l*******e
发帖数: 170 | 1 有前途吗？未来发展走向如何？
牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？ |
m********m
发帖数: 263 | 2 这个问题和我的ID相关，所以粗谈鄙人的一点陋见。与normal cell 相比，为了满足其
快速生长，cancer cell是，大量利用所有可利用的资源，但是是极其浪费的。原因无
非是各种原因引起的代谢途径的紊乱，所以代谢紊乱也经常被发现于cancer cell 内。
未来可能的走向无外于通过对于某个失调或突变的代谢途径或酶的研究以希望能给癌症
治疗带来契机，但是代谢过程往往是牵一发而动全身，而其影响代谢的 原因也可能千
变万化，所以道路是曲折的，但是混口饭吃还是可以的。
【在 l*******e 的大作中提到】
: 有前途吗？未来发展走向如何？
: 牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
: 代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
: 癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？
|
a*******a
发帖数: 4233 | 3 如果是说从a-KG的代谢来看， 是hetero的。
这是这两年的最大突破吧。 |
m********m
发帖数: 263 | 4 craig应该是这个领域的权威了，TWM做出了老鼠，贡献也是很大的。
【在 a*******a 的大作中提到】
: 如果是说从a-KG的代谢来看， 是hetero的。
: 这是这两年的最大突破吧。
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S*********s
发帖数: 304 | 5 Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
Tak Mak-IDH1及一堆
Lewis Cantely -PKM2
Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
还有一些
原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
，New PI会很困难。
【在 l*******e 的大作中提到】
: 有前途吗？未来发展走向如何？
: 牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
: 代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
: 癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？
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j******i
发帖数: 939 | 6 你说的很准阿。我以前的老板独立前在大牛手下做postdoc, publication很不错。现在
独立四年多了，一篇文章都还没有。还好我只待了一年就走了，和我同时去的薄厚待了
三年，离开的时候一篇文章都没有。
【在 S*********s 的大作中提到】
: Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
: Tak Mak-IDH1及一堆
: Lewis Cantely -PKM2
: Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
: Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
: 还有一些
: 原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
: ，New PI会很困难。
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A******y
发帖数: 2041 | 7 If cancer is really addicted to sugar, you can cure any cancer simply by
putting your body in ketylosis. I think the big answer is NO! |
l*******e
发帖数: 170 | 8 有前途吗？未来发展走向如何？
牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？ |
m********m
发帖数: 263 | 9 这个问题和我的ID相关，所以粗谈鄙人的一点陋见。与normal cell 相比，为了满足其
快速生长，cancer cell是，大量利用所有可利用的资源，但是是极其浪费的。原因无
非是各种原因引起的代谢途径的紊乱，所以代谢紊乱也经常被发现于cancer cell 内。
未来可能的走向无外于通过对于某个失调或突变的代谢途径或酶的研究以希望能给癌症
治疗带来契机，但是代谢过程往往是牵一发而动全身，而其影响代谢的 原因也可能千
变万化，所以道路是曲折的，但是混口饭吃还是可以的。
【在 l*******e 的大作中提到】
: 有前途吗？未来发展走向如何？
: 牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
: 代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
: 癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？
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a*******a
发帖数: 4233 | 10 如果是说从a-KG的代谢来看， 是hetero的。
这是这两年的最大突破吧。 |
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m********m
发帖数: 263 | 11 craig应该是这个领域的权威了，TWM做出了老鼠，贡献也是很大的。
【在 a*******a 的大作中提到】
: 如果是说从a-KG的代谢来看， 是hetero的。
: 这是这两年的最大突破吧。
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S*********s
发帖数: 304 | 12 Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
Tak Mak-IDH1及一堆
Lewis Cantely -PKM2
Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
还有一些
原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
，New PI会很困难。
【在 l*******e 的大作中提到】
: 有前途吗？未来发展走向如何？
: 牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
: 代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
: 癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？
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j******i
发帖数: 939 | 13 你说的很准阿。我以前的老板独立前在大牛手下做postdoc, publication很不错。现在
独立四年多了，一篇文章都还没有。还好我只待了一年就走了，和我同时去的薄厚待了
三年，离开的时候一篇文章都没有。
【在 S*********s 的大作中提到】
: Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
: Tak Mak-IDH1及一堆
: Lewis Cantely -PKM2
: Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
: Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
: 还有一些
: 原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
: ，New PI会很困难。
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A******y
发帖数: 2041 | 14 If cancer is really addicted to sugar, you can cure any cancer simply by
putting your body in ketylosis. I think the big answer is NO! |
m********m
发帖数: 263 | 15 not only Glucose, but also Glutamine..
【在 A******y 的大作中提到】
: If cancer is really addicted to sugar, you can cure any cancer simply by
: putting your body in ketylosis. I think the big answer is NO!
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j*b
发帖数: 341 | 16 指望这个治疗癌症有点悬。
【在 l*******e 的大作中提到】
: 有前途吗？未来发展走向如何？
: 牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
: 代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
: 癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？
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i******2
发帖数: 96 | 17 大家说说学这个以后去industry 前景如何？ 貌似Pfizer 前时在招人。 |
z*t
发帖数: 863 | 18 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
了影响。
这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
代谢组这个概念。现在用GC/LC-MS进行代谢组的测定已经成为和microarray测转录一样
的技术了，肿瘤代谢的第二个重磅炸弹是Bert Vogelstein发现在glioma里有相当高比
例的IDH1/2 somatic mutation，大家一下就炸了，之前类似Krebs cycle的driver
mutation(FH/SDHA/SDHB)只在家族性遗传的clear cell carcinoma里存在，熊跃管坤良
最早探索了相关机制，但真正nail down IDH1/2致病机制的是Craig Thompson和
Canteley合办的 Agios company,利用代谢组profiling他们发现了IDH1/2 过量产生2-
HG，而非影响a-KG。2-HG会影响一系列表观遗传调控最终可能promote cancer.而现在
越来越多的IDH1/2 somatic mutation被发现，让大家开始重视这个mutation。
Lkb1/mTor/AMPK就无需多说了，版上的大牛比我懂得多:)因为AMPK有metformin,David
Sabatini也在讨论利用metformin治疗cancer的问题
现在热炒cancer metabolism的另一个原因是很多oncogene/tumor suppressor可以调控
代谢通路，在oncogene gain/tumor supressor loss的情况下，肿瘤细胞可能通过比较
特别的代谢通路来维持生长，于是通过target oncogene gain/tumor supressor loss
情况下的aberrant metabolism成为了drug development的新思路。
但在探讨cancer metablolism的应用时，一个最大的问题是一个药物在target cancer
metabolism时非常可能同时干扰正常细胞的代谢。也就是说target cancer metabolism
的药物有潜在的副作用。这要求被target的通路和正常细胞的代谢通路有足够的不同。
从这个角度来看目前(5年左右)作为药物靶点而言最佳的选项就是pkm2和idh1/2了，也
就是Agios目前在做的两个target.
人们也在探讨FDA批准并长期使用的代谢类药物比如metformin和statin对cancer的作用
。如果对代谢的target副作用没有人们想象的大的话，针对tumor metabolism的研究无
疑会成为pharma的下一个热点.
【在 l*******e 的大作中提到】
: 有前途吗？未来发展走向如何？
: 牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
: 代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
: 癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？
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S*********s
发帖数: 304 | 19 写的非常好
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
|
s******a
发帖数: 252 | 20 The golden age of metabolism is coming again.
The signaling roles of metabolites have been unappreciated for too long,
even prominent examples like cAMP are everywhere.
Stability and low concentration limit the study of many of them. We may know
less than half of metabolites in our body right now.
High resolution mass spectrometers and systems biology will power the next
wave of discoveries. The fist half of 20th century was the first golden age.
Pasted below are Nobel prizes related to metabolism:
1907, Eduard Buchner: cell-free fermentation.
1922, Archibald B. Hill: production of heat in the muscle?; Otto Meyerhof:
fixed relationship between the consumption of oxygen and the metabolism of
lactic acid in the muscle.
1923, Frederick Grant Banting, John James Richard Macleod: discovery of
insulin.
1929, Arthur Harden, Hand von Euler-Chelpin: fermentation of sugar and
fermentative enzymes.
1929, Christiaan Eijkman: antineuritic vitamin; Sir Frederick Gowland
Hopkins: growth-stimulating vitamins.
1931, Otto Heinrich Warburg: nature and mode of action of the respiratory
enzyme.
1934, George Hoyt Whipple, George Richards Minot, William Parry Murphy:
liver therapy in cases of anaemia.
1937, Albert Szent-Gyorgyi: biological combustion, vitamin C and the
catalysis of fumaric acid.
1943, Henrik Carl Peter Dam: discovery of vitamin K; Edward Adelbert Doisy:
chemical nature of vitamin K.
1947, Carl Cori and Gerty Cori: catalytic conversion of glycogen; Bernardo
Houssay: hormone of the anterior pituitary lobe in the metabolism of sugar.
1950, Edward Calvin Kendall, Tadeus Reichstein,Philip Showalter Hench:
hormones of the adrenal cortex, their structure and biological effects.
1953, Hans Krebs: citric acid cycle; Fritz Lipmann: role of co-enzyme A in
metabolism.
1955, Axel Hugo Theodor Theorell: nature and mode of action of oxidation
enzymes“.
1961, Melvin Calvin: carbon dioxide assimilation in plants.
1964, Konrad Bloch, Feodor Lynen: cholesterol and fatty acid metabolism.
1971, Earl W. Sutherland, Jr.: mechanisms of the action of hormones.
1978, Peter Mitchell: chemiosmotic theory of biological energy transfer.
1982, Sune K. Bergström, Bengt I. Samuelsson, John R. Vane:
prostaglandins and related biologically active substances.
1985. Michael S. Brown, Joseph L. Goldstein: regulation of cholesterol
metabolism.
1988, Sir James W. Black, Gertrude B. Elion, George H. Hitchings: principles
for drug treatment.
1988, Johann Deisenhofer, Robert Huber, Hartmut Michel: photosynthetic
reaction centre.
1992, Edmond H. FischerEdwin G. Krebs: reversible protein phosphorylation as
a biological regulatory mechanism.
1994, Alfred G. GilmanMartin Rodbell: G-proteins and the role of these
proteins in signal transduction in cells.
1997, Paul D. Boyer, John E .Walker: synthesis of ATP.
1998, Robert F. Furchgott, Louis J. Ignarro, Ferid Murad: nitric oxide as a
signalling molecule in the cardiovascular system.
1999, Gunter Blobel: protein localization.
2000, Arvid Carlsson, Paul Greengard, Eric R. Kandel: signal transduction in
the nervous system.
2001, Leland H. Hartwell, Tim Hunt, Sir Paul Nurse: regulators of the cell
cycle.
2002, Sydney Brenner, H. Robert Horvitz, John E. Sulston: regulation of
organ development and programmed cell death.
2004, Aaron Ciechanover, Avram Hershko, Irwin Rose: ubiquitin-mediated
protein degradation. |
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Z**********g
发帖数: 222 | 21 Mark.
