i****g
发帖数: 3896 | 1 http://loyalyang.blog.163.com/blog/static/164764085201110240388
系统生物学大牛们
2011-11-24 12:38:08| 分类： 默认分类 |字号 订阅
这个推荐给以后想做系统生物学的同学，大概是我这两年半的时间里，看过的一些文章
的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路，但是会有几个比
较有前途的方向，list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想
法的人，当然系统生物学并不是一个新的学科，只是系统生物学这个名词出现于1999年
左右，因为目前深入到分子水平以后，生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我
们所说的系统生物学只是处于起始阶段，有很多人提出了很多种观点和研究方法，也有
很多人风光一时，但是后来又被时代的马车抛弃了。
鉴于我水平有限，这个只是介绍一下我知道的一些实验室，大部分是通过读文章了解的
，所以应该也比较有限，也许会涉及到一些Synthetic Biology的，不会太多。
Leroy Hood@ISB
此人就是第一个系统生物学研究所的所长，现在貌似做董事去了。。。Hood是比较早提
出系统生物学概念的人，追求高通量技术。。。不过我认为这个太依赖于技术的发展了
，看高通量技术何时能够高精度的quantitatively测量生物系统再说。。。Hood最近好
像在搞microfluidic方面的东西，他很有商业头脑，diagnostic是一个利润非常大的领
域，ISB站在前端。。。
类似的还有
Douglas Lauffenburger@MIT
Micheal Yaffe@MIT
* Tony Pawson@UT
这个并没有特别强调过systems biology的概念，但是做的都是高通量的研究，而且主
功信号转导方向。。。有很多重要的结果，比如最近的那个信号转到系统是以domain为
基础的进化的论文，在science signaling上的
Stanislas Leibler@Rockefeller
此人及其牛，是因为他座下出了三个牛人，下面会说。。。这个mitbbs上有人说他天才
级人物。。。
这三个人物分别是：
* Micheal Elowitz@CalTech
* Uri Alon@Weizman Institute
Peter Swain@Edinburgh
这三个人都是他的弟子，尤其是前两个在系统生物学里面做的风声水起，虽然师出同门
但是做的研究方向却不同，而且三个人的研究方向是三个philosophically different
areas…而且这三个方向都是源于Stanislas的研究领域
跟Peter Swain相似的研究方向的是
* Johan Paulsson@Harvard
这个人是数学出身，曾在乌普萨拉大学一年拿了数学和生物的双硕士学位然后在剑桥读
的博士，普林斯顿做的薄厚，在普林斯顿的时候，一个人发表了那片 summing up the
noise in gene network。。。一篇数学文章发表在Nature。基本上所有做
stochasticity in biological systems的人都会知道他了。不过现在在Harvard比较受
限于数学背景，做试验要跟其他lab合作，很不爽，现在在招生物背景的人，估计想实
验理论两手抓。。。Peter Swain跟他是同样的处境而且做的方向比较相近
* Sunney Xie@Harvard
Sunney Xie 是北大物理出来的，非常牛的一个人，做单分子荧光的，不要跟我辩论单
分子荧光跟系统生物学有什么关系，囧。。。这个谢晓亮（他的中文名）算是生物光学
领域里的执牛耳者了。。。具体可以去看一下他的文章，实验，技术，理论。。。各个
都是牛X得很，他不仅做单细胞单分子实验研究生物系统的dynamics，也做物理仪器方
面的光学实验研究，还有生物大分子动力学方面的理论研究。。。对这个人仰慕的一塌
糊涂。。。确实是牛人，一个人居然在三个领域都如此精通而且做到最前沿，，，无语
了。
Zhuang Xiaowei@Harvard 这个跟Sunney Xie是相似领域，不过专注于RNA
* James Collin@BostonU
这个人么我就不介绍了，也是很风云的一个人物
Jeff Hasty@UCSD 是他的弟子
Bernhard Palsson@UCSD
这个人原来做metabolism二十多年前就一直认为整个代谢系统应该从整体的角度上考虑
，他那个flux balance analysis解决代谢系统很有效。。。
* Adam Arkin@UC Berkeley
* Frances H. Arnold@CalTech
非常elegant的一个大婶（从照片上看），做的研究也很elegant。。。而且这个大婶桃
李满天下，有二三十个现在在做PI。。。里面我知道的一个是
* Linchong You@Duke 是Arnold的弟子，
大学毕业那年的暑假去北大听讲座就有他讲，当时还跟他谈了几句，很nice 的一个人
* van Oudenaarden@MIT
不说了，牛的一塌糊涂
** Wendell Lim@UCSF
下面隆重介绍我认为最make sense的一个人的研究，Wendell Lim原来是做structure的
，然后focus在信号转导领域，他做过一系列的scaffold protein的研究，发表的那些
文章perfect，而且他最近的一篇review讲的想法就是我原来一直希望能够出现的。。
。以后详尽介绍一下Wendell Lim的研究工作。
PS：给陈JQ同学推荐一下Tony Pawson和Wendell Lim的研究工作，他们两个做信号转导
，但是并不是单纯的阐明某个蛋白的机制，怎么影响其他蛋白，而是想的是更深层次的
问题，可以详细的看看他们的文章。。。
备注：1）这个list不全阿，有很多其他国家的都没有考虑进去ETH就貌似有两位做的很
出色。
2）其他还有很多方面没有考虑进去。。。以后有机会了再慢慢介绍?.
3）打星号的如果感兴趣，可以追踪他们实验室的研究进展，会很有收获。 |
b*******n
发帖数: 8420 | |
i****g
发帖数: 3896 | 3 不是一篇吧，看上文。
【在 b*******n 的大作中提到】
: 隐约记得这个贴子是本版首发的。
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K******S
发帖数: 10109 | 4 Leroy Hood还句有商业才能，co-founder of Amgen，好像还有applied biosystems和
其他好几个biotech.
