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Biology版 - 个性化医疗 vs. 癌症
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咨询肿瘤样品测序的公司,先谢了。华大必死
国内做高通量筛药的有没有牛人?牛津纳米孔的这个u盘
问题请教: illumina 测序样品制备华大的钱从哪来的
next generation sequencing technology请问大家美国哪里454测序比较便宜
illumina测序数据分析比较基因组学问题请教
南方科大招聘生物方向博士后(年薪18万RMB)请教基因测序
深度测序的精确度会随被测的目的基因改变吗?mouse的ChIPseq结果却map到human基因组,咋回事?
大家一般都在哪里测序以及如何提高测序产率ZZ好文:首例生物科技并购还原--华大基因BGI收购CG
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话题: 肿瘤话题: 测序话题: 细胞话题: 8226话题: 癌症
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1 (共1页)
h********8
发帖数: 49
1
看到网上一个报道,用全基因组测序肿瘤以确定突变类型和疗法的。
大家怎么看个性化医疗在抗癌领域的应用,我觉得要解决以下问题。
1.我以后得某种癌的可能性
2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤,如血液检测circulating tumor cell
3.一旦得癌,我得的是哪一种,肿瘤基因组出现了什么突变,有没有针对性的抗癌药和
临床试验
4.抗癌药的剂量是不是最优
5.治好后或者稳定期,会不会恶化或者重来。
故事原文在这
http://www.caijing.com.cn/2012-09-05/112107241.html
发个精要版
2004
• Beth McDaniel, 61, 癌症症状从全身瘙痒开始。然后, 皮肤变成了猩
红色,开始发生感染
2005
• 被诊断为一种罕见的 T 细胞淋巴瘤,导致白细胞癌变并迁移到皮肤表
面。这是一种不治之症,没有标准疗法,到了她这个阶段的病人平均只能再活几年
2010夏天
• 病情急剧恶化了,数百个肿瘤在皮肤下突然出现,有些足有猕猴桃那么
大,并且开裂了。
• Beth的儿子麦克丹尼尔是分子生物学博士,在基因测序公司 Illumina
任职。他决定离职,全职研究如何使用最先进的基因测序及分析技术来对付母亲的癌症
。麦克丹尼尔博士因工作需要而读过相关科学报道,还参加过相关医学会议并在那里听
过全基因组测序的报告。他注意到,报告中提及的病人似乎都患有罕见癌症。
2011年1-4月
• 在Mayo Clinic,Illumina,TGen的协助下全基因组测序,数据分析,
耗资4.628万美
2012年5月18日
• 研究者们注意到她的癌症细胞里两个基因似乎融合到了一起。结果是,
癌细胞中的细胞生长信号被反转了,就像是线接反了那样。她免疫系统的T细胞也就是
癌细胞每次收到停止信号时,就会像收到增长信号那样增生,而每次收到增长信号时,
反而会停止生长。
• 如果研究组的推理是对的,那么停止她癌细胞生长的办法就是向它发出
生长信号。而一种对抗黑色素瘤的新药ipilimumab(商品名 Yervoy)正是设计用来做这
个的。它能促进正常T细胞的生长。但如果研究人员错了,那么这种药就可能让她死掉。
7 月 28 日
• 接受了第一次注射,效果十分显著,甚至可以每天去餐厅和电影院了。
9 月 2 日,她和丈夫一同去餐馆庆祝他们 50 周年结婚纪念日。
9月末 癌症反弹,
11月30日 去世
为什么失败?
• 05-10技术不成熟。动手太晚?推理错误?抗癌药疗效?用药过度?
l****m
发帖数: 751
2
many people have started to do what you listed.
There are both positive and negative results so far. I guess the main
limitation are: 1. the high cost 2. legal issue.
c******r
发帖数: 3778
3
终于啊,不用转基因可以讨论些有意思的问题了。赞!
你的这个正是现代肿瘤研究的发展方向。
肿瘤有高度的自身选择和进化,导致非常diversified。在基因水平上就是不同肿瘤有
不同的基因改变,病理上同一种肿瘤也有不同的基因改变,即使到同一个人的肿瘤里面
不同的细胞也有不同的改变。因此个性化医疗,或者说对肿瘤的个性化治疗。
看到网上一个报道,用全基因组测序肿瘤以确定突变类型和疗法的。
大家怎么看个性化医疗在抗癌领域的应用,我觉得要解决以下问题。
1.我以后得某种癌的可能性
//在一定程度上yes,完全可以做到。比如angelina jolie,就通过基因检测发现有
很高的乳腺癌几率,所以做了预防性切除。但是除此之外,还有很多散发肿瘤,无法预