Reprogramming Energy Metabolism已经被Weinberg归纳为肿瘤emerging Hallmark了。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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A******y
发帖数: 2041 | 22 How's Heather Christofk doing? Also, how about the mitochondria end of
cancer biology? |
T****r
发帖数: 4006 | 23 mark，mark...
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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l*******r
发帖数: 39279 | 24 赞，学习了
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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s******y
发帖数: 28562 | 25 狂赞技术贴！
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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z*t
发帖数: 863 | 26 多谢诸位夸奖
还有glutamine的代谢我没有提，Agios已经开始尝试用GLS抑制剂抑制IDH1/2产生的过
量2-HG。preclinical 动物实验已经work，这也是为啥前一段时间Thompson和Upenn打
官司的原因。
【在 S*********s 的大作中提到】
: 写的非常好
|
s******y
发帖数: 28562 | 27 哦，是不是因为相关结果是在他还在UPenn 的时候就做出来的了？
另外，我觉得你和另外几个在这个主题下发帖的ID对自己做的领域了解
非常深啊。谁在做什么，有什么优势和劣势，等等，都一清二楚，
看完之后简直就相当是读了好几个review article 的信息量。
要是这个论坛里能有更多象你们这样的人就好了。
【在 z*t 的大作中提到】
: 多谢诸位夸奖
: 还有glutamine的代谢我没有提，Agios已经开始尝试用GLS抑制剂抑制IDH1/2产生的过
: 量2-HG。preclinical 动物实验已经work，这也是为啥前一段时间Thompson和Upenn打
: 官司的原因。
|
j*b
发帖数: 341 | 28 这个PKM2和肿瘤代谢的关系已经知道很久了，这两篇还不是原创贴。
cantley还可以发nature，能不能解释一下？
Anticancer Res. 2003 Mar-Apr;23(2A):1155-8.
Tumor marker pyruvate kinase type tumor M2 in patients suffering from
diabetic nephropathy.
Oremek GM, Rutner F, Sapoutzis N, Sauer-Eppel H.
Source
Central Laboratory, Hospital of the Johann Wolfgang Goethe-University,
Frankfurt/Main, Germany.
Abstract
INTRODUCTION:
Compared to normal tissues all tumors investigated so far and especially
those with a metastatic potential overexpress an isoenzyme of the pyruvate
kinase, the pyruvate kinase type tumor M2 (TU M2-PK). Because of its
monomeric structure, the TU M2-PK has no function at all.
PATIENTS AND METHODS:
Using an enzyme-linked immuno sorbent assay (ELISA) developed by ScheBooTech
(Wettenberg, Germany) we measured the concentration of TU M2-PK in EDTA-
plasma of 12 probands with insulin-dependent diabetes mellitus and 91
patients suffering from non-insulin-dependent diabetes mellitus, both with
diabetic nephropathy. Moreover we focused on the way it compares to other
metabolic markers such as HbA1c, glucose and proteins.
RESULTS:
Among the 12 patients afflicted by insulin-dependent diabetes mellitus 17%,
and the 91 probands with non-insulin-dependent diabetes mellitus as many as
19% of the samples were raised over the cut-off of 25 U/ml EDTA-plasma. A
correlation with the other investigated parameters could not be found.
CONCLUSION:
This study shows that the TU M2-PK in EDTA-plasma of patients with diabetic
nephropathy presents 38.8% "false-positive" data and thus must be questioned
as a tumor marker.
Br J Nutr. 2002 Jan;87 Suppl 1:S23-9.
Pyruvate kinase type M2: a crossroad in the tumor metabolome.
Mazurek S, Grimm H, Boschek CB, Vaupel P, Eigenbrodt E.
Source
Institute for Biochemistry & Endocrinology, Veterinary Faculty, University
of Giessen, Germany.
Abstract
Cell proliferation is a process that consumes large amounts of energy. A
reduction in the nutrient supply can lead to cell death by ATP depletion, if
cell proliferation is not limited. A key sensor for this regulation is the
glycolytic enzyme pyruvate kinase, which determines whether glucose carbons
are channelled to synthetic processes or used for glycolytic energy
production. In unicellular organisms pyruvate kinase is regulated by ATP,
ADP and AMP, by ribose 5-P, the precursor of the nucleic acid synthesis, and
by the glycolytic intermediate fructose 1,6-P2 (FBP), thereby adapting cell
proliferation to nutrient supply. The mammalian pyruvate kinase isoenzyme
type M2 (M2-PK) displays the same kinetic properties as the pyruvate kinase
enzyme from unicellular organisms. The mammalian M2-PK isoenzyme can switch
between a less active dimeric form and a highly active tetrameric form which
regulates the channeling of glucose carbons either to synthetic processes (
dimeric form) or to glycolytic energy production (tetrameric form). Tumor
cells are usually characterized by a high amount of the dimeric form leading
to a strong accumulation of all glycolytic phosphometabolites above
pyruvate kinase. The tetramer-dimer ratio is regulated by ATP, FBP and
serine and by direct interactions with different oncoproteins (pp60v-src,
HPV-16 E7). In solid tumors with sufficient oxygen supply pyruvate is
supplied by glutaminolysis. Pyruvate produced in glycolysis and
glutaminolysis is used for the synthesis of lactate, glutamate and fatty
acids thereby releasing the hydrogen produced in the glycolytic
glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase reaction.
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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g*********5
发帖数: 2533 | 29 Do IDH mutations cause Aconitase problems? |
m********m
发帖数: 263 | 30 warburg effect 提出有80多年了，但是直到cantley的PKM2的两篇nature文章出现，才
比较清楚
直接的为解释cancer cell内这一现象的是如何发生调控的提供了证据， 这可能是这两
篇文章最大的贡献之处了，他的后继的两篇science文章可能只是对PKM2的功能进一步
解析，个人认为不如这两篇nature。池外，另外两个组的两篇Cell和nature，以及一篇
MC发现
PKM2
具有激酶活性而参与基因转录调控不失为让人们对代谢酶的功能有了更新的认识。
【在 j*b 的大作中提到】
: 这个PKM2和肿瘤代谢的关系已经知道很久了，这两篇还不是原创贴。
: cantley还可以发nature，能不能解释一下？
: Anticancer Res. 2003 Mar-Apr;23(2A):1155-8.
: Tumor marker pyruvate kinase type tumor M2 in patients suffering from
: diabetic nephropathy.
: Oremek GM, Rutner F, Sapoutzis N, Sauer-Eppel H.
: Source
: Central Laboratory, Hospital of the Johann Wolfgang Goethe-University,
: Frankfurt/Main, Germany.
: Abstract
|
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b*****u
发帖数: 75 | 31 Can't agree with you more. Just look at LC's PKM2 nature papers, although
you can argue that the discoveries are super revolutionary, the amount or
quality of data is so .... The subtle difference on cell proliferation can
only observed under low oxygen culturing conditions. The xenograft data seem
also shaking. Btw, Agios might have already gave up PKM2.
"Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入"!!!
【在 S*********s 的大作中提到】
: Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
: Tak Mak-IDH1及一堆
: Lewis Cantely -PKM2
: Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
: Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
: 还有一些
: 原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
: ，New PI会很困难。
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j*b
发帖数: 341 | 32 Got it, thanks
【在 m********m 的大作中提到】
: warburg effect 提出有80多年了，但是直到cantley的PKM2的两篇nature文章出现，才
: 比较清楚
: 直接的为解释cancer cell内这一现象的是如何发生调控的提供了证据， 这可能是这两
: 篇文章最大的贡献之处了，他的后继的两篇science文章可能只是对PKM2的功能进一步
: 解析，个人认为不如这两篇nature。池外，另外两个组的两篇Cell和nature，以及一篇
: MC发现
: PKM2
: 具有激酶活性而参与基因转录调控不失为让人们对代谢酶的功能有了更新的认识。
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d***y
发帖数: 8107 | 33 严重同意，要是经常有这种大牛级人物给我们讲讲相关进展就好了。而不是总是无谓的
rao粉，rao黑
【在 s******y 的大作中提到】
: 哦，是不是因为相关结果是在他还在UPenn 的时候就做出来的了？
: 另外，我觉得你和另外几个在这个主题下发帖的ID对自己做的领域了解
: 非常深啊。谁在做什么，有什么优势和劣势，等等，都一清二楚，
: 看完之后简直就相当是读了好几个review article 的信息量。
: 要是这个论坛里能有更多象你们这样的人就好了。
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j*b
发帖数: 341 | 34 要是每天都能看到这样的帖子，上mitbbs 也算没浪费时间
seem
【在 b*****u 的大作中提到】
: Can't agree with you more. Just look at LC's PKM2 nature papers, although
: you can argue that the discoveries are super revolutionary, the amount or
: quality of data is so .... The subtle difference on cell proliferation can
: only observed under low oxygen culturing conditions. The xenograft data seem
: also shaking. Btw, Agios might have already gave up PKM2.
: "Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入"!!!
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m********m
发帖数: 263 | 35 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
是它在cancer治疗
中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
得研究，估计他离nobel奖不远了
seem
【在 b*****u 的大作中提到】
: Can't agree with you more. Just look at LC's PKM2 nature papers, although
: you can argue that the discoveries are super revolutionary, the amount or
: quality of data is so .... The subtle difference on cell proliferation can
: only observed under low oxygen culturing conditions. The xenograft data seem
: also shaking. Btw, Agios might have already gave up PKM2.
: "Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入"!!!
|
K******S
发帖数: 10109 | 36 There's a reason why metabolism comes late in the -omics era. Other -omics
only deal with one type of molecules, while metabolomics deals with all
types of small molecules.
But I agree with you that it will continue to gain attention. Lots of mass
spec guys/labs are shifting to this field.
know
age.
【在 s******a 的大作中提到】
: The golden age of metabolism is coming again.
: The signaling roles of metabolites have been unappreciated for too long,
: even prominent examples like cAMP are everywhere.
: Stability and low concentration limit the study of many of them. We may know
: less than half of metabolites in our body right now.
: High resolution mass spectrometers and systems biology will power the next
: wave of discoveries. The fist half of 20th century was the first golden age.
: Pasted below are Nobel prizes related to metabolism:
: 1907, Eduard Buchner: cell-free fermentation.
