P*****s
发帖数: 375 | 1 恩，如果我没理解错的话，你研究的就是在aqueous环境下DNA fold成形的物理原因吧。
你还提到你师兄在拉染色体，偶想那你研究DNA folding和protein folding用的物理
方法应该差不多吧。基本假设是不是也一样，就是你要求最热力学稳定的态？
现在，我学protein folding，有个问题是蛋白质何以能在水中迅速(一般< 1s)形成
fold态。蛋白质的每个肽单元有三个角度变量，这里角度是指两个共价键之间的夹角。
理论上说，每个角度可以取任意值，不过作为估算假定，设每个角度变量只能取两
个可能值。这样每个肽单元就可能有2的3次方=8种可能构象。如果是一段含一百个
肽单元的蛋白质，就可能有2的300次方种可能构象。如果蛋白质是采取随机构象，
而碰巧碰到了热力学稳定的那个构象，需要多长时间呢？作为一个过高估计的假设，
设蛋白质每秒可以尝试10的13次方种构象，还是发现达到稳定态需要的时间远大于
宇宙年龄。
Anfiensen的假设，即给定肽序列(即一级结构)就足以决定在给定buffer下的三维
结构，被生物界深信不已，但是关于上述的矛盾，虽然有一些假说，例如假设一 | c*****t
发帖数: 1879 | 2 偶未学过中文生化名词, 几个词要问一下:
1. 短肽链
2. 长肽链
偶实在猜不出来了 :(
physics 是正在上 protein structure prediction 的课还是你的 lab
就搞这方面?
偶觉得研究蛋白质和 DNA 三维结构有根本的区别, 那就是一个有"固定"
的三维结构, 另一个却一直在变. 据偶所知的蛋白质三维结构 prediction
有几种, 都有用 energy minimum:
1. 一个是 physics 提过的 1D simplification. 这个办法有太多毛病,
是不可能有实际用途的.
2. 一个是 threading. 就是通过 sequence comparison 将一个未知结构
的蛋白质的 carbon backbone 沿着另一个已知其结构的类似的蛋白质
的 carbon backbone 走, 最后再把 side chains 一个个到位. 这个
方法挺 popular, 好象有 X-ray Xtalgrapher 说大概总共有 8000
不同类型的结构. 这个毛
【在 P*****s 的大作中提到】
: 恩，如果我没理解错的话，你研究的就是在aqueous环境下DNA fold成形的物理原因吧。
: 你还提到你师兄在拉染色体，偶想那你研究DNA folding和protein folding用的物理
: 方法应该差不多吧。基本假设是不是也一样，就是你要求最热力学稳定的态？
: 现在，我学protein folding，有个问题是蛋白质何以能在水中迅速(一般< 1s)形成
: fold态。蛋白质的每个肽单元有三个角度变量，这里角度是指两个共价键之间的夹角。
: 理论上说，每个角度可以取任意值，不过作为估算假定，设每个角度变量只能取两
: 个可能值。这样每个肽单元就可能有2的3次方=8种可能构象。如果是一段含一百个
: 肽单元的蛋白质，就可能有2的300次方种可能构象。如果蛋白质是采取随机构象，
: 而碰巧碰到了热力学稳定的那个构象，需要多长时间呢？作为一个过高估计的假设，
: 设蛋白质每秒可以尝试10的13次方种构象，还是发现达到稳定态需要的时间远大于
| y****e
发帖数: 71 | 3
//faint
Short Peptide Chain, Long peptide chain
DNA的高级结构也许不是那么可变，其中涉及Scarfold protein, 和matrix。我
觉得还是有规律可以找的。
一直有一种印象（可能是错误的）。chaperone似乎是稳定folding中间态，防止
non-specific hydrophobic interaction导致的蛋白聚合和沉淀。不知道在search
正确folding structure时到底有多少催化作用。希望有人指点一二。
【在 c*****t 的大作中提到】
: 偶未学过中文生化名词, 几个词要问一下:
: 1. 短肽链
: 2. 长肽链
: 偶实在猜不出来了 :(
: physics 是正在上 protein structure prediction 的课还是你的 lab
: 就搞这方面?
: 偶觉得研究蛋白质和 DNA 三维结构有根本的区别, 那就是一个有"固定"
: 的三维结构, 另一个却一直在变. 据偶所知的蛋白质三维结构 prediction
: 有几种, 都有用 energy minimum:
: 1. 一个是 physics 提过的 1D simplification. 这个办法有太多毛病,
| s*w
发帖数: 329 | 4
两年前偶看到这个方法时它好象还是最好的knowledge based蛋白结构预测的
方法呢，当时有个甚莫蛋白预测大会，这个方法的提出者（好象是一个在
UCLA的叫Eisonberg)还得了第一。
【在 c*****t 的大作中提到】
: 偶未学过中文生化名词, 几个词要问一下:
: 1. 短肽链
: 2. 长肽链
: 偶实在猜不出来了 :(
: physics 是正在上 protein structure prediction 的课还是你的 lab
: 就搞这方面?
: 偶觉得研究蛋白质和 DNA 三维结构有根本的区别, 那就是一个有"固定"
: 的三维结构, 另一个却一直在变. 据偶所知的蛋白质三维结构 prediction
: 有几种, 都有用 energy minimum:
: 1. 一个是 physics 提过的 1D simplification. 这个办法有太多毛病,
|
|