【在 i****g 的大作中提到】
: http://loyalyang.blog.163.com/blog/static/164764085201110240388
: 系统生物学大牛们
: 2011-11-24 12:38:08| 分类： 默认分类 |字号 订阅
: 这个推荐给以后想做系统生物学的同学，大概是我这两年半的时间里，看过的一些文章
: 的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路，但是会有几个比
: 较有前途的方向，list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想
: 法的人，当然系统生物学并不是一个新的学科，只是系统生物学这个名词出现于1999年
: 左右，因为目前深入到分子水平以后，生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我
: 们所说的系统生物学只是处于起始阶段，有很多人提出了很多种观点和研究方法，也有
: 很多人风光一时，但是后来又被时代的马车抛弃了。
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b******y
发帖数: 627 | 5 "他做过一系列的scaffold protein的研究，发表的那些
文章perfect"
The quoted statement about Wendell Lim is not quite accurate. Some of his
data are not solid enough to draw the conclusions he drew, although the
conclusions themselves are interesting and important. |
d*e
发帖数: 843 | 6 说了一通等于啥也没说，直接列名字好了
【在 i****g 的大作中提到】
: http://loyalyang.blog.163.com/blog/static/164764085201110240388
: 系统生物学大牛们
: 2011-11-24 12:38:08| 分类： 默认分类 |字号 订阅
: 这个推荐给以后想做系统生物学的同学，大概是我这两年半的时间里，看过的一些文章
: 的通讯作者。因为系统生物学本身暂时没有一个特别固定的研究套路，但是会有几个比
: 较有前途的方向，list里面的这些人大都是系统生物学领域里提出过很多新方法和新想
: 法的人，当然系统生物学并不是一个新的学科，只是系统生物学这个名词出现于1999年
: 左右，因为目前深入到分子水平以后，生物系统的复杂性超出人们的想象。所以目前我
: 们所说的系统生物学只是处于起始阶段，有很多人提出了很多种观点和研究方法，也有
: 很多人风光一时，但是后来又被时代的马车抛弃了。
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d********m
发帖数: 3662 | 7 严重同意，啥破文章，列到牛的，直接一句，太牛了咱就不说了。那你还说个P啊
【在 d*e 的大作中提到】
: 说了一通等于啥也没说，直接列名字好了
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a******k
发帖数: 1190 | 8 看过作者的博客，好像浙大本科毕业不久，
能把这么多的人列出来，没什么大的遗漏，
而且还读过这么多文章其实算不错了
【在 d********m 的大作中提到】
: 严重同意，啥破文章，列到牛的，直接一句，太牛了咱就不说了。那你还说个P啊
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v****e
发帖数: 10715 | 9 Sunny Xie 和Xiaowei Zhuang谁更nb？ |
s******a
发帖数: 252 | 10 This does look like from an undergrad LOL |
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B*G
发帖数: 13438 | 11 不敢评价，只能说Xie的网站做的比Zhuang好多了。另外Sunney Xie对我们搞光学的人
来说他主要是CARS权威，不光是什么单分子荧光。
【在 v****e 的大作中提到】
: Sunny Xie 和Xiaowei Zhuang谁更nb？
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i****g
发帖数: 3896 | 12 SRS比起CARS来是不是更牛x？
【在 B*G 的大作中提到】
: 不敢评价，只能说Xie的网站做的比Zhuang好多了。另外Sunney Xie对我们搞光学的人
: 来说他主要是CARS权威，不光是什么单分子荧光。
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B*G
发帖数: 13438 | 13 简写越长越牛逼...庄的STORM听起来更牛，俺还没搞懂...
【在 i****g 的大作中提到】
: SRS比起CARS来是不是更牛x？
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b******y
发帖数: 627 | 14
Both are fantastic for their age. Xie is well established and well
recognized as top three in the single molecule field. Zhuang is a rising
star. We should compare today's Xie and Ten years later's Zhuang.
【在 v****e 的大作中提到】
: Sunny Xie 和Xiaowei Zhuang谁更nb？
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b******y
发帖数: 627 | 15
STORM is very good. However, there are other similar techniques, e.g. PALM.
More importantly, STORM was not Zhuang's original idea but her coworker's.
She, herself, acknowledge this, too.
【在 B*G 的大作中提到】
: 简写越长越牛逼...庄的STORM听起来更牛，俺还没搞懂...
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i****g
发帖数: 3896 | 16 谢被公认为单分子的top3？另外另个top是谁呢？小庄一般不也认为是单分子成像的代
表么？
【在 b******y 的大作中提到】
:
: STORM is very good. However, there are other similar techniques, e.g. PALM.
: More importantly, STORM was not Zhuang's original idea but her coworker's.
: She, herself, acknowledge this, too.
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b******y
发帖数: 627 | 17 I would put TJ Ha and Carlos Bustamante as the other two. |
i****g
发帖数: 3896 | 18 俺是外行，Stefan Hell都排不上？
TJ Ha是庄的同门师兄吧？
I would put TJ Ha and Carlos Bustamante as the other two.
【在 b******y 的大作中提到】
: I would put TJ Ha and Carlos Bustamante as the other two.
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b******y
发帖数: 627 | 19 I am a layman as well. Had some interest in this field before.
Ha and Zhuang overlapped substantially and have quite a few papers together
in Steven Chu's lab (just got aware, actually). |
l**********n
发帖数: 201 | 20 Stephen Elledge at Harvard |