: 1922, Archibald B. Hill: production of heat in the muscle?; Otto Meyerhof:
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z*t
发帖数: 863 | 37 其实Thompson 和 Tak Mak的paper也非常 messy, 尤其是Mak的Idh1 data惨不忍睹
您应该知道chi dang在jhu时用过gls的抑制剂treat idh1mut tumor, Thompson 发现了
Glu 其实是tumor cell 2-HG 的上游来源，也在用同样的strategy treat idh1 mutant
cell/mice
2HG 这东西还有不少可以挖掘的topic
alfa-
【在 m********m 的大作中提到】
: 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
: 是它在cancer治疗
: 中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
: leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
: 为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
: histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
: KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
: craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
: 得研究，估计他离nobel奖不远了
:
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p******g
发帖数: 295 | |
l*******r
发帖数: 39279 | 39 嗯，同意
而且言简意赅
多一些这样的文章就好了
【在 s******y 的大作中提到】
: 哦，是不是因为相关结果是在他还在UPenn 的时候就做出来的了？
: 另外，我觉得你和另外几个在这个主题下发帖的ID对自己做的领域了解
: 非常深啊。谁在做什么，有什么优势和劣势，等等，都一清二楚，
: 看完之后简直就相当是读了好几个review article 的信息量。
: 要是这个论坛里能有更多象你们这样的人就好了。
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l*******e
发帖数: 170 | 40 我的感觉是大牛们对oncogene/tumor suppressor gene的研究进入瓶颈了，太多了，各
种组合就更多，再加上不同的遗传背景表型会更多，还有epigenetic lesion，miRNA
dysregulation，各种组合不计其数了。Mak上次说造成cancer的原因比天上的星星多，
>10 billion。所以这捆人现在希望不同来源的癌细胞有类似的对代谢途径的重新利用
，从而做到一个治疗方案通杀所有癌细胞。但Mak被问到是否不同的癌细胞对代谢通路
的改变也是千变万化的时候，他没有回答的很明确，有点儿虚。所以如果抓住IDH1/2和
PKM2不放就又回到从前的老路上去了。癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是
相对homogenous决定了这个领域是否有前途。Angio前途非常不明朗，Cantley的实验室
现在也是四面出击，一点不focus。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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z*t
发帖数: 863 | 41 "不同来源的癌细胞有类似的对代谢途径的重新利用 ，从而做到一个治疗方案通杀所有
癌细胞。"I think you're talking about tumor heterogeneity. In my opinion,
The sentence you write is quite impossible, as we learned more and more
about inter- and intra- tumor heterogeneity, the universal way to kill
cancer is getting away. As long as Agios can make the compound specific for
patients carrying IDH1/2 mutation, they can profit. That may finally be the
dawn the personalized medicine:) Let's see:)
【在 l*******e 的大作中提到】
: 我的感觉是大牛们对oncogene/tumor suppressor gene的研究进入瓶颈了，太多了，各
: 种组合就更多，再加上不同的遗传背景表型会更多，还有epigenetic lesion，miRNA
: dysregulation，各种组合不计其数了。Mak上次说造成cancer的原因比天上的星星多，
: >10 billion。所以这捆人现在希望不同来源的癌细胞有类似的对代谢途径的重新利用
: ，从而做到一个治疗方案通杀所有癌细胞。但Mak被问到是否不同的癌细胞对代谢通路
: 的改变也是千变万化的时候，他没有回答的很明确，有点儿虚。所以如果抓住IDH1/2和
: PKM2不放就又回到从前的老路上去了。癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是
: 相对homogenous决定了这个领域是否有前途。Angio前途非常不明朗，Cantley的实验室
: 现在也是四面出击，一点不focus。
|
q****m
发帖数: 116 | |
q****m
发帖数: 116 | |
M*******d
发帖数: 20 | 44 Think about what is the definition of life, what is the major difference
between objects living and dead.
Metabolism
This is the very essence of life |
a*******n
发帖数: 156 | |
z*t
发帖数: 863 | 46 really，说来听听，上次thompson的一个合作者还说preclincal mouse study可以
reverse phenotype
【在 a*******n 的大作中提到】
: IDH的临床实验貌似不是太好
|
t******y
发帖数: 716 | 47 我认为癌症细胞采用glycolisis的主要原因是组织里的干细胞本来就是采用glycolisis
来自我更新，参与组织的损伤修复。但是由于基因突变，干细胞的复制不受控制，于是
成为肿瘤干细胞。 |
a*******n
发帖数: 156 | 48 转了几道手的消息，不保证真假
据说有制药公司做临床发现有这个mutation的病人的survival time反而延长了。
【在 z*t 的大作中提到】
: really，说来听听，上次thompson的一个合作者还说preclincal mouse study可以
: reverse phenotype
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s*****g
发帖数: 7857 | 49 谢谢码了那么多！
know
age.
【在 s******a 的大作中提到】
: The golden age of metabolism is coming again.
: The signaling roles of metabolites have been unappreciated for too long,
: even prominent examples like cAMP are everywhere.
: Stability and low concentration limit the study of many of them. We may know
: less than half of metabolites in our body right now.
: High resolution mass spectrometers and systems biology will power the next
: wave of discoveries. The fist half of 20th century was the first golden age.
: Pasted below are Nobel prizes related to metabolism:
: 1907, Eduard Buchner: cell-free fermentation.
: 1922, Archibald B. Hill: production of heat in the muscle?; Otto Meyerhof:
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s*****g
发帖数: 7857 | 50 “如果对代谢的target副作用没有人们想象的大的话，针对tumor metabolism的研究无
疑会成为pharma的下一个热点.”--谢谢！很有启发。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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z*t
发帖数: 863 | 51 纽约MSKCC的cohort里cytogenetic intermediate risk的patients如携带IDH2 R140Q，
在常规化疗下（柔红霉素）属于预后比较好的类型，其它的mutation对survival没有统
计意义的影响差别。我之前搞错了，Thompson的drug是特异性抑制mutant form的IDH1/
2，并不杀死细胞。
【在 a*******n 的大作中提到】
: 转了几道手的消息，不保证真假
: 据说有制药公司做临床发现有这个mutation的病人的survival time反而延长了。
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b******e
发帖数: 88 | 52 赞大牛
几个关键点解释得很清楚，跟看了一篇中文review一样，而且还能让我这样得外行知道
应该去找什么paper看，实在受益匪浅。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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w***r
发帖数: 709 | 53 大牛给谈谈领域的问题和风险吧
【在 b******e 的大作中提到】
: 赞大牛
: 几个关键点解释得很清楚，跟看了一篇中文review一样，而且还能让我这样得外行知道
: 应该去找什么paper看，实在受益匪浅。
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a*******a
发帖数: 4233 | 54 JAMA的文章， glioma里面有mutation survival time长。
但是这个可以解释为是不同的亚型。
【在 a*******n 的大作中提到】
: 转了几道手的消息，不保证真假
: 据说有制药公司做临床发现有这个mutation的病人的survival time反而延长了。
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t*****2
发帖数: 213 | 55 学习了，非常精辟，赞
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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k*****n
发帖数: 9823 | 56 最近做了一点有关AMPK的东西，胡乱说几句吧
现在热的Metformin也好，AICAR也好，严格说来都不是特异的AMPK activator
pAMPK的激活只能说是副产品而已。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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Z******5
发帖数: 435 | 57 打脸的文章出来了
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
growth.
alfa-
【在 m********m 的大作中提到】
: 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
: 是它在cancer治疗
: 中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
: leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
: 为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
: histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
: KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
: craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
: 得研究，估计他离nobel奖不远了
:
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m********m
发帖数: 263 | 58 very impressive！
【在 Z******5 的大作中提到】
: 打脸的文章出来了
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
: M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
: growth.
:
: alfa-
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b******e
发帖数: 3348 | 59 Mark
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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l****b
发帖数: 400 | 60 我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
，发个打脸的文章。呵呵。
【在 Z******5 的大作中提到】
: 打脸的文章出来了
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
: M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
: growth.
:
: alfa-
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a****y
发帖数: 53 | 61 赞，由此诞生的searle scholar 08年做facutly到现在还没出什么文章呢
【在 Z******5 的大作中提到】
: 打脸的文章出来了
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
: M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
: growth.
:
: alfa-
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l**********1
发帖数: 5204 | |
m*********r
发帖数: 49 | 63 刚加入glycolysis in cancer and stem cells.从这帖子了解了不少东西，收藏一下，
谢楼上各位 |
l**********1
发帖数: 5204 | 64 You are welcome.
Btw, plus one Oxford PI her Nature sister article:
PMID 21076401
HTTP: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21076401
and more pls go to
HTTP: //www.rob.ox.ac.uk/research/researchgroups/madalena-tarsounas
Ps: in 4 hrs she will give one lecture:
"BRCA1 and BRCA23 tumour suppressors in genome integrity and tumorigenesis"
by
Dr Madalena Tarsounas
Radiation Oncology & Biology, University of Oxford
Cancer Seminar Series
Tuesday 12-Feb-2013
Location:
yyyy, zzzz, xxx , n pm
【在 m*********r 的大作中提到】
: 刚加入glycolysis in cancer and stem cells.从这帖子了解了不少东西，收藏一下，
: 谢楼上各位
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p******b
发帖数: 379 | 65 弱问个问题啊， 我在肿瘤细胞里面knockdown一个基因， 细胞生长变化不明显， 但是
细胞长的过满的时候， 培养基变黄得比control细胞慢很多， 是不是可能代谢受影响
了？ |
A******y
发帖数: 2041 | 66 She looks good though :P.
【在 a****y 的大作中提到】
: 赞，由此诞生的searle scholar 08年做facutly到现在还没出什么文章呢
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a*****n
发帖数: 2835 | 67 可能有意思
另外不妨试试mTOR Hippo pathway 有没有变化
【在 p******b 的大作中提到】
: 弱问个问题啊， 我在肿瘤细胞里面knockdown一个基因， 细胞生长变化不明显， 但是
: 细胞长的过满的时候， 培养基变黄得比control细胞慢很多， 是不是可能代谢受影响
: 了？
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l**********1
发帖数: 5204 | 68 En
ucsd or Fudan Medicine (former 1st Shanghai Medical College) Guan KL
groups' contributions?