测。
2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤,如血液检测circulating tumor cell
//这个一直在做。但是太难了。你想想,全身4升血,取血10ml,有几百万细胞里面
也许只有几个肿瘤细胞。这对检测试剂的灵敏性准确性要求非常非常高。目前手段还不
容易做到。当然随着新技术的发展,还是有可能的。比如有研究用纳米筛来检测癌细胞。
3.一旦得癌,我得的是哪一种,肿瘤基因组出现了什么突变,有没有针对性的抗癌药和
临床试验。
//这基本是目前肿瘤基因研究的重点。比如目前的多数靶向治疗,都要求先检查靶细
胞的存在,表达量等等,来决定是否使用某个靶向药物。
4.抗癌药的剂量是不是最优
//是,理论上是可以的。但是需要庞大数据库,大量的临床数据进行分析。目前肯定
有人在做,但是大概还没有做到。
5.治好后或者稳定期,会不会恶化或者重来。
//预后也是目前肿瘤治疗的中的一个重要问题。确实基因检测在一定程度上比其他预
测更准确。但是跟4一样,需要大量临床数据。目前还做不到非常完善。
故事原文在这
http://www.caijing.com.cn/2012-09-05/112107241.html
发个精要版
2004
• Beth McDaniel, 61, 癌症症状从全身瘙痒开始。然后, 皮肤变成了猩
红色,开始发生感染
2005
• 被诊断为一种罕见的 T 细胞淋巴瘤,导致白细胞癌变并迁移到皮肤表
面。这是一种不治之症,没有标准疗法,到了她这个阶段的病人平均只能再活几年
2010夏天
• 病情急剧恶化了,数百个肿瘤在皮肤下突然出现,有些足有猕猴桃那么
大,并且开裂了。
• Beth的儿子麦克丹尼尔是分子生物学博士,在基因测序公司 Illumina
任职。他决定离职,全职研究如何使用最先进的基因测序及分析技术来对付母亲的癌症
。麦克丹尼尔博士因工作需要而读过相关科学报道,还参加过相关医学会议并在那里听
过全基因组测序的报告。他注意到,报告中提及的病人似乎都患有罕见癌症。
2011年1-4月
• 在Mayo Clinic,Illumina,TGen的协助下全基因组测序,数据分析,
耗资4.628万美
2012年5月18日
• 研究者们注意到她的癌症细胞里两个基因似乎融合到了一起。结果是,
癌细胞中的细胞生长信号被反转了,就像是线接反了那样。她免疫系统的T细胞也就是
癌细胞每次收到停止信号时,就会像收到增长信号那样增生,而每次收到增长信号时,
反而会停止生长。
• 如果研究组的推理是对的,那么停止她癌细胞生长的办法就是向它发出
生长信号。而一种对抗黑色素瘤的新药ipilimumab(商品名 Yervoy)正是设计用来做这
个的。它能促进正常T细胞的生长。但如果研究人员错了,那么这种药就可能让她死掉。
7 月 28 日
• 接受了第一次注射,效果十分显著,甚至可以每天去餐厅和电影院了。
9 月 2 日,她和丈夫一同去餐馆庆祝他们 50 周年结婚纪念日。
9月末 癌症反弹,
11月30日 去世
为什么失败?
• 05-10技术不成熟。动手太晚?推理错误?抗癌药疗效?用药过度?
//原因很明显。就是我前面说的,肿瘤本身是个很diversified system。有各种各样
的变异。检测到的几乎肯定是最多细胞表达的。但是药物杀死这些细胞之后病人获得好
转。但是同时,肿瘤是个evolution system。也就是说,少量的肿瘤细胞不表达或者有
其他手段对药物不敏感的细胞就获得了繁殖空间。因此结果就是迅速反弹。所以靶向(
你这个例子就是一个靶向治疗的例子)治疗一般需要多药联合。由于靶向的特异性太好
了,虽然大大减少了副作用,但是同时也减少了非特异性杀伤肿瘤细胞的能力,给复发
提供了条件。所以将来的方向是:
1。多靶向药物联合使用。
2。反复检查肿瘤细胞,调整靶向药物。
这些手段都在做,但是需要时间。大概有20-30年以后,应该会有比较完整的综合治疗
手段。
h********n
发帖数: 4079
4
话说刚才我打电话去MD Anderson Cancer Center找一个教授, 正好秘书接, 然我等个3
分钟左右, 我就听到他们自动的语音广告:
In MD Anderson there is no standard therapy, every patient is unique....
h******e
发帖数: 1737
5
说一点,如果已经存在circulating cancer cell的话好像已经是比较晚期的情况了
感觉如果能有什么突破可以使得早期(stage1,不晚于stage2)检测的灵敏度升高假阳
性率降低都是当前科技医疗条件下肿瘤治疗很重要的突破
s*****g
发帖数: 7857
6
其实国内很多肺癌就相当于有靶向治疗了.如果是低分化而没有任何能检测到的突变的
癌,就很难有希望治愈.
d**********t
发帖数: 20415
7
血液筛查的重点是biomarker而不是什么circulating cancer cell吧,血液筛查如果能
找到合适的biomarker的话,可行性是最高的,可惜这方面的进展还是非常缓慢

