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发帖数: 18160 | 1 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了，河北科技大学在Nature Biotechnoligy发表重要成果
http://mitbbs.com/article_t/Faculty/31803583.html
感觉韩春雨做科研的境界比颜宁高
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32019973.html
二、实验结果被质疑
1.一般来说Ago蛋白C端加tag，无论是来自于那个物种，蛋白就没有活性了，主要由Ago蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct，好像只有1-2个C端是没有tag的。那么，用C端带tag的Ago作出的实验，是否有意义呢？当然，不能够排除NgAgo本身特殊，能够tolerate C端tag，只是从预测的结构上讲，可能性很小。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold，催化cleavage时应该结合双链（无论DNA或RNA），而双链其中一个是guide，另外一个是target。我无法想象gDNAguided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide，也许还有些道理（说不定细胞DNA会有瞬时的单链状态）；后来直接上一个guide也能行，确实比较神奇。当然，不能够排除NgAgo本身特殊，就是能够切双链，只是从其类似蛋白结构上讲，可能性很小。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA，就能行。如果先转Ago质粒，8小时候再转gDNA，就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候，这个质粒就不表达了？如果继续表达，那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢？难道transfection效率太低，以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞，因而不行？至少从这个角度来讲，文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白，能有表达真心不容易。如果用humanized codon，效果岂不更好？文末作者declare nofinancial interest，如果这个东西将来有大用途了，还不能有专利呀，太失策了。
纯从science角度分析一下韩春雨的文章
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32021669.html
韩春雨的NgAgo效率怎么样？有人试过么?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32022589.html
韩春雨的NgAgo版上同志们进展如何
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025033.html
方舟子:韩春雨"诺贝尔奖级"实验的重复性问题. 附韩答复
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32026229.html
Ng-Ago 重复进展（集合贴）
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025503.html
三、重复证明结果
一位朋友最近在和韩老师交流，他只上国内虎扑不上MITBBS，所以我征得他同意发到这里，希望对正在重复这个实验的各位有所帮助。
for 24 well plate, 300ng NgAgo expression plasmid, 30-40ng GFP-N1, 200-500ng 5'P ssDNA guide----co-transfection. after 24 hours, detect GFP expressionunder fluorescnet microscopy. do not use electric trasnfection. NgAgo canremove 24bp from target, we suggest you do silver stain PAGE to observ T7E1results; the "Protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination(T7E1 assay) and a representative experiment" in ONLINE METHODS is veryhelpful! good luck!
韩春雨老师给的实验建议
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025735.html
韩春雨在985贴吧发言了?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025929.html
韩春雨说的可控的事情可否理解为可以操控？
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32027677.html
四、实验带来的疑问
国内知识产权形势比较复杂，自我保护意识都比较强。我老自己原来博士老板，985学校，搞出来个新东西，写课题和项目的时候，特意嘱咐我师兄把关键蛋白写成别的，比如说本来是Cdc42，就给写成Cdc47。
相信我，这不是个例，在国内混的都得会这一手。当然，韩这个已经不是课题，而是发表在著名公共期刊上的文章了，肯定不能写错太明显，那么很可能就会在一些protocol上动手脚。仅供参考。
我来说一下NgAgo
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028347.html
拜读韩春雨的论文
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028409.html
看看老外怎么评价韩春雨的NgAgo
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028447.html
NgAgo文章里Fig S4的NgAgo染色是怎么拿到的
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028491.html
五、被质疑的科学家
到目前为止，所谓的仇子龙看到了Indel，根本无法证明那个是NgAgo引起的，有常识的做过测序的人都知道，即使你拿同一个样品去测一百遍，你肯定会在其中的少许几个测序结果中发现会有所谓的indel，这种indel不是真实的indel，而只是测序本身带有的误差（这个是很正常的，喷子喷之前请先做功课）。要想证明NgAgo具有基因组层面的编辑功能，请参照CRISPR-Cas9的检测标准。搞了这么久，韩春雨所谓的全国20个实验室重复出来，原来是这种重复结果，真的令人觉得可笑。现在应该是时候给杂志社写comment了。
韩春雨NgAgo的Nature Biotechnology存在篡改结果科学不端行为
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32029651.html
韩春雨有义务为大家释疑
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32032859.html
一个搞物理的悄悄地评论一下大家对韩春雨老师论文的争论
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32029939.html
韩文到底有没有被重复?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030451.html
韩春雨的文章刚刚发表，有人就有看法
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030543.html
关于韩春雨是否造假，个人看法
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030565.html
六、实验证明
《自然》调查员戴维的访谈报告是亲自调查的结果吗？
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32043485.html
仇子龙的申明中说他们实验室用韩春雨的NgAgo在293细胞中看到测
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32070491.html
韩春雨回应质疑：对重复实验充满信心
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32032263.html | m****s