【在 a*****n 的大作中提到】
: 可能有意思
: 另外不妨试试mTOR Hippo pathway 有没有变化
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z*t
发帖数: 863 | 69 Welcome:)
besides glycolysis. 最近越来越多的证据表明serine和glycine对cancer metabolism
同样重要。
Serine,glycine可以回补丙酮酸，并参与one carbon unit的代谢。一直认为重要的
glutamine可以回补a-kg
虽然目前的数据只是体外的细胞系试验，但考虑到Serine , glycine和glutamine（or
glutamate)是血清中含量最高的生糖氨基酸,氨基酸的利用同样可以成为potential的
drug target
【在 m*********r 的大作中提到】
: 刚加入glycolysis in cancer and stem cells.从这帖子了解了不少东西，收藏一下，
: 谢楼上各位
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p******b
发帖数: 379 | 70 好的， 谢谢了，我先做几个western看看mTOR Hippo pathway有没有变化，
对代谢了解很少， 看了这个帖子， 觉得帮助很大， 呵呵
【在 a*****n 的大作中提到】
: 可能有意思
: 另外不妨试试mTOR Hippo pathway 有没有变化
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j******1
发帖数: 1315 | 71 IDH1,IDH2突变根本对tumor没有任何影响，诺贝尔，药物开发都成了浮云。 |
j******1
发帖数: 1315 | 72 Cancer cell metabolism的未来和现在oncogene,tumor suppressor 一样。无非是200
－300种肿瘤细胞，各种代谢和正常细胞如何如何不通，为药物开发找到可能靶点云云
。可能有几百篇牛文章吧（20－30种肿瘤＊10－20种重要代谢途径），再诞生20－30牛
人。 |
m********m
发帖数: 263 | 73 本人有爱八卦的劣根性，可否详细谈谈。这个可是太shock了，有文章出来吗？
【在 j******1 的大作中提到】
: IDH1,IDH2突变根本对tumor没有任何影响，诺贝尔，药物开发都成了浮云。
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m********m
发帖数: 263 | 74 本人偏见：cancer可能就是人类进化中不可避免的死结，是一种衰老失调产物。觉得人
类不大可能治愈癌症，就像不大可能长生不老一样。反过来，如果人类想长生不老，就
得想办法让细胞不衰老，不衰老的细胞很大可能就成为癌细胞（是否 研究stem cell可
以避免这一点，我不知道。 但是王八活千年不得癌症，是个有趣的问题，是不是由于
代谢缓慢的原因呢？扯远了请牛人指正）。如果能够做到有效延缓癌变，较好延长癌症病
人寿命就很不错了。所以，不论研究哪一方面，Cancer cell metabolism，oncogene还
是tumor suppressor，都是在为了更近一步清楚的认识cancer做一小部分贡献而已。但
是癌症太可怕，一小部分贡献足可以诞生几个甚至十几个诺奖。
200
【在 j******1 的大作中提到】
: Cancer cell metabolism的未来和现在oncogene,tumor suppressor 一样。无非是200
: －300种肿瘤细胞，各种代谢和正常细胞如何如何不通，为药物开发找到可能靶点云云
: 。可能有几百篇牛文章吧（20－30种肿瘤＊10－20种重要代谢途径），再诞生20－30牛
: 人。
|
z*t
发帖数: 863 | 75 说来听听，这消息太震撼了，但是从目前的prognosis data来看，不同cohort的结果并
不一致，不少cohort认为mutation status对pronosis没有影响。但目前很多
independent cohort都suggest 2-HG和recurrence有很强的关联
【在 j******1 的大作中提到】
: IDH1,IDH2突变根本对tumor没有任何影响，诺贝尔，药物开发都成了浮云。
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y***i
发帖数: 11639 | 76 至少海龟是长肿瘤的。我估计一般乌龟也会长肿瘤。
症病
【在 m********m 的大作中提到】
: 本人偏见：cancer可能就是人类进化中不可避免的死结，是一种衰老失调产物。觉得人
: 类不大可能治愈癌症，就像不大可能长生不老一样。反过来，如果人类想长生不老，就
: 得想办法让细胞不衰老，不衰老的细胞很大可能就成为癌细胞（是否 研究stem cell可
: 以避免这一点，我不知道。 但是王八活千年不得癌症，是个有趣的问题，是不是由于
: 代谢缓慢的原因呢？扯远了请牛人指正）。如果能够做到有效延缓癌变，较好延长癌症病
: 人寿命就很不错了。所以，不论研究哪一方面，Cancer cell metabolism，oncogene还
: 是tumor suppressor，都是在为了更近一步清楚的认识cancer做一小部分贡献而已。但
: 是癌症太可怕，一小部分贡献足可以诞生几个甚至十几个诺奖。
:
: 200
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s******y
发帖数: 28562 | 77 同好奇！同求出处！
【在 m********m 的大作中提到】
: 本人有爱八卦的劣根性，可否详细谈谈。这个可是太shock了，有文章出来吗？
|
s******y
发帖数: 28562 | 78 偷笑...
主要是药厂们花了大钱去跟风然后发现被骗了会怒。而且他们又和领域里面的其他人不
一样，他们的资金来源不靠NIH，所以不怕得罪大牛。
前几年不是还有一个什么什么著名的case, 某clinical trial 彻底的失败了，然后药
厂大怒，顺藤摸瓜的追查上去，发现原始证据是做假的，最后把一个始作俑的阿三给搞
掉了么？
我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
，发个打脸的文章。呵呵。
【在 l****b 的大作中提到】
: 我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
: 跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
: ，发个打脸的文章。呵呵。
|
l**********1
发帖数: 5204 | 79 >最后把一个始作俑的阿三给搞掉了么
that guy named AP (Duke) ? or other one?
web link:
HTTP: //retractionwatch.wordpress.com/category/by-author/anil-potti-
retractions/
【在 s******y 的大作中提到】
: 偷笑...
: 主要是药厂们花了大钱去跟风然后发现被骗了会怒。而且他们又和领域里面的其他人不
: 一样，他们的资金来源不靠NIH，所以不怕得罪大牛。
: 前几年不是还有一个什么什么著名的case, 某clinical trial 彻底的失败了，然后药
: 厂大怒，顺藤摸瓜的追查上去，发现原始证据是做假的，最后把一个始作俑的阿三给搞
: 掉了么？
:
: 我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
: 跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
: ，发个打脸的文章。呵呵。
|
l**********1
发帖数: 5204 | 80 Phosphorylation of 蘇氨酸（Threonine） Thr 对cancer
metabolism重要不?
pls refer
Cell (2013) 152: 290-303.
cited
>AMPK inhibits the Vps34 complex by phosphorylating
>T163/S165 in Vps34 and therefore suppresses
>overall PI(3)P production
web link:
HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23332761
metabolism
or
【在 z*t 的大作中提到】
: Welcome:)
: besides glycolysis. 最近越来越多的证据表明serine和glycine对cancer metabolism
: 同样重要。
: Serine,glycine可以回补丙酮酸，并参与one carbon unit的代谢。一直认为重要的
: glutamine可以回补a-kg
: 虽然目前的数据只是体外的细胞系试验，但考虑到Serine , glycine和glutamine（or
: glutamate)是血清中含量最高的生糖氨基酸,氨基酸的利用同样可以成为potential的
: drug target
|
|
|
s******y
发帖数: 28562 | 81 呵呵呵，就是他。
不过他还算不上大牛，大概勉强算是个厚皮牛而已。
【在 l**********1 的大作中提到】
: >最后把一个始作俑的阿三给搞掉了么
: that guy named AP (Duke) ? or other one?
: web link:
: HTTP: //retractionwatch.wordpress.com/category/by-author/anil-potti-
: retractions/
|
m********m
发帖数: 263 | 82 not only Glucose, but also Glutamine..
【在 A******y 的大作中提到】
: If cancer is really addicted to sugar, you can cure any cancer simply by
: putting your body in ketylosis. I think the big answer is NO!
|
j*b
发帖数: 341 | 83 指望这个治疗癌症有点悬。
【在 l*******e 的大作中提到】
: 有前途吗？未来发展走向如何？
: 牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
: 代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
: 癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？
|
i******2
发帖数: 96 | 84 大家说说学这个以后去industry 前景如何？ 貌似Pfizer 前时在招人。 |
z*t
发帖数: 863 | 85 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
Warbug
effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
了影响。
这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
代谢组这个概念。现在用GC/LC-MS进行代谢组的测定已经成为和microarray测转录一样
的技术了，肿瘤代谢的第二个重磅炸弹是Bert Vogelstein发现在glioma里有相当高比
例的IDH1/2 somatic mutation，大家一下就炸了，之前类似Krebs cycle的driver
mutation(FH/SDHA/SDHB)只在家族性遗传的clear cell carcinoma里存在，熊跃管坤良
最早探索了相关机制，但真正nail down IDH1/2致病机制的是Craig Thompson和
Canteley合办的 Agios company,利用代谢组profiling他们发现了IDH1/2 过量产生2-
HG，而非影响a-KG。2-HG会影响一系列表观遗传调控最终可能promote cancer.而现在
IDH1/2 somatic mutation在越来越多的cancer type中被发现，让大家开始重视这个
mutation。
Lkb1/mTor/AMPK就无需多说了，版上的大牛比我懂得多:)因为AMPK有metformin,David
Sabatini也在讨论利用metformin治疗cancer的问题
现在热炒cancer metabolism的另一个原因是很多oncogene/tumor suppressor可以调控
代谢通路，在oncogene gain/tumor supressor loss的情况下，肿瘤细胞可能通过比较
特别的代谢通路来维持生长，于是通过target oncogene gain/tumor supressor loss
情况下的aberrant metabolism成为了drug development的新思路。
但在探讨cancer metablolism的应用时，一个最大的问题是一个药物在target cancer
metabolism时非常可能同时干扰正常细胞的代谢。也就是说target cancer metabolism
的药物有潜在的副作用。这要求被target的通路和正常细胞的代谢通路有足够的不同。
从这个角度来看目前(5年左右)作为药物靶点而言最佳的选项就是pkm2和idh1/2了，也
就是Agios目前在做的两个target.
人们也在探讨FDA批准并长期使用的代谢类药物比如metformin和statin对cancer的作用
。如果对代谢的target副作用没有人们想象的大的话，针对tumor metabolism的研究无
疑会成为pharma的下一个热点.
【在 l*******e 的大作中提到】
: 有前途吗？未来发展走向如何？
: 牛PI们纷纷挺进是出于什么动机？
: 代谢方面的人才是不是不够（几年前metabolism可是人见人烦的东西）？
: 癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是相对homogenous？
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S*********s
发帖数: 304 | 86 写的非常好
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
|
s******a
发帖数: 252 | 87 The golden age of metabolism is coming again.
The signaling roles of metabolites have been unappreciated for too long,
even prominent examples like cAMP are everywhere.
Stability and low concentration limit the study of many of them. We may know
less than half of metabolites in our body right now.
High resolution mass spectrometers and systems biology will power the next
wave of discoveries. The fist half of 20th century was the first golden age.
Pasted below are Nobel prizes related to metabolism:
1907, Eduard Buchner: cell-free fermentation.
1922, Archibald B. Hill: production of heat in the muscle?; Otto Meyerhof:
fixed relationship between the consumption of oxygen and the metabolism of
lactic acid in the muscle.
1923, Frederick Grant Banting, John James Richard Macleod: discovery of
insulin.
1929, Arthur Harden, Hand von Euler-Chelpin: fermentation of sugar and
fermentative enzymes.
1929, Christiaan Eijkman: antineuritic vitamin; Sir Frederick Gowland
Hopkins: growth-stimulating vitamins.
1931, Otto Heinrich Warburg: nature and mode of action of the respiratory
enzyme.
1934, George Hoyt Whipple, George Richards Minot, William Parry Murphy:
liver therapy in cases of anaemia.
1937, Albert Szent-Gyorgyi: biological combustion, vitamin C and the
catalysis of fumaric acid.
1943, Henrik Carl Peter Dam: discovery of vitamin K; Edward Adelbert Doisy:
chemical nature of vitamin K.
1947, Carl Cori and Gerty Cori: catalytic conversion of glycogen; Bernardo
Houssay: hormone of the anterior pituitary lobe in the metabolism of sugar.
1950, Edward Calvin Kendall, Tadeus Reichstein,Philip Showalter Hench:
hormones of the adrenal cortex, their structure and biological effects.
1953, Hans Krebs: citric acid cycle; Fritz Lipmann: role of co-enzyme A in
metabolism.
1955, Axel Hugo Theodor Theorell: nature and mode of action of oxidation
enzymes“.
1961, Melvin Calvin: carbon dioxide assimilation in plants.
