s*****g
发帖数: 87 | 1 不太可能，CRISPR的特异识别序列只有14bp，很容易target到其他genomic region
TALEN的特异识别序列有30-60bp,远远高于CRISPR |
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M*****n
发帖数: 16729 | 2 有没有研究CRISPR的大牛？
CRISPR的guide RNA如果有mismatch， 对DNA break的效率有多少影响？
如果有研究这方面的文献，请不吝赐教。 |
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D***a
发帖数: 516 | 3 是不是现在有了CRISPR，还在用shRNA就已经过时了？比如我想干扰掉wild type， 再
过表达mutant。没有CRISPR以前，这样做的文章还不少。 |
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P****Y
发帖数: 614 | 4 potential postdoc postion on CRISPR in top University at bay area
最好有过CRISPR 研究经验的。
人最好在美国，postdoc position 在湾区top university。 |
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a*q
发帖数: 2109 | 5 用CRISPR还是开发CRISPR技术本身？
好奇而已。。。 |
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d****u
发帖数: 1553 | 6 哺乳动物细胞里做genome wide crisper screen的就那么几篇吧，都在大牛杂志上呢。
至于Cas9和sgRNA是不是在一个载体上，根据我们的经验，目前最好用的是Zhang Feng
lab的version 2 all in one vector。
有几个实验室载体分开的，必然会有某一个载体的滴度特别低。过这个情况也因为细胞
的不同而异，我们用的是原代细胞，不见得有普遍性。
不过我完全不能理解为什么CRISPR要分成两个载体然后再搞一个inducible system。
从screen的角度来讲，crispr library的数据明显要比shRNA library的数据信噪比高. |
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m********2
发帖数: 317 | 7 利用crispr-cas9 system使一个基因失去功能是一个最广泛的应用，但是反过来可以吗
? 即修复基因功能，比如一些cancer是由于单基因突变引起的，应用crispr-cas9
system能否修复这个突变呢?
如果可以的话，对少血液类肿瘤会有一定的应用前景。 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 8 在发表的文章里，看到药物治疗过一段时间产生抗药性的病人的肿瘤细胞里，往往会有
一些特定的基因突变。考虑用CRISPR技术来模仿这些突变，如某个基因的一个氨基酸的
改变，看这个改变是不是真的能使细胞产生抗药性。如果用癌细胞来作stable cell
line，每个基因会有两个拷贝，而CRISPR技术似乎在一个细胞里edit一个拷贝的机会很
大，edit两个拷贝的机会就小得多了。如果只改变一个拷贝的话，这个细胞是不是表达
一半WT,一半mutant？那样下面的功能研究可能就会有麻烦了。
那位大侠能指点一下？先谢！ |
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C*********h
发帖数: 83 | 9 转篇小文,读完就明白了~~
【CRISPR/Cas9系统的发现历史和应用】
http://blog.sina.com.cn/s/blog_12d8810790101ho5s.html
............
很多同学知道Cas9, 并不知道还有Cas1,Cas2,Cas etc还有很多蛋白。
2012年突破终于来了，Jennifer A. Doudna（mark for 八卦，最年轻的女院士，女神
etc）和Emmanuelle Charpentier的这篇Science发现了一个比较简单的CRISPR（TypeII
）系统的机理。这一系统就简单多了，一个巨大的160KD的蛋白Cas9利用RNA, 就可以完
成识别和切割靶向的DNA。
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K**4
发帖数: 1015 | 10 的确不应该申请专利,阻碍科学发展. Zhang Feng 也的确是用了前人十多年的知识做个
应用而已 没什么特别的贡献. Crispr除了cas9还有那么多未知的蛋白和亚系统 这些人
怎么不去研究？专注在cas9上打嘴炮是目光短浅.