【在 h******e 的大作中提到】
: 说一点,如果已经存在circulating cancer cell的话好像已经是比较晚期的情况了
: 感觉如果能有什么突破可以使得早期(stage1,不晚于stage2)检测的灵敏度升高假阳
: 性率降低都是当前科技医疗条件下肿瘤治疗很重要的突破

m*****g
发帖数: 21
8
癌细胞的heterogenecity
这个案例第一步已经很成功了,这个儿子真是做得让人敬佩。但是target single
molecule多半会出现这样的结果的。
这其间如果再测序一次,是不是可能会指导新的治疗,但是4万多美元测序成本是不是
还是太高了?印象里全基因测序应该降了很多了。

cell

【在 h********8 的大作中提到】
: 看到网上一个报道,用全基因组测序肿瘤以确定突变类型和疗法的。
: 大家怎么看个性化医疗在抗癌领域的应用,我觉得要解决以下问题。
: 1.我以后得某种癌的可能性
: 2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤,如血液检测circulating tumor cell
: 3.一旦得癌,我得的是哪一种,肿瘤基因组出现了什么突变,有没有针对性的抗癌药和
: 临床试验
: 4.抗癌药的剂量是不是最优
: 5.治好后或者稳定期,会不会恶化或者重来。
: 故事原文在这
: http://www.caijing.com.cn/2012-09-05/112107241.html

Z**********g
发帖数: 222
C********w
发帖数: 1724
10
CTC 应该是转移开始发生了, 癌细胞从肿瘤上脱落下来了

【在 h******e 的大作中提到】
: 说一点,如果已经存在circulating cancer cell的话好像已经是比较晚期的情况了
: 感觉如果能有什么突破可以使得早期(stage1,不晚于stage2)检测的灵敏度升高假阳
: 性率降低都是当前科技医疗条件下肿瘤治疗很重要的突破

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南方科大招聘生物方向博士后(年薪18万RMB)华大必死
深度测序的精确度会随被测的目的基因改变吗?牛津纳米孔的这个u盘
大家一般都在哪里测序以及如何提高测序产率华大的钱从哪来的
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C********w
发帖数: 1724
11
如果说癌症病人最后能痊愈, 靠的肯定是自身的免疫.
所谓的什么什么疗法都是瞎扯

个3

【在 h********n 的大作中提到】
: 话说刚才我打电话去MD Anderson Cancer Center找一个教授, 正好秘书接, 然我等个3
: 分钟左右, 我就听到他们自动的语音广告:
: In MD Anderson there is no standard therapy, every patient is unique....