1964, Konrad Bloch, Feodor Lynen: cholesterol and fatty acid metabolism.
1971, Earl W. Sutherland, Jr.: mechanisms of the action of hormones.
1978, Peter Mitchell: chemiosmotic theory of biological energy transfer.
1982, Sune K. Bergström, Bengt I. Samuelsson, John R. Vane:
prostaglandins and related biologically active substances.
1985. Michael S. Brown, Joseph L. Goldstein: regulation of cholesterol
metabolism.
1988, Sir James W. Black, Gertrude B. Elion, George H. Hitchings: principles
for drug treatment.
1988, Johann Deisenhofer, Robert Huber, Hartmut Michel: photosynthetic
reaction centre.
1992, Edmond H. FischerEdwin G. Krebs: reversible protein phosphorylation as
a biological regulatory mechanism.
1994, Alfred G. GilmanMartin Rodbell: G-proteins and the role of these
proteins in signal transduction in cells.
1997, Paul D. Boyer, John E .Walker: synthesis of ATP.
1998, Robert F. Furchgott, Louis J. Ignarro, Ferid Murad: nitric oxide as a
signalling molecule in the cardiovascular system.
1999, Gunter Blobel: protein localization.
2000, Arvid Carlsson, Paul Greengard, Eric R. Kandel: signal transduction in
the nervous system.
2001, Leland H. Hartwell, Tim Hunt, Sir Paul Nurse: regulators of the cell
cycle.
2002, Sydney Brenner, H. Robert Horvitz, John E. Sulston: regulation of
organ development and programmed cell death.
2004, Aaron Ciechanover, Avram Hershko, Irwin Rose: ubiquitin-mediated
protein degradation. |
Z**********g
发帖数: 222 | 88 Mark.
Reprogramming Energy Metabolism已经被Weinberg归纳为肿瘤emerging Hallmark了。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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A******y
发帖数: 2041 | 89 How's Heather Christofk doing? Also, how about the mitochondria end of
cancer biology? |
T****r
发帖数: 4006 | 90 mark，mark...
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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l*******r
发帖数: 39279 | 91 赞，学习了
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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s******y
发帖数: 28562 | 92 狂赞技术贴！
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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z*t
发帖数: 863 | 93 多谢诸位夸奖
还有glutamine的代谢我没有提，Agios已经开始尝试用GLS抑制剂抑制IDH1/2产生的过
量2-HG。preclinical 动物实验已经work，这也是为啥前一段时间Thompson和Upenn打
官司的原因。
【在 S*********s 的大作中提到】
: 写的非常好
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s******y
发帖数: 28562 | 94 哦，是不是因为相关结果是在他还在UPenn 的时候就做出来的了？
另外，我觉得你和另外几个在这个主题下发帖的ID对自己做的领域了解
非常深啊。谁在做什么，有什么优势和劣势，等等，都一清二楚，
看完之后简直就相当是读了好几个review article 的信息量。
要是这个论坛里能有更多象你们这样的人就好了。
【在 z*t 的大作中提到】
: 多谢诸位夸奖
: 还有glutamine的代谢我没有提，Agios已经开始尝试用GLS抑制剂抑制IDH1/2产生的过
: 量2-HG。preclinical 动物实验已经work，这也是为啥前一段时间Thompson和Upenn打
: 官司的原因。
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j*b
发帖数: 341 | 95 这个PKM2和肿瘤代谢的关系已经知道很久了，这两篇还不是原创贴。
cantley还可以发nature，能不能解释一下？
Anticancer Res. 2003 Mar-Apr;23(2A):1155-8.
Tumor marker pyruvate kinase type tumor M2 in patients suffering from
diabetic nephropathy.
Oremek GM, Rutner F, Sapoutzis N, Sauer-Eppel H.
Source
Central Laboratory, Hospital of the Johann Wolfgang Goethe-University,
Frankfurt/Main, Germany.
Abstract
INTRODUCTION:
Compared to normal tissues all tumors investigated so far and especially
those with a metastatic potential overexpress an isoenzyme of the pyruvate
kinase, the pyruvate kinase type tumor M2 (TU M2-PK). Because of its
monomeric structure, the TU M2-PK has no function at all.
PATIENTS AND METHODS:
Using an enzyme-linked immuno sorbent assay (ELISA) developed by ScheBooTech
(Wettenberg, Germany) we measured the concentration of TU M2-PK in EDTA-
plasma of 12 probands with insulin-dependent diabetes mellitus and 91
patients suffering from non-insulin-dependent diabetes mellitus, both with
diabetic nephropathy. Moreover we focused on the way it compares to other
metabolic markers such as HbA1c, glucose and proteins.
RESULTS:
Among the 12 patients afflicted by insulin-dependent diabetes mellitus 17%,
and the 91 probands with non-insulin-dependent diabetes mellitus as many as
19% of the samples were raised over the cut-off of 25 U/ml EDTA-plasma. A
correlation with the other investigated parameters could not be found.
CONCLUSION:
This study shows that the TU M2-PK in EDTA-plasma of patients with diabetic
nephropathy presents 38.8% "false-positive" data and thus must be questioned
as a tumor marker.
Br J Nutr. 2002 Jan;87 Suppl 1:S23-9.
Pyruvate kinase type M2: a crossroad in the tumor metabolome.
Mazurek S, Grimm H, Boschek CB, Vaupel P, Eigenbrodt E.
Source
Institute for Biochemistry & Endocrinology, Veterinary Faculty, University
of Giessen, Germany.
Abstract
Cell proliferation is a process that consumes large amounts of energy. A
reduction in the nutrient supply can lead to cell death by ATP depletion, if
cell proliferation is not limited. A key sensor for this regulation is the
glycolytic enzyme pyruvate kinase, which determines whether glucose carbons
are channelled to synthetic processes or used for glycolytic energy
production. In unicellular organisms pyruvate kinase is regulated by ATP,
ADP and AMP, by ribose 5-P, the precursor of the nucleic acid synthesis, and
by the glycolytic intermediate fructose 1,6-P2 (FBP), thereby adapting cell
proliferation to nutrient supply. The mammalian pyruvate kinase isoenzyme
type M2 (M2-PK) displays the same kinetic properties as the pyruvate kinase
enzyme from unicellular organisms. The mammalian M2-PK isoenzyme can switch
between a less active dimeric form and a highly active tetrameric form which
regulates the channeling of glucose carbons either to synthetic processes (
dimeric form) or to glycolytic energy production (tetrameric form). Tumor
cells are usually characterized by a high amount of the dimeric form leading
to a strong accumulation of all glycolytic phosphometabolites above
pyruvate kinase. The tetramer-dimer ratio is regulated by ATP, FBP and
serine and by direct interactions with different oncoproteins (pp60v-src,
HPV-16 E7). In solid tumors with sufficient oxygen supply pyruvate is
supplied by glutaminolysis. Pyruvate produced in glycolysis and
glutaminolysis is used for the synthesis of lactate, glutamate and fatty
acids thereby releasing the hydrogen produced in the glycolytic
glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase reaction.
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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g*********5
发帖数: 2533 | 96 Do IDH mutations cause Aconitase problems? |
m********m
发帖数: 263 | 97 warburg effect 提出有80多年了，但是直到cantley的PKM2的两篇nature文章出现，才
比较清楚
直接的为解释cancer cell内这一现象的是如何发生调控的提供了证据， 这可能是这两
篇文章最大的贡献之处了，他的后继的两篇science文章可能只是对PKM2的功能进一步
解析，个人认为不如这两篇nature。池外，另外两个组的两篇Cell和nature，以及一篇
MC发现
PKM2
具有激酶活性而参与基因转录调控不失为让人们对代谢酶的功能有了更新的认识。
【在 j*b 的大作中提到】
: 这个PKM2和肿瘤代谢的关系已经知道很久了，这两篇还不是原创贴。
: cantley还可以发nature，能不能解释一下？
: Anticancer Res. 2003 Mar-Apr;23(2A):1155-8.
: Tumor marker pyruvate kinase type tumor M2 in patients suffering from
: diabetic nephropathy.
: Oremek GM, Rutner F, Sapoutzis N, Sauer-Eppel H.
: Source
: Central Laboratory, Hospital of the Johann Wolfgang Goethe-University,
: Frankfurt/Main, Germany.
: Abstract
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b*****u
发帖数: 75 | 98 Can't agree with you more. Just look at LC's PKM2 nature papers, although
you can argue that the discoveries are super revolutionary, the amount or
quality of data is so .... The subtle difference on cell proliferation can
only observed under low oxygen culturing conditions. The xenograft data seem
also shaking. Btw, Agios might have already gave up PKM2.
"Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入"!!!
【在 S*********s 的大作中提到】
: Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
: Tak Mak-IDH1及一堆
: Lewis Cantely -PKM2
: Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
: Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
: 还有一些
: 原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
: ，New PI会很困难。
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j*b
发帖数: 341 | 99 Got it, thanks
【在 m********m 的大作中提到】
: warburg effect 提出有80多年了，但是直到cantley的PKM2的两篇nature文章出现，才
: 比较清楚
: 直接的为解释cancer cell内这一现象的是如何发生调控的提供了证据， 这可能是这两
: 篇文章最大的贡献之处了，他的后继的两篇science文章可能只是对PKM2的功能进一步
: 解析，个人认为不如这两篇nature。池外，另外两个组的两篇Cell和nature，以及一篇
: MC发现
: PKM2
: 具有激酶活性而参与基因转录调控不失为让人们对代谢酶的功能有了更新的认识。
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d***y
发帖数: 8107 | 100 严重同意，要是经常有这种大牛级人物给我们讲讲相关进展就好了。而不是总是无谓的
rao粉，rao黑
【在 s******y 的大作中提到】
: 哦，是不是因为相关结果是在他还在UPenn 的时候就做出来的了？
: 另外，我觉得你和另外几个在这个主题下发帖的ID对自己做的领域了解
: 非常深啊。谁在做什么，有什么优势和劣势，等等，都一清二楚，
: 看完之后简直就相当是读了好几个review article 的信息量。
: 要是这个论坛里能有更多象你们这样的人就好了。
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j*b
发帖数: 341 | 101 要是每天都能看到这样的帖子，上mitbbs 也算没浪费时间
seem
【在 b*****u 的大作中提到】
: Can't agree with you more. Just look at LC's PKM2 nature papers, although
: you can argue that the discoveries are super revolutionary, the amount or
: quality of data is so .... The subtle difference on cell proliferation can
: only observed under low oxygen culturing conditions. The xenograft data seem
: also shaking. Btw, Agios might have already gave up PKM2.
: "Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入"!!!
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m********m
发帖数: 263 | 102 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
是它在cancer治疗
中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
得研究，估计他离nobel奖不远了
seem
【在 b*****u 的大作中提到】
: Can't agree with you more. Just look at LC's PKM2 nature papers, although
: you can argue that the discoveries are super revolutionary, the amount or
: quality of data is so .... The subtle difference on cell proliferation can
: only observed under low oxygen culturing conditions. The xenograft data seem
: also shaking. Btw, Agios might have already gave up PKM2.
