b******h
发帖数: 2715 | 1 我用高斯软件模拟化学反应。需要在vi下写计算过度态的route有没有模板介绍，或
forum可以学习的？
谢过 |
s****s
发帖数: 66 | 2 小木虫？
http://emuch.net/bbs/
过渡态什么的，优化结构吧？先算个hessian再优化会收敛快点。
【在 b******h 的大作中提到】
: 我用高斯软件模拟化学反应。需要在vi下写计算过度态的route有没有模板介绍，或
: forum可以学习的？
: 谢过
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b******h
发帖数: 2715 | 3 请问楼上的大师是做计算化学的么？ 我要算过渡态，就是 basic set和keywords 栏很
写不对。有没有英文网站可以自学的？再写 |
b******h
发帖数: 2715 | |
s****s
发帖数: 66 | 5 免大师……我基本不用gaussian的。如果要写好input file,你先读读online manual吧。
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
【在 b******h 的大作中提到】
: 请问楼上的大师是做计算化学的么？ 我要算过渡态，就是 basic set和keywords 栏很
: 写不对。有没有英文网站可以自学的？再写
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b******h
发帖数: 2715 | 6 问题就出在这个manual上，因为它总是给出最简单的实例。没有combination的案例，
所以我根本就是能看懂manual，但是放在我复杂案例上就bu会用了。
请问免大师：－），你用什么软件呢？
还有，我是搞有机全合成的，我想用计算化学来确定我的合成路线的实现可能性，所以
异构体的相对能量，极性（看能不能和对映体分离），还有特别是能找出过度态就最好
了，这样可以预见反应的选择性。
所见的文章都只是提供计算方法，好像没有具体的 input file的模版，如果能多看几
个模版就好了。
谢谢哈 |
s****s
发帖数: 66 | 7 gaussian挺好的，有的用就用，我那些破免费软件就不提了。
你要做的东西不是一两天就能做得来的。也不是一两句话就能解释清楚的。
随便做做出来的东西，如果方法不对，结果也会很误导的。
简单点说，你要做的是：
1. 选择合适的方法。
2. 寻找到反应前后的stationary points 的结构。
3. 计算性质。
问问你同事或者同学看有没有做理论的，当面给你解释是最方便的。
原来我说过的小木虫论坛里面也有很多人用gaussian，在那里问可能得到的信息会更多
些。
【在 b******h 的大作中提到】
: 问题就出在这个manual上，因为它总是给出最简单的实例。没有combination的案例，
: 所以我根本就是能看懂manual，但是放在我复杂案例上就bu会用了。
: 请问免大师：－），你用什么软件呢？
: 还有，我是搞有机全合成的，我想用计算化学来确定我的合成路线的实现可能性，所以
: 异构体的相对能量，极性（看能不能和对映体分离），还有特别是能找出过度态就最好
: 了，这样可以预见反应的选择性。
: 所见的文章都只是提供计算方法，好像没有具体的 input file的模版，如果能多看几
: 个模版就好了。
: 谢谢哈
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b******h
发帖数: 2715 | |
h********r
发帖数: 821 | 9 建议你找人合作，计算不是找个模版一套就出答案的。而且你做的是全合成，估计分子
不小，你手里的计算资源不一定能满足要求。
【在 b******h 的大作中提到】
: 问题就出在这个manual上，因为它总是给出最简单的实例。没有combination的案例，
: 所以我根本就是能看懂manual，但是放在我复杂案例上就bu会用了。
: 请问免大师：－），你用什么软件呢？
: 还有，我是搞有机全合成的，我想用计算化学来确定我的合成路线的实现可能性，所以
: 异构体的相对能量，极性（看能不能和对映体分离），还有特别是能找出过度态就最好
: 了，这样可以预见反应的选择性。
: 所见的文章都只是提供计算方法，好像没有具体的 input file的模版，如果能多看几
: 个模版就好了。
: 谢谢哈
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h*******l
发帖数: 60 | 10 同意楼上，你需要计算的体系大的话，计算精度就要降低，不然太慢，需要一个平衡点
。如果用单机就很难接受了，服务器还好。 |
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s**********y
发帖数: 8135 | 11 顶这个，要算反应路径并不是件很容易的事情，运气好的话可能几周，不好的话大半年
也是很常见的。而且会做输入文件基本只是整个工作的1%，根据计算的体系选择最合适
的计算方法，分析结果，判断数据是否可靠等等，尤其涉及到过渡态计算的技巧，很多
都要靠一定时间的积累，并不是突击个一两周就能掌握的。计算化学最tricky的地方就
在于只要输入文件没有什么语法错误大都会显示normal termination，但是这个答案很
多情况下不一定可靠，尤其是分子比较大的时候。
【在 h********r 的大作中提到】
: 建议你找人合作，计算不是找个模版一套就出答案的。而且你做的是全合成，估计分子
: 不小，你手里的计算资源不一定能满足要求。
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c*****m
发帖数: 2191 | 12 算TS绝对是个技术活，有时候还得靠运气
【在 s**********y 的大作中提到】
: 顶这个，要算反应路径并不是件很容易的事情，运气好的话可能几周，不好的话大半年
: 也是很常见的。而且会做输入文件基本只是整个工作的1%，根据计算的体系选择最合适
: 的计算方法，分析结果，判断数据是否可靠等等，尤其涉及到过渡态计算的技巧，很多
: 都要靠一定时间的积累，并不是突击个一两周就能掌握的。计算化学最tricky的地方就
: 在于只要输入文件没有什么语法错误大都会显示normal termination，但是这个答案很
: 多情况下不一定可靠，尤其是分子比较大的时候。
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i*****q
发帖数: 186 | 13 我只做过一个很简单的情况 关键词是opt=qst2 或者opt=qst3,
意思就是把开始的反应物和 结束的产物都输进去 然后让Gaussian做计算
qst2是给出反应物和产物
qst3是给出反应物和产物 已经猜测的过渡态
给你个link做参考吧
http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=1&sqi=2&ved=0CBMQF |
s**********y
发帖数: 8135 | 14 qst是个不错的方法，有个要注意的地方就是输入的两个或者三个结构，或者说反应物
，过渡态和产物里编号一样的原子在反应中一定代表同一个原子。如果分子比较大做输
入文件会比较头疼。我一般这么做，先猜出来那个过渡态的结构，然后复制两份，因为
qst3计算中，用到的反应物和产物的结构不一定非得是stationary point，结构相似就
好，因为我就把那两个过渡态的结构用GW捣鼓一下，分别搞成产物和反应物的形状，如
果想优化一下他们也行，不优化貌似也没关系，三个结构就都出来了，而且原子序号是
没有变的。
【在 i*****q 的大作中提到】
: 我只做过一个很简单的情况 关键词是opt=qst2 或者opt=qst3,
: 意思就是把开始的反应物和 结束的产物都输进去 然后让Gaussian做计算
: qst2是给出反应物和产物
: qst3是给出反应物和产物 已经猜测的过渡态
: 给你个link做参考吧
: http://www.google.com/url?sa=t&source=web&cd=1&sqi=2&ved=0CBMQF
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b******h
发帖数: 2715 | 15 我爱死mitbbs上的大家了。学习了。 给大家拜个晚年，祝新年进步！ |
b******h
发帖数: 2715 | 16 还有，我是在supercomputer上做。200-300个以上的有机物6-31g** 优化结构只要10h。
大家继续讨论哈，我学习中 |
b******h
发帖数: 2715 | 17 "There are no atoms in GConA"这种错误报告大家都是如何学会分析处理的，对初学
者来说。谢谢！ |