D***s
发帖数: 5613
12
有意思的报道

cell

【在 h********8 的大作中提到】
: 看到网上一个报道,用全基因组测序肿瘤以确定突变类型和疗法的。
: 大家怎么看个性化医疗在抗癌领域的应用,我觉得要解决以下问题。
: 1.我以后得某种癌的可能性
: 2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤,如血液检测circulating tumor cell
: 3.一旦得癌,我得的是哪一种,肿瘤基因组出现了什么突变,有没有针对性的抗癌药和
: 临床试验
: 4.抗癌药的剂量是不是最优
: 5.治好后或者稳定期,会不会恶化或者重来。
: 故事原文在这
: http://www.caijing.com.cn/2012-09-05/112107241.html

h********8
发帖数: 49
13
mashang,你说的对,文章里的确提到了9月末发病后,重新测序了一次
医生们考虑了另一个不那么吸引人的目标:T 细胞用来停止生长的一个突变基因。一些
尚未发表的针对老鼠的实验显示,一种对抗肾癌的药物也许可以停止带有这种突变的T
细胞的增长。
11月26号用药,11月30好病逝。。。从04年发现到2012年,扛了8年,已经回天无力了。
关于测序费用,当时是2011,花了4万多,文章提到2012年测,只用2万多,估计还包括
了数据分析的费用。现在1000美元的测序已经不远了。
http://www.extremetech.com/extreme/151086-minion-a-complete-dna

【在 m*****g 的大作中提到】
: 癌细胞的heterogenecity
: 这个案例第一步已经很成功了,这个儿子真是做得让人敬佩。但是target single
: molecule多半会出现这样的结果的。
: 这其间如果再测序一次,是不是可能会指导新的治疗,但是4万多美元测序成本是不是
: 还是太高了?印象里全基因测序应该降了很多了。
:
: cell

b****r
发帖数: 17995
14
癌症到了后期,癌细胞一般都在疯狂增殖,增殖过程中不断伴有各种类型的染色体丢失
和重组,变化类型越来越多,每一个细胞都有潜力成为新的抗药株的源头,那时候怎么
跟踪靶位都是徒劳的了。应该来说,理论上还是必须靠早期发现,多联用药才有可能治
愈癌症

T
了。

【在 h********8 的大作中提到】
: mashang,你说的对,文章里的确提到了9月末发病后,重新测序了一次
: 医生们考虑了另一个不那么吸引人的目标:T 细胞用来停止生长的一个突变基因。一些
: 尚未发表的针对老鼠的实验显示,一种对抗肾癌的药物也许可以停止带有这种突变的T
: 细胞的增长。
: 11月26号用药,11月30好病逝。。。从04年发现到2012年,扛了8年,已经回天无力了。
: 关于测序费用,当时是2011,花了4万多,文章提到2012年测,只用2万多,估计还包括
: 了数据分析的费用。现在1000美元的测序已经不远了。
: http://www.extremetech.com/extreme/151086-minion-a-complete-dna

w****w
发帖数: 521
15
现在whole genome测序$5k应该可以了吧?如果target一两个基因应该不超过$200。
a**e
发帖数: 5094
16
测序的费用只是治疗费用的一小部分啊。。。剩下的钱从哪里出?
obama care每个人每年的保险费用支出是固定的。个性化医疗也就是super rich玩玩。
中产就该吃吃,该玩玩,洗洗睡个好觉,早死少受罪就行了。

cell

【在 h********8 的大作中提到】
: 看到网上一个报道,用全基因组测序肿瘤以确定突变类型和疗法的。
: 大家怎么看个性化医疗在抗癌领域的应用,我觉得要解决以下问题。
: 1.我以后得某种癌的可能性
: 2.能不能在早期用biomarker检测出我身上肿瘤,如血液检测circulating tumor cell
: 3.一旦得癌,我得的是哪一种,肿瘤基因组出现了什么突变,有没有针对性的抗癌药和
: 临床试验
: 4.抗癌药的剂量是不是最优
: 5.治好后或者稳定期,会不会恶化或者重来。
: 故事原文在这
: http://www.caijing.com.cn/2012-09-05/112107241.html

a********k
发帖数: 2273
17
现实情况是在FDA的严格监管下,没有$200测不了一个exon。即使仪器+试剂0费用,大
部分断实验室做一次测序需要$100才保本。

【在 w****w 的大作中提到】
: 现在whole genome测序$5k应该可以了吧?如果target一两个基因应该不超过$200。
c***r
发帖数: 1132
18
英国不是有个女的,把肿瘤咳出来了,不治而愈。都是命啊

【在 C********w 的大作中提到】
: 如果说癌症病人最后能痊愈, 靠的肯定是自身的免疫.
: 所谓的什么什么疗法都是瞎扯
:
: 个3

t**********n
发帖数: 283
19
Good post.