目前对于crispr系统的认识有贡献的组很多, 不是发几个奖 申请个专利 就可以把别人
的贡献掩盖的
[在 planta901 (yani) 的大作中提到：]
：这种技术真不应该申请专利， 阻碍科学的进步，不能造福人类。 |
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c****r
发帖数: 9 | 11 张锋去年已经开始到处给talk, 说明他们早在2012年初就开始研究crispr在human cell
的应用。他有实验记录为证。而且他的第一篇crispr文章明显开始是用细菌二片段系统。
如果是follow up，他们就会以doudna的单片段作为sgRNA. |
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c****r
发帖数: 9 | 12 改进的话，应该用单片段。现在都用单片段。
二片段是细菌原始形态。说明张锋在单片段出来前，也就是doudna文章之前，已开始研
究crispr在人细胞中的可能性。他有实验记录证明。
要说followup，他follow的是更早的crispr研究，包括Charpentier的。但不是doudna
的。 |
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s******r
发帖数: 1245 | 13 要做精确mutation的必须用donor，可以用oligo或者plasmid，跟crispr vector没太大
关系，crispr只负责切断DNA，之后的是同源重组，protocol去找别人已经发表的最好
是在你要用的cell type里做成功的
There
be |
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k********n
发帖数: 756 | 14 请教一下，我用CRISPR敲掉大鼠的A基因，然后再引入人的A基因去rescue，但是发现我
gRNA和人基因有13bp的相同。问题是我的CRISPR也会把新引入的基于人源的A表达敲掉
吗？
多谢！ |
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j*****3
发帖数: 1 | 15 生信背景，问个小白问题：有大约40多种CAS蛋白，其中有更universal的CAS1，2,还有
更短小的，但为何选用CAS9构建CRSPR系统？
另，CRISPR跟真核的SINE很像啊，都是间隔重复，或许真核也存在SINE关联蛋白，也能
行使CRISPR/CAS的功能呢？ |
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r******g
发帖数: 600 | 16 293T 不是有10-20%么？
是Church的paper里面么，有写啊
直接做CRISPR以后，然后 理论上做单细胞克隆，筛就能筛出来吧
只不过有点儿laborious
难道我理解错了？
我自己没做过，但是仔细研究过做过的protocol，nucleotide-to-nucleotide的比较
之前有个哥们人回帖说，homology arm要很长的，crispr的DNA oligo的homology arm
不需要很长 |
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r******g
发帖数: 600 | 17 你说的是把一个药筛的cassete knock in 到target gene locus里面去么？ 还是直接
用homologous recombination的办法，把基因替换？
这个用crispr难度很大的～
几十个nucleotides，比如一个loxp site之类的用crispr可以knock in，东西大了弄不
进去的... |
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l*******t
发帖数: 1016 | 18 CRISPR 现在只能在cell line 敲基因
in vivo CRISPR 实用性 不大 |
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j******i
发帖数: 939 | 19 我觉得这个数字有夸大的嫌疑。CRISPR能做的事，zfn, talen几乎都能做。无非就是改
造基因组，应用到农作物上，治疗疾病什么的。CRISPR哪来治疗疾病ex vivo还可以（
即使这些，也远远落后zfn)，in vivo目前基本不可能，除非有突破性的deliver方法出
现。 |
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j******i
发帖数: 939 | 20 crispr当然是做基础研究的好工具。但是，做为使用者不需要付钱，因此，开发者投资
者也很难挣钱。以crispr为核心技术的几家公司，editas, caribou, intellia, 哪个
不是奔着转化应用去的啊。只要能只要某一种疾病，那也是数不清的钱啊。 |
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j******i
发帖数: 939 | 21 你说的这种情况可能是第一次出现。我觉得诺奖委员会偏向文章早的。如果诺奖专门给
CRISPR发一个，Zhang Feng有可能得奖。如果，zfn, talen, crispr同时发，Feng就没
戏了。 |
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s***e
发帖数: 5242 | 22 "The Chinese team reported editing the genes of more than 80 embryos using a
technology called CRISPR-Cas9. While in some cases they were successful, in
others the CRISPR technology didn’t work or introduced unexpected
mutations. Some of the embryos ended up being mosaics, with a repaired gene
in some cells but not in others." |
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j******i
发帖数: 939 | 23 我的观点CRISPR做基础研究是个好工具。那些鼓吹CRISPR基因治疗的多半是为了忽悠钱
。 |
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z*********t
发帖数: 105 | 24 90%的古菌里都含有自己的CRISPR/Cas系统，现在用CRISPR/Cas9技术已经实现了在多种
模式生物里进行基因组编辑，有人用它来在古菌里进行knockout吗？ |
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i***9
发帖数: 106 | 25 好像CRISPR用来做knock-out在cell line里面还是比较straightforward的。
做mutation就看运气了。
不知道板上有谁有经验用CRISPR做knock-in的mouse。
难度是不是很大？
有什么好的参考文献?