: "Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入"!!!
|
K******S
发帖数: 10109 | 103 There's a reason why metabolism comes late in the -omics era. Other -omics
only deal with one type of molecules, while metabolomics deals with all
types of small molecules.
But I agree with you that it will continue to gain attention. Lots of mass
spec guys/labs are shifting to this field.
know
age.
【在 s******a 的大作中提到】
: The golden age of metabolism is coming again.
: The signaling roles of metabolites have been unappreciated for too long,
: even prominent examples like cAMP are everywhere.
: Stability and low concentration limit the study of many of them. We may know
: less than half of metabolites in our body right now.
: High resolution mass spectrometers and systems biology will power the next
: wave of discoveries. The fist half of 20th century was the first golden age.
: Pasted below are Nobel prizes related to metabolism:
: 1907, Eduard Buchner: cell-free fermentation.
: 1922, Archibald B. Hill: production of heat in the muscle?; Otto Meyerhof:
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z*t
发帖数: 863 | 104 其实Thompson 和 Tak Mak的paper也非常 messy, 尤其是Mak的Idh1 data惨不忍睹
您应该知道chi dang在jhu时用过gls的抑制剂treat idh1mut tumor, Thompson 发现了
Glu 其实是tumor cell 2-HG 的上游来源，也在用同样的strategy treat idh1 mutant
cell/mice
2HG 这东西还有不少可以挖掘的topic
alfa-
【在 m********m 的大作中提到】
: 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
: 是它在cancer治疗
: 中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
: leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
: 为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
: histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
: KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
: craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
: 得研究，估计他离nobel奖不远了
:
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p******g
发帖数: 295 | |
l*******r
发帖数: 39279 | 106 嗯，同意
而且言简意赅
多一些这样的文章就好了
【在 s******y 的大作中提到】
: 哦，是不是因为相关结果是在他还在UPenn 的时候就做出来的了？
: 另外，我觉得你和另外几个在这个主题下发帖的ID对自己做的领域了解
: 非常深啊。谁在做什么，有什么优势和劣势，等等，都一清二楚，
: 看完之后简直就相当是读了好几个review article 的信息量。
: 要是这个论坛里能有更多象你们这样的人就好了。
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l*******e
发帖数: 170 | 107 我的感觉是大牛们对oncogene/tumor suppressor gene的研究进入瓶颈了，太多了，各
种组合就更多，再加上不同的遗传背景表型会更多，还有epigenetic lesion，miRNA
dysregulation，各种组合不计其数了。Mak上次说造成cancer的原因比天上的星星多，
>10 billion。所以这捆人现在希望不同来源的癌细胞有类似的对代谢途径的重新利用
，从而做到一个治疗方案通杀所有癌细胞。但Mak被问到是否不同的癌细胞对代谢通路
的改变也是千变万化的时候，他没有回答的很明确，有点儿虚。所以如果抓住IDH1/2和
PKM2不放就又回到从前的老路上去了。癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是
相对homogenous决定了这个领域是否有前途。Angio前途非常不明朗，Cantley的实验室
现在也是四面出击，一点不focus。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
|
z*t
发帖数: 863 | 108 "不同来源的癌细胞有类似的对代谢途径的重新利用 ，从而做到一个治疗方案通杀所有
癌细胞。"I think you're talking about tumor heterogeneity. In my opinion,
The sentence you write is quite impossible, as we learned more and more
about inter- and intra- tumor heterogeneity, the universal way to kill
cancer is getting away. As long as Agios can make the compound specific for
patients carrying IDH1/2 mutation, they can profit. That may finally be the
dawn the personalized medicine:) Let's see:)
【在 l*******e 的大作中提到】
: 我的感觉是大牛们对oncogene/tumor suppressor gene的研究进入瓶颈了，太多了，各
: 种组合就更多，再加上不同的遗传背景表型会更多，还有epigenetic lesion，miRNA
: dysregulation，各种组合不计其数了。Mak上次说造成cancer的原因比天上的星星多，
: >10 billion。所以这捆人现在希望不同来源的癌细胞有类似的对代谢途径的重新利用
: ，从而做到一个治疗方案通杀所有癌细胞。但Mak被问到是否不同的癌细胞对代谢通路
: 的改变也是千变万化的时候，他没有回答的很明确，有点儿虚。所以如果抓住IDH1/2和
: PKM2不放就又回到从前的老路上去了。癌细胞对代谢途径的利用是heterogenous，还是
: 相对homogenous决定了这个领域是否有前途。Angio前途非常不明朗，Cantley的实验室
: 现在也是四面出击，一点不focus。
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q****m
发帖数: 116 | 109 good point, I like it. |
q****m
发帖数: 116 | |
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M*******d
发帖数: 20 | 111 Think about what is the definition of life, what is the major difference
between objects living and dead.
Metabolism
This is the very essence of life |
a*******n
发帖数: 156 | |
z*t
发帖数: 863 | 113 really，说来听听，上次thompson的一个合作者还说preclincal mouse study可以
reverse phenotype
【在 a*******n 的大作中提到】
: IDH的临床实验貌似不是太好
|
t******y
发帖数: 716 | 114 我认为癌症细胞采用glycolisis的主要原因是组织里的干细胞本来就是采用glycolisis
来自我更新，参与组织的损伤修复。但是由于基因突变，干细胞的复制不受控制，于是
成为肿瘤干细胞。 |
a*******n
发帖数: 156 | 115 转了几道手的消息，不保证真假
据说有制药公司做临床发现有这个mutation的病人的survival time反而延长了。
【在 z*t 的大作中提到】
: really，说来听听，上次thompson的一个合作者还说preclincal mouse study可以
: reverse phenotype
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s*****g
发帖数: 7857 | 116 谢谢码了那么多！
know
age.
【在 s******a 的大作中提到】
: The golden age of metabolism is coming again.
: The signaling roles of metabolites have been unappreciated for too long,
: even prominent examples like cAMP are everywhere.
: Stability and low concentration limit the study of many of them. We may know
: less than half of metabolites in our body right now.
: High resolution mass spectrometers and systems biology will power the next
: wave of discoveries. The fist half of 20th century was the first golden age.
: Pasted below are Nobel prizes related to metabolism:
: 1907, Eduard Buchner: cell-free fermentation.
: 1922, Archibald B. Hill: production of heat in the muscle?; Otto Meyerhof:
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s*****g
发帖数: 7857 | 117 “如果对代谢的target副作用没有人们想象的大的话，针对tumor metabolism的研究无
疑会成为pharma的下一个热点.”--谢谢！很有启发。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
|
z*t
发帖数: 863 | 118 纽约MSKCC的cohort里cytogenetic intermediate risk的patients如携带IDH2 R140Q，
在常规化疗下（柔红霉素）属于预后比较好的类型，其它的mutation对survival没有统
计意义的影响差别。我之前搞错了，Thompson的drug是特异性抑制mutant form的IDH1/
2，并不杀死细胞。
【在 a*******n 的大作中提到】
: 转了几道手的消息，不保证真假
: 据说有制药公司做临床发现有这个mutation的病人的survival time反而延长了。
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b******e
发帖数: 88 | 119 赞大牛
几个关键点解释得很清楚，跟看了一篇中文review一样，而且还能让我这样得外行知道
应该去找什么paper看，实在受益匪浅。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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w***r
发帖数: 709 | 120 大牛给谈谈领域的问题和风险吧
【在 b******e 的大作中提到】
: 赞大牛
: 几个关键点解释得很清楚，跟看了一篇中文review一样，而且还能让我这样得外行知道
: 应该去找什么paper看，实在受益匪浅。
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a*******a
发帖数: 4233 | 121 JAMA的文章， glioma里面有mutation survival time长。
但是这个可以解释为是不同的亚型。
【在 a*******n 的大作中提到】
: 转了几道手的消息，不保证真假
: 据说有制药公司做临床发现有这个mutation的病人的survival time反而延长了。
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t*****2
发帖数: 213 | 122 学习了，非常精辟，赞
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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k*****n
发帖数: 9823 | 123 最近做了一点有关AMPK的东西，胡乱说几句吧
现在热的Metformin也好，AICAR也好，严格说来都不是特异的AMPK activator
pAMPK的激活只能说是副产品而已。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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Z******5
发帖数: 435 | 124 打脸的文章出来了
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
growth.
alfa-
【在 m********m 的大作中提到】
: 同意你的看法。 虽然PKM2的研究可为cancer cell metabolism近几年的亮点之一，但
: 是它在cancer治疗
: 中的前景越来越受到质疑。相比之下，IDH的常见的几个glioma and acute myeloid
: leukemia相关的功能获得性突变非常引人注目，volgesten和Thompson的IDH文章更被列
: 为去年cancer领域近几年的 引用之最。最近IDH与epigenetics（通过alfa-KG调控
: histone甲基化）的link的发现（Thompson和TWM）可谓至关重要。如果针对IDH的alfa-
: KG功能突变设计药物，对治疗glioma and acute myeloid leukemia非常有前景。鉴于
: craig thompson的前期关于凋亡与病理的研究突出贡献和他近期对代谢，尤其是IDH，
: 得研究，估计他离nobel奖不远了
:
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m********m
发帖数: 263 | 125 very impressive！
【在 Z******5 的大作中提到】
: 打脸的文章出来了
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
: M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
: growth.
:
: alfa-
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b******e
发帖数: 3348 | 126 Mark
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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l****b
发帖数: 400 | 127 我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
，发个打脸的文章。呵呵。
【在 Z******5 的大作中提到】
: 打脸的文章出来了
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
: M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
: growth.
:
: alfa-
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a****y
发帖数: 53 | 128 赞，由此诞生的searle scholar 08年做facutly到现在还没出什么文章呢
【在 Z******5 的大作中提到】
: 打脸的文章出来了
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23267074
: M2 isoform of pyruvate kinase is dispensable for tumor maintenance and
: growth.
:
: alfa-
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l**********1
发帖数: 5204 | |
m*********r
发帖数: 49 | 130 刚加入glycolysis in cancer and stem cells.从这帖子了解了不少东西，收藏一下，
谢楼上各位 |
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p******b
发帖数: 379 | 131 弱问个问题啊， 我在肿瘤细胞里面knockdown一个基因， 细胞生长变化不明显， 但是
细胞长的过满的时候， 培养基变黄得比control细胞慢很多， 是不是可能代谢受影响
了？ |
A******y
发帖数: 2041 | 132 She looks good though :P.