【在 c******r 的大作中提到】
: 终于啊,不用转基因可以讨论些有意思的问题了。赞!
: 你的这个正是现代肿瘤研究的发展方向。
: 肿瘤有高度的自身选择和进化,导致非常diversified。在基因水平上就是不同肿瘤有
: 不同的基因改变,病理上同一种肿瘤也有不同的基因改变,即使到同一个人的肿瘤里面
: 不同的细胞也有不同的改变。因此个性化医疗,或者说对肿瘤的个性化治疗。
: 看到网上一个报道,用全基因组测序肿瘤以确定突变类型和疗法的。
: 大家怎么看个性化医疗在抗癌领域的应用,我觉得要解决以下问题。
: 1.我以后得某种癌的可能性
: //在一定程度上yes,完全可以做到。比如angelina jolie,就通过基因检测发现有
: 很高的乳腺癌几率,所以做了预防性切除。但是除此之外,还有很多散发肿瘤,无法预

t**********n
发帖数: 283
20
RE
1)早发现
2)先用个性化药物搞掉大块肿瘤
3)免疫疗法激活免疫体系消除剩下的零星肿瘤细胞
这个想法如何?

【在 b****r 的大作中提到】
: 癌症到了后期,癌细胞一般都在疯狂增殖,增殖过程中不断伴有各种类型的染色体丢失
: 和重组,变化类型越来越多,每一个细胞都有潜力成为新的抗药株的源头,那时候怎么
: 跟踪靶位都是徒劳的了。应该来说,理论上还是必须靠早期发现,多联用药才有可能治
: 愈癌症
:
: T
: 了。

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请教基因测序clinical genomic现在还有什么搞头?
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T******y
发帖数: 14506
21
b****r
发帖数: 17995
22
FDA 还基本没有kick in呢。不过马上就要全面开始了,据说很麻烦
现在主要是CAP 和CLIA,加上各个地方的政策

【在 a********k 的大作中提到】
: 现实情况是在FDA的严格监管下,没有$200测不了一个exon。即使仪器+试剂0费用,大
: 部分断实验室做一次测序需要$100才保本。

a********k
发帖数: 2273
23
主要是现在的commissioner Margaret Hamburg推,犹太和黑女加上诊断公司的高层背
景,政治力量太强。可以预计FDA马上要全面介入,除了涨价别无他法。IVD的东西贵死。

【在 b****r 的大作中提到】
: FDA 还基本没有kick in呢。不过马上就要全面开始了,据说很麻烦
: 现在主要是CAP 和CLIA,加上各个地方的政策

n******7
发帖数: 12463
24
我觉得这个要通过sequencing技术早期发现,是不是有个采样的问题?
比如长在肝部的,你不取到对应位置的样本,还是发现不了啊
等能通过血液发现了,应该都扩散了吧
我觉得得用nano机器人采样才行吧?
或者nano测序仪,体内等间距布置,实时监控,健康sensor
n******7
发帖数: 12463
25
对这个不懂
这是什么原理?

【在 a********k 的大作中提到】
: 现实情况是在FDA的严格监管下,没有$200测不了一个exon。即使仪器+试剂0费用,大
: 部分断实验室做一次测序需要$100才保本。

e*****i
发帖数: 149
26
我恰好看过一篇review,CCC是在癌症早期都可以有的,哪怕用现有手段都检查不到的
时候,CCC都已经有了。

【在 h******e 的大作中提到】
: 说一点,如果已经存在circulating cancer cell的话好像已经是比较晚期的情况了
: 感觉如果能有什么突破可以使得早期(stage1,不晚于stage2)检测的灵敏度升高假阳
: 性率降低都是当前科技医疗条件下肿瘤治疗很重要的突破

n******7
发帖数: 12463
27
可以给个link吗
非常有兴趣

【在 e*****i 的大作中提到】
: 我恰好看过一篇review,CCC是在癌症早期都可以有的,哪怕用现有手段都检查不到的
: 时候,CCC都已经有了。

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