谢谢大牛。 |
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n*******d
发帖数: 41 | 26 Heritable/conditional genome editing in C. elegans using a CRISPR-Cas9
feeding system.
Liu P, et al. Cell Res. 2014.
：线虫里面RNAi可以用soaking，比较好奇CRISPR能不能也用soaking呢？谢谢 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 27 请教行家：Feng Zhang的genome-wide Screening（CRISPR)后面的deep sequencing
对这个很感兴趣。读了几篇相关的文章和screening,前面的library--infection--drug
screening--genomic DNA extraction都懂。后面的deep sequencing部分就糊涂了。
理论上讲，resistant的细胞一定是有基因改变了的，我一直以为挑单克隆，一个一个
去作整个genome测序。仔细读了文章，是药物筛选几天后，细胞pool一起，再作deep
sequence；对照没有drug筛选（Non-resistant)的组，找出那些被CRISPR改变了的gene
，再确认。
几个问题：
1。这个deep sequencing是测（整个）genomic DNA，还是测留下来的guide sequence
（在lentiviral vector上面）？
2。可以测mRNA/cDNA序列来代替genomic DNA吗？突变的基因总该表现在mRNA上（先不
考虑其他类型的RNA）。
3。因为是pool一起的，不... 阅读全帖 |
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s*******1
发帖数: 188 | 30 从addgene买的crispr/cas9质粒，转染我的目的细胞，效率极低。先后又从addgene购
买不同crispr/cas9质粒来转染我的目的细胞。效率都很低，小于1%。
于是自己对其中的一个质粒进行修饰，效果很好，达到50-80%。
请问我能对我修饰的质粒申请专利吗？
谢谢 |
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发帖数: 1 | 31 小弟最近用SH-SY5Y做CRISPR。CRISPR本身是没问题的，但在single cell expansion的
步骤出了问题。
稀释法得到的单细胞在96孔板里生长大概一个星期，就长成一团细胞。但接着细胞就“
扩张”不下去了，只会在那一小团里越长越密，而不像其他细胞可以容易的长满整个96
孔板。
这时候我就用常规的Trypsin来消解，把这一团细胞打散。可问题是，这样处理后细胞
很快就死掉了。
我想请教：
1. SH-SY5Y从单细胞是否可以长满整个96-well的孔？这个细胞可以从single cell长成
一团，为何就无法继续扩张下去了呢
2. 我的问题主要出在哪里呢？我个人分析觉得最大可能是Trypsin过于harsh。而且我
在操作过程中可能Trypsin incubation的时间过长。那么有没有什么相对温和的
Trypsin可以替代呢？我网上查到比如Accutase，不知道大家还有什么别的推荐？
3. 除了SH-SY5Y, 还有什么其他human neuronal cell line推荐呢？感觉神经细胞总是
挺脆弱的。
非常感谢！ |
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K**4
发帖数: 1015 | 32 这是背后捅自己人的刀子，不是下作吗？
至于zhang feng参考了Doudna的结果的事情，难道Doudna自己就干净？
从1998年到2010年这么多年关于CRISPR的学术论文，作为后进入领域的她，参考的少了
吗？甚至最初发现系统的几个人，你见过她感谢过，或者承认别人的credit了吗？搞得
好像她是CRISPR他妈是的。 |
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发帖数: 1 | 33 很多复杂疾病搞不清楚病因，基本的遗传学都搞不清楚，尤其非编码区的；crispr解决
了这个问题
而依赖于实验室的cell line完全无法模拟真实人类细胞组织器官，ips也在解决这个问题
所以如果crispr＋ips是不是算是疾病研究很大的一个跨越？尤其未来越来越强调
precision medicine，因人而异
当然了，最大的问题是in vitro study。
我估计现在很多人都在做这个吧？不知道作为未来事业的发展方向有多少前景？
大家来谈谈看法吧。 |
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h*******u
发帖数: 126 | 34 大家好！
我们实验室主要做基因功能分析，但是在某次实验中我们偶然发现特定的操作，可以
提升CRISPR基因编辑的效率，请问应该从哪些方面入手研究机制？ 比如CAS9结合的多
了？还是sgRNA铆钉的多了，做CHIP，什么的吗？
CRISPR不懂。 谢谢各位大神！ |
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z*******o
发帖数: 1794 | 36 版上高人多，我想请教几个CRISPR library的问题，
我现在要做一个新物种的CRISPR的library screening，该物种基因组序列已知，也有
圈内人士做了简易的sgRNA预测程序，很多单基因的ko或者大片断的ki都已成功，只是
