whole Genome/Transcripton Amplification kit （比如Sigma的GenomePlex和NuGen的Ovation WTA等），哪些和NGS的分析软件 compatible？
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f*****4
发帖数: 83 | 50 顶，好文。这个行业发展很快，对于普通的医生或研究人员来说，数据分析和解读是个
很大的CHALLENGE.
我看好PACBIO，拭目以待十个仪器的结果，如果好的话，可能会DOMINATE THE MARKET
替代ILLUMINA。其实COMPLETE GENOMICS 不能算THIRD GEN SEQUENCING，只能算SECOND
GEN，因为有AMPLIFICATION, 不知道实际的结果怎么样，但是从设计上来说是简单化
的SOLID，没有COLOR CODE，不是很IMPRESSIVE，错误率可能不会低，成本低主要是
LIBRARY PREP 简单。ILLUMINA 的成功主要在于它的USER FRIENDLY. 喜欢SOLID的设计
，没有用过，SEQUENCE ALIGNMENT 比较依赖REFERENCE，否则错一个，整个SEQUENCE就
错了。 |