发帖数: 18160 | 2 2016年5月2日，英国《自然》杂志子刊《自然 生物技术》刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文，论文负责人的英文署名是"Chunyu Han"，这篇论文在华人生物界获得广泛赞誉。论文发表的第二天，韩春雨的名字和论文在一个名为"生物艺术全球生物医学交流"的微信群里得到了热烈讨论。生命体从受精卵开始，经过不断分裂，可分化出大约60兆亿个构建人类身体的细胞，每个细胞都含有全部生命遗传信息的基因组，所谓基因组编辑技术，就是人为来调整、改变、插入、去除、修改个体或物种的基因组序列。
http://tv.cctv.com/2017/05/20/VIDEBZRf7rQNg2Y1ExpBhpQM170520.shtml
一、学界和媒体的热议Mitbbs.com
一年前，英国《自然生物技术》杂志刊载了一篇有关"基因编辑工具"的论文。论文的负责人"一鸣惊人"，得到了学界和媒体给予的无限荣光。在《自然》杂志社的所属期刊上发表论文，通常表明，该科研成果走在了世界科学研究的最前沿，并有可能对未来科学的发展起到关键性作用。此消息一经媒体爆出，在站内引起站内相关专业人士的热议。
国内科研水平不得了了，河北科技大学在Nature Biotechnoligy发表重要成果
http://mitbbs.com/article_t/Faculty/31803583.html
感觉韩春雨做科研的境界比颜宁高
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32019973.html
二、实验结果被质疑
1.一般来说Ago蛋白C端加tag，无论是来自于那个物种，蛋白就没有活性了，主要由Ago蛋白自身结构folding决定。文中用的几个construct，好像只有1-2个C端是没有tag的。那么，用C端带tag的Ago作出的实验，是否有意义呢？当然，不能够排除NgAgo本身特殊，能够tolerate C端tag，只是从预测的结构上讲，可能性很小。
2.Ago催化酶切的核心domain实际是一个RNaseH fold，催化cleavage时应该结合双链（无论DNA或RNA），而双链其中一个是guide，另外一个是target。我无法想象gDNAguided NgAgo是如何切割双链DNA的。文章开始用2个guide，也许还有些道理（说不定细胞DNA会有瞬时的单链状态）；后来直接上一个guide也能行，确实比较神奇。当然，不能够排除NgAgo本身特殊，就是能够切双链，只是从其类似蛋白结构上讲，可能性很小。
3.文章说如果同时转入Ago表达质粒和gDNA，就能行。如果先转Ago质粒，8小时候再转gDNA，就不行。这里我无法理解。难道先转Ago质粒8小时候，这个质粒就不表达了？如果继续表达，那8小时候再加gDNA跟同时一起转细胞又有什么区别呢？难道transfection效率太低，以至于2次transfect的东西无法进入同一细胞，因而不行？至少从这个角度来讲，文章的一个主要figure的结果有点奇怪。
4. Minor points:文章用bacteria codon 的construct在真核细胞表达蛋白，能有表达真心不容易。如果用humanized codon，效果岂不更好？文末作者declare nofinancial interest，如果这个东西将来有大用途了，还不能有专利呀，太失策了。
纯从science角度分析一下韩春雨的文章
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32021669.html
韩春雨的NgAgo效率怎么样？有人试过么?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32022589.html
韩春雨的NgAgo版上同志们进展如何
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025033.html
方舟子:韩春雨"诺贝尔奖级"实验的重复性问题. 附韩答复
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32026229.html
Ng-Ago 重复进展（集合贴）
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025503.html
三、重复证明结果
一位朋友最近在和韩老师交流，他只上国内虎扑不上MITBBS，所以我征得他同意发到这里，希望对正在重复这个实验的各位有所帮助。
for 24 well plate, 300ng NgAgo expression plasmid, 30-40ng GFP-N1, 200-500ng 5'P ssDNA guide----co-transfection. after 24 hours, detect GFP expressionunder fluorescnet microscopy. do not use electric trasnfection. NgAgo canremove 24bp from target, we suggest you do silver stain PAGE to observ T7E1results; the "Protocol of NgAgo/gDNA-mediated genome editing and examination(T7E1 assay) and a representative experiment" in ONLINE METHODS is veryhelpful! good luck!
韩春雨老师给的实验建议
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025735.html
韩春雨在985贴吧发言了?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32025929.html
韩春雨说的可控的事情可否理解为可以操控？
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32027677.html
四、实验带来的疑问
国内知识产权形势比较复杂，自我保护意识都比较强。我老自己原来博士老板，985学校，搞出来个新东西，写课题和项目的时候，特意嘱咐我师兄把关键蛋白写成别的，比如说本来是Cdc42，就给写成Cdc47。
相信我，这不是个例，在国内混的都得会这一手。当然，韩这个已经不是课题，而是发表在著名公共期刊上的文章了，肯定不能写错太明显，那么很可能就会在一些protocol上动手脚。仅供参考。
我来说一下NgAgo
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028347.html
拜读韩春雨的论文
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028409.html
看看老外怎么评价韩春雨的NgAgo
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028447.html
NgAgo文章里Fig S4的NgAgo染色是怎么拿到的
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32028491.html
五、被质疑的科学家
到目前为止，所谓的仇子龙看到了Indel，根本无法证明那个是NgAgo引起的，有常识的做过测序的人都知道，即使你拿同一个样品去测一百遍，你肯定会在其中的少许几个测序结果中发现会有所谓的indel，这种indel不是真实的indel，而只是测序本身带有的误差（这个是很正常的，喷子喷之前请先做功课）。要想证明NgAgo具有基因组层面的编辑功能，请参照CRISPR-Cas9的检测标准。搞了这么久，韩春雨所谓的全国20个实验室重复出来，原来是这种重复结果，真的令人觉得可笑。现在应该是时候给杂志社写comment了。
韩春雨NgAgo的Nature Biotechnology存在篡改结果科学不端行为
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32029651.html
韩春雨有义务为大家释疑
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32032859.html
一个搞物理的悄悄地评论一下大家对韩春雨老师论文的争论
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32029939.html
韩文到底有没有被重复?
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030451.html
韩春雨的文章刚刚发表，有人就有看法
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030543.html
关于韩春雨是否造假，个人看法
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32030565.html
六、实验证明
《自然》调查员戴维的访谈报告是亲自调查的结果吗？
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32043485.html
仇子龙的申明中说他们实验室用韩春雨的NgAgo在293细胞中看到测
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32070491.html
韩春雨回应质疑：对重复实验充满信心
http://mitbbs.com/article_t/Biology/32032263.html |
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