addgene上没有该物种的库。现在的问题是，我如果要从头建库，要花多少钱？有公司
愿意提供类似的建库服务吗？这个库是先大规模合成sgRNA然后包装进virus里面吗？
望有相关经验的给点提示，多谢。 |
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s*******1
发帖数: 188 | 37 看到一些文章用RT-PCR来验证CRISPR/CAS9敲除基因效率，而有的文章则展示测序结果
来证明。
请问对于这两种方法哪种更好？
CRISPRi是RT-PCR，CRISPR KO则用测序？ |
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发帖数: 1 | 40 没炼金术你还生活在石器时代
现在基因测序99.99%准确性
crispr/cas9对不对一测序就知道
科学实验不是工业生产，从假说到验证，要很长时间
windows不也经常死机
你牛河梁也假死了一次
难道要直接把你烧了 |
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n********g
发帖数: 6504 | 41 好吧，ML的祖师爷牛顿当年也就是个炼金术士。不过还是和俺们数手指的CS没关系啊。
难不成和CS拉上亲戚，CRISPR就不需要高超的技巧了？我只是一边吃瓜一边奇怪而已。 |
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n********g
发帖数: 6504 | 42 洋大人独门技术使用腺病毒相关载体编辑基因而成立的新公司已经圈到过亿美元。
不妨碍这项技术“没有得到生物圈内广泛的认同”。估计搞CRISPR的研究人员还是重复
不了。或者人家压根不公开。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 43 目前crispr的安全性，有大堆数据证明风险极高。这是为什么，学界现在的研究方向是
开打deCas-deaminase等技术来降低这个风险。
这哥们直接到人上应用，太不负责了。 |
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k**********4
发帖数: 16092 | 44 Most of the ethical discussions related to genome editing center around
human germline editing. This is because changes made in the germline would
be passed down to future generations. The debate about genome editing is not
a new one but has regained attention following the discovery that CRISPR
has the potential to make such editing more accurate and even "easy" in
comparison to older technologies.
Bioethicists and researchers generally believe that human genome editing for
reproductive purpose... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 45 要像姓贺的这样突破底线，克隆人早就成功了。
克隆人比crispr还简单，就是把一个成年人体细胞的细胞核剥离出来，加到一个卵细胞
中，把卵细胞细胞核踢出。然后把这个新核卵细胞打到娘胎里，10个月后就生了。长相
可能一摸一样，但不知道思维意识是否一样或可以沟通。 |
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发帖数: 1 | 46 谢已经做过修改治病的基因了吧。
别看见哈佛就跪舔
: 要像姓贺的这样突破底线，克隆人早就成功了。
: 克隆人比crispr还简单，就是把一个成年人体细胞的细胞核剥离出来，加到一个
卵细胞
: 中，把卵细胞细胞核踢出。然后把这个新核卵细胞打到娘胎里，10个月后就生了
。长相
: 可能一摸一样，但不知道思维意识是否一样或可以沟通。
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x****6
发帖数: 4339 | 47 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: zhiduoduo (每周工作20小时), 信区: Biology
标 题: Re: 看看造crispr婴儿的这个he jiankui (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 26 09:39:48 2018, 美东)
瀚海基因，下面是我同学说的：
这个人当年就是把美国已经破产的helicos三代测序买回国包装之后号称国产三代测序
的瀚海基因的创始者，当时就拿着那破东西到处去讲用于临床，只可惜这个领域搞投资
的很少懂生物，没少圈国家和投资人的钱。现在胆子更大了，随便找个莆田系就敢过伦
理。
Ge
sequencing |
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发帖数: 1 | 49 四川华西医院伦理委员会就批准了卢铀团队的临床试验研究，成为全球首例CRISPR临床
试验。
骂了个逼的， 四川华西医院伦理委员会就能批准这种实验？ |
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