【在 a****y 的大作中提到】
: 赞，由此诞生的searle scholar 08年做facutly到现在还没出什么文章呢
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a*****n
发帖数: 2835 | 133 可能有意思
另外不妨试试mTOR Hippo pathway 有没有变化
【在 p******b 的大作中提到】
: 弱问个问题啊， 我在肿瘤细胞里面knockdown一个基因， 细胞生长变化不明显， 但是
: 细胞长的过满的时候， 培养基变黄得比control细胞慢很多， 是不是可能代谢受影响
: 了？
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z*t
发帖数: 863 | 134 Welcome:)
besides glycolysis. 最近越来越多的证据表明serine和glycine对cancer metabolism
同样重要。
Serine,glycine可以回补丙酮酸，并参与one carbon unit的代谢。一直认为重要的
glutamine可以回补a-kg
虽然目前的数据只是体外的细胞系试验，但考虑到Serine , glycine和glutamine（or
glutamate)是血清中含量最高的生糖氨基酸,氨基酸的利用同样可以成为potential的
drug target
【在 m*********r 的大作中提到】
: 刚加入glycolysis in cancer and stem cells.从这帖子了解了不少东西，收藏一下，
: 谢楼上各位
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p******b
发帖数: 379 | 135 好的， 谢谢了，我先做几个western看看mTOR Hippo pathway有没有变化，
对代谢了解很少， 看了这个帖子， 觉得帮助很大， 呵呵
【在 a*****n 的大作中提到】
: 可能有意思
: 另外不妨试试mTOR Hippo pathway 有没有变化
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j******1
发帖数: 1315 | 136 IDH1,IDH2突变根本对tumor没有任何影响，诺贝尔，药物开发都成了浮云。 |
j******1
发帖数: 1315 | 137 Cancer cell metabolism的未来和现在oncogene,tumor suppressor 一样。无非是200
－300种肿瘤细胞，各种代谢和正常细胞如何如何不通，为药物开发找到可能靶点云云
。可能有几百篇牛文章吧（20－30种肿瘤＊10－20种重要代谢途径），再诞生20－30牛
人。 |
m********m
发帖数: 263 | 138 本人有爱八卦的劣根性，可否详细谈谈。这个可是太shock了，有文章出来吗？
【在 j******1 的大作中提到】
: IDH1,IDH2突变根本对tumor没有任何影响，诺贝尔，药物开发都成了浮云。
|
m********m
发帖数: 263 | 139 本人偏见：cancer可能就是人类进化中不可避免的死结，是一种衰老失调产物。觉得人
类不大可能治愈癌症，就像不大可能长生不老一样。反过来，如果人类想长生不老，就
得想办法让细胞不衰老，不衰老的细胞很大可能就成为癌细胞（是否 研究stem cell可
以避免这一点，我不知道。 但是王八活千年不得癌症，是个有趣的问题，是不是由于
代谢缓慢的原因呢？扯远了请牛人指正）。如果能够做到有效延缓癌变，较好延长癌症病
人寿命就很不错了。所以，不论研究哪一方面，Cancer cell metabolism，oncogene还
是tumor suppressor，都是在为了更近一步清楚的认识cancer做一小部分贡献而已。但
是癌症太可怕，一小部分贡献足可以诞生几个甚至十几个诺奖。
200
【在 j******1 的大作中提到】
: Cancer cell metabolism的未来和现在oncogene,tumor suppressor 一样。无非是200
: －300种肿瘤细胞，各种代谢和正常细胞如何如何不通，为药物开发找到可能靶点云云
: 。可能有几百篇牛文章吧（20－30种肿瘤＊10－20种重要代谢途径），再诞生20－30牛
: 人。
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z*t
发帖数: 863 | 140 说来听听，这消息太震撼了，但是从目前的prognosis data来看，不同cohort的结果并
不一致，不少cohort认为mutation status对pronosis没有影响。但目前很多
independent cohort都suggest 2-HG和recurrence有很强的关联
【在 j******1 的大作中提到】
: IDH1,IDH2突变根本对tumor没有任何影响，诺贝尔，药物开发都成了浮云。
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y***i
发帖数: 11639 | 141 至少海龟是长肿瘤的。我估计一般乌龟也会长肿瘤。
症病
【在 m********m 的大作中提到】
: 本人偏见：cancer可能就是人类进化中不可避免的死结，是一种衰老失调产物。觉得人
: 类不大可能治愈癌症，就像不大可能长生不老一样。反过来，如果人类想长生不老，就
: 得想办法让细胞不衰老，不衰老的细胞很大可能就成为癌细胞（是否 研究stem cell可
: 以避免这一点，我不知道。 但是王八活千年不得癌症，是个有趣的问题，是不是由于
: 代谢缓慢的原因呢？扯远了请牛人指正）。如果能够做到有效延缓癌变，较好延长癌症病
: 人寿命就很不错了。所以，不论研究哪一方面，Cancer cell metabolism，oncogene还
: 是tumor suppressor，都是在为了更近一步清楚的认识cancer做一小部分贡献而已。但
: 是癌症太可怕，一小部分贡献足可以诞生几个甚至十几个诺奖。
:
: 200
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s******y
发帖数: 28562 | 142 同好奇！同求出处！
【在 m********m 的大作中提到】
: 本人有爱八卦的劣根性，可否详细谈谈。这个可是太shock了，有文章出来吗？
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s******y
发帖数: 28562 | 143 偷笑...
主要是药厂们花了大钱去跟风然后发现被骗了会怒。而且他们又和领域里面的其他人不
一样，他们的资金来源不靠NIH，所以不怕得罪大牛。
前几年不是还有一个什么什么著名的case, 某clinical trial 彻底的失败了，然后药
厂大怒，顺藤摸瓜的追查上去，发现原始证据是做假的，最后把一个始作俑的阿三给搞
掉了么？
我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
，发个打脸的文章。呵呵。
【在 l****b 的大作中提到】
: 我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
: 跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
: ，发个打脸的文章。呵呵。
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l**********1
发帖数: 5204 | 144 >最后把一个始作俑的阿三给搞掉了么
that guy named AP (Duke) ? or other one?
web link:
HTTP: //retractionwatch.wordpress.com/category/by-author/anil-potti-
retractions/
【在 s******y 的大作中提到】
: 偷笑...
: 主要是药厂们花了大钱去跟风然后发现被骗了会怒。而且他们又和领域里面的其他人不
: 一样，他们的资金来源不靠NIH，所以不怕得罪大牛。
: 前几年不是还有一个什么什么著名的case, 某clinical trial 彻底的失败了，然后药
: 厂大怒，顺藤摸瓜的追查上去，发现原始证据是做假的，最后把一个始作俑的阿三给搞
: 掉了么？
:
: 我已经发现有个规律了。大牛发些东西，打脸的常常是药厂。为啥，大牛做的药厂纷纷
: 跟风啊，然后一看，NND不是这么回事。很多情况下，大家也就算了，有的就会跳出头
: ，发个打脸的文章。呵呵。
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l**********1
发帖数: 5204 | 145 Phosphorylation of 蘇氨酸（Threonine） Thr 对cancer
metabolism重要不?
pls refer
Cell (2013) 152: 290-303.
cited
>AMPK inhibits the Vps34 complex by phosphorylating
>T163/S165 in Vps34 and therefore suppresses
>overall PI(3)P production
web link:
HTTP : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23332761
metabolism
or
【在 z*t 的大作中提到】
: Welcome:)
: besides glycolysis. 最近越来越多的证据表明serine和glycine对cancer metabolism
: 同样重要。
: Serine,glycine可以回补丙酮酸，并参与one carbon unit的代谢。一直认为重要的
: glutamine可以回补a-kg
: 虽然目前的数据只是体外的细胞系试验，但考虑到Serine , glycine和glutamine（or
: glutamate)是血清中含量最高的生糖氨基酸,氨基酸的利用同样可以成为potential的
: drug target
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s******y
发帖数: 28562 | 146 呵呵呵，就是他。
不过他还算不上大牛，大概勉强算是个厚皮牛而已。
【在 l**********1 的大作中提到】
: >最后把一个始作俑的阿三给搞掉了么
: that guy named AP (Duke) ? or other one?
: web link:
: HTTP: //retractionwatch.wordpress.com/category/by-author/anil-potti-
: retractions/
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r******k
发帖数: 446 | 147 写的太到位了， 小弟最近开始做这个领域。。。。
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
|
r******k
发帖数: 446 | 148 she is the PI in ucla now and just published a cancer discovery with Hong Wu.
【在 A******y 的大作中提到】
: How's Heather Christofk doing? Also, how about the mitochondria end of
: cancer biology?
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r******k
发帖数: 446 | 149 大牛再讲讲matt vander heiden。 好像他的paper说pkm2 is not that important as
heather said
【在 z*t 的大作中提到】
: really，说来听听，上次thompson的一个合作者还说preclincal mouse study可以
: reverse phenotype
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r******k
发帖数: 446 | 150 这是真的。 有idh mutation的病人survival 本来就要长于没有idh mutation的 病人
。 主要有idh mutation的glioma多为secondary GBM， 比primary GBM更为benign。
【在 a*******n 的大作中提到】
: 转了几道手的消息，不保证真假
: 据说有制药公司做临床发现有这个mutation的病人的survival time反而延长了。
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f******g
发帖数: 1003 | 151 看了四pages，受益匪浅，谢谢各位。
IDH在myeloid leukemia中突变率很高，还有另外几个基因也很高，Dnmt3a, Tet2,
Sf3B1等等。
携带Tet2,Dnmt3a的突变的小鼠确实能够发展myeloid leukemia，但是最新的一篇BLOOD
文章表示Sf3B1 knockdown小鼠没有发展myeloid leukemia，这些数据表明在肿瘤中突
变率高的基因不一定是致病基因or driver mutation.
我的问题是携带IDH mutation的小鼠有没有发现leukemia或者其他肿瘤吗？ |
r******k
发帖数: 446 | 152 我记得 携带idh mutation的mice 可以develop leukemia。 是Tak Wah Mak的文章 是
关于idh2 drive lukemia的。
BLOOD
【在 f******g 的大作中提到】
: 看了四pages，受益匪浅，谢谢各位。
: IDH在myeloid leukemia中突变率很高，还有另外几个基因也很高，Dnmt3a, Tet2,
: Sf3B1等等。
: 携带Tet2,Dnmt3a的突变的小鼠确实能够发展myeloid leukemia，但是最新的一篇BLOOD
: 文章表示Sf3B1 knockdown小鼠没有发展myeloid leukemia，这些数据表明在肿瘤中突
: 变率高的基因不一定是致病基因or driver mutation.
: 我的问题是携带IDH mutation的小鼠有没有发现leukemia或者其他肿瘤吗？
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i*********0
发帖数: 915 | |
a*********n
发帖数: 2526 | 154 你算说道点子了，依然是治标不治本的。
200
【在 j******1 的大作中提到】
: Cancer cell metabolism的未来和现在oncogene,tumor suppressor 一样。无非是200
: －300种肿瘤细胞，各种代谢和正常细胞如何如何不通，为药物开发找到可能靶点云云
: 。可能有几百篇牛文章吧（20－30种肿瘤＊10－20种重要代谢途径），再诞生20－30牛
: 人。
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j********r
发帖数: 156 | 155 碰巧刚看到几篇关于氨基酸代谢的文章，大牛来点评一下。
1. Serine starvation induces stress and p53-dependent metabolic remodelling
in cancer cells （nature, 2013)
2. Serine, but Not Glycine, Supports One-Carbon Metabolism and Proliferation
of Cancer Cells (Cell reports, 2014)
3. Phosphoglycerate dehydrogenase diverts glycolytic flux and contributes to
oncogenesis (Nature genetics, 2011)
4. Functional genomics reveal that the serine synthesis pathway is essential
in breast cancer (nature, 2011)
elife刚发了一片关于metformin的文章。俺愣是没看出啥significance or advance。
通篇就一个metformin-resistant rescue assay.
