x******e
发帖数: 1428 | 1 以前没有接触过UTR方面的问题，所以不是很确定……现在做的一个project里面需要用
到UTR的长度，看到这种情况很困惑。
Many thanks! |
c********b
发帖数: 363 | 2 one transcript has one 5' UTR and one 3' UTR. But one gene can have
different version of transcripts that results in different 5' UTRs. Or,
sometimes the same gene has different 3' UTRs among its transcripts.
poly-cistron may be different.
【在 x******e 的大作中提到】
: 以前没有接触过UTR方面的问题，所以不是很确定……现在做的一个project里面需要用
: 到UTR的长度，看到这种情况很困惑。
: Many thanks!
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x******e
发帖数: 1428 | 3 嗯，我也是觉得以前学的都是一个transcript 就只有一个5' UTR 和3' UTR。但是这是
我从ensembl上面download下来的其中一条：
>ENSMUSG00000000001|ENSMUST00000000001|107948924|107949064|107910198;
107912321|107912234;107912339
对应的是：
Gene ID: ENSMUSG00000000001
Transcript ID: ENSMUST00000000001
5' UTR start: 107948924
5' UTR end: 107949064
3' UTR start: 107910198;107912321
3' UTR end: 107912234;107912339
我困惑的就是3’UTR, 出现了两个starts，ends对应一个transcript.
【在 c********b 的大作中提到】
: one transcript has one 5' UTR and one 3' UTR. But one gene can have
: different version of transcripts that results in different 5' UTRs. Or,
: sometimes the same gene has different 3' UTRs among its transcripts.
: poly-cistron may be different.
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c********b
发帖数: 363 | 4 I am confused. Does not that mean the region of a single 5'UTR and a single
3' UTR? Or I missed sth? |
x******e
发帖数: 1428 | 5 啊，为什么是single 3'UTR呢？明明有两个3' UTR starts （107910198;107912321）,
两个3'UTR ends(107912234;107912339)...
这个意思不是说有两段3'UTR么？
一个从107910198-107912234
一个从107912321-107912339。
是我理解错了么？求解释……
single
【在 c********b 的大作中提到】
: I am confused. Does not that mean the region of a single 5'UTR and a single
: 3' UTR? Or I missed sth?
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c********b
发帖数: 363 | 6 Sorry, I did not see it clearly.
This does not mean one transcript has two 3' UTRs to me. It just shows a
possible differential 3' UTR among all the transcripts.
I could be wrong, though.
）,
【在 x******e 的大作中提到】
: 啊，为什么是single 3'UTR呢？明明有两个3' UTR starts （107910198;107912321）,
: 两个3'UTR ends(107912234;107912339)...
: 这个意思不是说有两段3'UTR么？
: 一个从107910198-107912234
: 一个从107912321-107912339。
: 是我理解错了么？求解释……
:
: single
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x******e
发帖数: 1428 | 7 多谢啊！
不过我刚才列出来的是一个transcript的信息，每一个transcript都有不一样的UTR信
息的，所以应该不是“possible differential 3' UTR among all the transcripts”
。不过你的话提醒我了，我猜是alternative splicing可能有不同的UTR？不过我也是
瞎猜的……
Anyway了，我先把两段加起来算总的UTR的长度吧。
【在 c********b 的大作中提到】
: Sorry, I did not see it clearly.
: This does not mean one transcript has two 3' UTRs to me. It just shows a
: possible differential 3' UTR among all the transcripts.
: I could be wrong, though.
:
: ）,
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x******e
发帖数: 1428 | 8 再请教一下，可能一个transcript没有UTR么？谢谢！
【在 c********b 的大作中提到】
: Sorry, I did not see it clearly.
: This does not mean one transcript has two 3' UTRs to me. It just shows a
: possible differential 3' UTR among all the transcripts.
: I could be wrong, though.
:
: ）,
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s******s
发帖数: 13035 | 9 应该不太可能。
全是UTR倒是很常见，哈哈
【在 x******e 的大作中提到】
: 再请教一下，可能一个transcript没有UTR么？谢谢！
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x******e
发帖数: 1428 | 10 可是有些well studied基因网上没有它们transcript UTR的记载……是因为还没有确凿
的数据么？
【在 s******s 的大作中提到】
: 应该不太可能。
: 全是UTR倒是很常见，哈哈
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c********b
发帖数: 363 | 11 I do mean AS. AS is so common, and 40-60%genes in human are AS.
http://statgen.ncsu.edu/~dahlia/journalclub/F03/natgen177.pdf
【在 x******e 的大作中提到】
: 多谢啊！
: 不过我刚才列出来的是一个transcript的信息，每一个transcript都有不一样的UTR信
: 息的，所以应该不是“possible differential 3' UTR among all the transcripts”
: 。不过你的话提醒我了，我猜是alternative splicing可能有不同的UTR？不过我也是
: 瞎猜的……
: Anyway了，我先把两段加起来算总的UTR的长度吧。
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x*******c
发帖数: 259 | |
c********b
发帖数: 363 | 13 I knew shot utr, but how could it be possible without utr in eukaryotes? No
cap? Where is the ribosomal binding site?
【在 x*******c 的大作中提到】
: 我的一个蛋白就没有5utr,
: 拟南芥里的
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j****x
发帖数: 1704 | 14 没有UTR应该是不可能的，没有任何mRNA可以只包含ORF没有任何多余序列。
转录起始位点和翻译起始位点也不可能重合，核糖体需要滑动一段距离
No
【在 c********b 的大作中提到】
: I knew shot utr, but how could it be possible without utr in eukaryotes? No
: cap? Where is the ribosomal binding site?
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c********b
发帖数: 363 | 15 I guess the POST meant no UTR in proteins, yeah, I got that.
【在 j****x 的大作中提到】
: 没有UTR应该是不可能的，没有任何mRNA可以只包含ORF没有任何多余序列。
: 转录起始位点和翻译起始位点也不可能重合，核糖体需要滑动一段距离
:
: No
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n******7
发帖数: 12463 | 16 如果发生了AS，就算两条transcripts了
你这个好奇怪，要不去genome browser看看是神马个情况？
【在 x******e 的大作中提到】
: 多谢啊！
: 不过我刚才列出来的是一个transcript的信息，每一个transcript都有不一样的UTR信
: 息的，所以应该不是“possible differential 3' UTR among all the transcripts”
: 。不过你的话提醒我了，我猜是alternative splicing可能有不同的UTR？不过我也是
: 瞎猜的……
: Anyway了，我先把两段加起来算总的UTR的长度吧。
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