(Metformin inhibits mitochondrial complex I of cancer cells to reduce
tumorigenesis)
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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z*t
发帖数: 863 | 156 AML里频率高的几个突变是FLT3,NPM1,DNMT3A.Tet2 Sf3b1在MDS里常见。Sf3b1应该是
MDS里的RA或者RAEB如果我没记错，MDS是一种细胞异常分化的pre-leukemic condition
IDH1/2的老鼠确实没有病理上的leukemia，但是IDH1/2突变会引起很弱的MDS。
BLOOD
【在 f******g 的大作中提到】
: 看了四pages，受益匪浅，谢谢各位。
: IDH在myeloid leukemia中突变率很高，还有另外几个基因也很高，Dnmt3a, Tet2,
: Sf3B1等等。
: 携带Tet2,Dnmt3a的突变的小鼠确实能够发展myeloid leukemia，但是最新的一篇BLOOD
: 文章表示Sf3B1 knockdown小鼠没有发展myeloid leukemia，这些数据表明在肿瘤中突
: 变率高的基因不一定是致病基因or driver mutation.
: 我的问题是携带IDH mutation的小鼠有没有发现leukemia或者其他肿瘤吗？
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f******g
发帖数: 1003 | 157 IDH1(R132H) mutation increases murine haematopoietic progenitors and alters
epigenetics.
Nature, 2012
These mutants show increased numbers of early haematopoietic progenitors and
develop splenomegaly and anaemia with extramedullary haematopoiesis.
表型不是特别明显。
是不是可以人为IDH1的突变只是helper mutation呢?
condition
【在 z*t 的大作中提到】
: AML里频率高的几个突变是FLT3,NPM1,DNMT3A.Tet2 Sf3b1在MDS里常见。Sf3b1应该是
: MDS里的RA或者RAEB如果我没记错，MDS是一种细胞异常分化的pre-leukemic condition
: IDH1/2的老鼠确实没有病理上的leukemia，但是IDH1/2突变会引起很弱的MDS。
:
: BLOOD
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f******g
发帖数: 1003 | 158 IDH1(R132H) mutation increases murine haematopoietic progenitors and alters
epigenetics.
Nature, 2012
These alterations are gain-of-function mutations in that they drive the
synthesis of the 'oncometabolite' R-2-hydroxyglutarate (2HG).
These mutants show increased numbers of early haematopoietic rogenitors and
develop splenomegaly and anaemia with extramedullary haematopoiesis.
表型不是特别明显。
是不是可以人为IDH1的突变只是helper mutation呢?
【在 r******k 的大作中提到】
: 我记得 携带idh mutation的mice 可以develop leukemia。 是Tak Wah Mak的文章 是
: 关于idh2 drive lukemia的。
:
: BLOOD
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f******g
发帖数: 1003 | 159 IDH１/２直接敲除小鼠是不是胚胎致死的?
if yes, 做个条件敲除，然后再和各种各样的cre杂交，看看性状。
虽然IDH1(R132H)是gain-of-function mutation，但是看看敲除后的性状也应该有点意
思. |
r******k
发帖数: 446 | 160 Knock out? 一般不会做IDH1 knock out， 因为没有任何意义。在glioma和leukemia中
，只存在idh1的mutation，但是不存在deletion， 跟pten什么的还不太一样。 一般都
是做idh1/2 mutation的KI。
target在brian里面的idh mutation的KI的mice是胚胎致死的。
【在 f******g 的大作中提到】
: IDH１/２直接敲除小鼠是不是胚胎致死的?
: if yes, 做个条件敲除，然后再和各种各样的cre杂交，看看性状。
: 虽然IDH1(R132H)是gain-of-function mutation，但是看看敲除后的性状也应该有点意
: 思.
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r******k
发帖数: 446 | 161 harvard 的pandolfi 新发的一片paper， IDH2R140Q cooperates with Flt3ITD to
drive acute leukemia in vivo.
but PPP的东西。。。。 呵呵
alters
and
【在 f******g 的大作中提到】
: IDH1(R132H) mutation increases murine haematopoietic progenitors and alters
: epigenetics.
: Nature, 2012
: These alterations are gain-of-function mutations in that they drive the
: synthesis of the 'oncometabolite' R-2-hydroxyglutarate (2HG).
: These mutants show increased numbers of early haematopoietic rogenitors and
: develop splenomegaly and anaemia with extramedullary haematopoiesis.
: 表型不是特别明显。
: 是不是可以人为IDH1的突变只是helper mutation呢?
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o*****e
发帖数: 189 | 162 Jeremy Rich 最近的一个讲座上也报道了很多glioma的代谢数据，发了很多代谢方面的
文章。不知道他在楼上各位看来算不算大牛， 还是也只是跟风而已。 |
z*t
发帖数: 863 | 163 idh突变很怪异，mutation之后产生的过量2-hg其实是toxic的。而且非常需要另外的
mutation
但是似乎无论细胞的突变背景如何，有了idh1/2突变后就会依赖这个突变。最近agios
的agi-221就可以促进分化，被大家称为第二种atra
alters
and
【在 f******g 的大作中提到】
: IDH1(R132H) mutation increases murine haematopoietic progenitors and alters
: epigenetics.
: Nature, 2012
: These alterations are gain-of-function mutations in that they drive the
: synthesis of the 'oncometabolite' R-2-hydroxyglutarate (2HG).
: These mutants show increased numbers of early haematopoietic rogenitors and
: develop splenomegaly and anaemia with extramedullary haematopoiesis.
: 表型不是特别明显。
: 是不是可以人为IDH1的突变只是helper mutation呢?
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z*t
发帖数: 863 | 164 他属于跟风，但他在glioma stem cell里是绝对的大牛。
Ralph Deberardinis和eyal gottlieb这两位Craig Thompson的徒弟是我觉得有独到见
解的两位
【在 o*****e 的大作中提到】
: Jeremy Rich 最近的一个讲座上也报道了很多glioma的代谢数据，发了很多代谢方面的
: 文章。不知道他在楼上各位看来算不算大牛， 还是也只是跟风而已。
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r******k
发帖数: 446 | 165 大神对idh1 mutation在higher degree的glioma里面消失 有什么看法？
【在 z*t 的大作中提到】
: 他属于跟风，但他在glioma stem cell里是绝对的大牛。
: Ralph Deberardinis和eyal gottlieb这两位Craig Thompson的徒弟是我觉得有独到见
: 解的两位
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z*t
发帖数: 863 | 166 当不起，但我倾向于认为glioblastoma(GBM)是遗传上与glioma II/III完全不同的疾病
。如果你看GBM和其他级别的关系，其实不是一个从低级别到高级别进展（类似MDS 到
AML）的过程。GBM的发病往往是de novo的，不存在从其他级别发展来的说法
【在 r******k 的大作中提到】
: 大神对idh1 mutation在higher degree的glioma里面消失 有什么看法？
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s*****c
发帖数: 5202 | 167 通常说的GBM是指primary GBM，占绝大部分，常见于adult
IDH1 mutation是secondary GBM的一个mark，也见于young adult primary GBM
到
【在 z*t 的大作中提到】
: 当不起，但我倾向于认为glioblastoma(GBM)是遗传上与glioma II/III完全不同的疾病
: 。如果你看GBM和其他级别的关系，其实不是一个从低级别到高级别进展（类似MDS 到
: AML）的过程。GBM的发病往往是de novo的，不存在从其他级别发展来的说法
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z*t
发帖数: 863 | 168 谢谢更正:)但我记得young adult的GBM有好于成人GBM的预后，大牛能说说不？
【在 s*****c 的大作中提到】
: 通常说的GBM是指primary GBM，占绝大部分，常见于adult
: IDH1 mutation是secondary GBM的一个mark，也见于young adult primary GBM
:
: 到
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h*****5
发帖数: 9 | 169 mark！
【在 z*t 的大作中提到】
: 在做相关项目，上来胡说几句，当是抛砖引玉，大家多多指正
: otto warburg老早就发现cancer更喜欢glycolysis，还因此得了诺奖，之前的肿瘤代谢
: 主要在体外造影上有一定的应用，为啥肿瘤代谢要到现在又火了呢。在这个field里真
: 正让代谢又火起来的个人看来是三个topic: PKM2, IDH1/2, Lkb1/mTor/AMPK。
: 尤其是Lewis Canteley 2008 Pkm2的nautre，让人们知道了cancer cell是如何建立
: Warbug
: effect的，这之后各种可能和warburg effect相关的pathway又被人们陆续挖掘了出来
: 。而通过对PKM2/LDHB等glycolysis相关酶的knockdown, tumor cell的生长也确实受到
: 了影响。
: 这个领域重新开始火的另外一个原因是在2000-2010这十年间组学概念的热潮，催生了
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r******k
发帖数: 446 | 170
【在 s*****c 的大作中提到】
: 通常说的GBM是指primary GBM，占绝大部分，常见于adult
: IDH1 mutation是secondary GBM的一个mark，也见于young adult primary GBM
:
: 到
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r******k
发帖数: 446 | 171 在higher degree的secondary glioma里面IDH1 mutation就消失了，这是为啥？
【在 z*t 的大作中提到】
: 谢谢更正:)但我记得young adult的GBM有好于成人GBM的预后，大牛能说说不？
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r******k
发帖数: 446 | 172 您对IDH1 mutation在higher degree的secondary glioma就消失了 有啥看法不？
【在 s*****c 的大作中提到】
: 通常说的GBM是指primary GBM，占绝大部分，常见于adult
: IDH1 mutation是secondary GBM的一个mark，也见于young adult primary GBM
:
: 到
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c********6
发帖数: 189 | 173 Mien-Chie Hung是cancer metabolism大牛???他只是跟风打酱油吧!!!
【在 S*********s 的大作中提到】
: Cancer metabolism是大牛玩的东西,新人慎入
: Tak Mak-IDH1及一堆
: Lewis Cantely -PKM2
: Mien-Chie Hung - Keap1/NF-KB,EGFR等一堆
: Inder M. Verma- cancer stem cell and metabolism
: 还有一些
: 原因在于很多问题没有确定的答案，大牛可以凭借以前的credit把story很漂亮地卖出
: ，New PI会很困难。
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L*****e
发帖数: 288 | |
b*****s
发帖数: 169 | |
f******g
发帖数: 1003 | |
s*****g
发帖数: 7857 | 177 还有胆固醇！
【在 m********m 的大作中提到】
: not only Glucose, but also Glutamine..
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s*****g
发帖数: 7857 | 178 谢谢启发！
【在 k*****n 的大作中提到】
: 最近做了一点有关AMPK的东西，胡乱说几句吧
: 现在热的Metformin也好，AICAR也好，严格说来都不是特异的AMPK activator
: pAMPK的激活只能说是副产品而已。
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