f********e
发帖数: 15 | 1 最近在做CRISPR突变，得到一些indel mutation。因为是hetrozygous， 所以不做TOPO
cloning就看不出每一个allele的序列是什么。
记得以前有人曾经提到过用一个软件可以直接分析heterozygous的indel mutation序列
，只是现在记不得了，不知有人知道有什么样的免费软件可以进行这方面的分析？另外
，这样的准确度有多高？是不是就不用TOPO cloning了？ 多谢指教！ |
l********e
发帖数: 415 | 2 能读有三个前提,
第一只能有2个allele(或者一个...废话)
第二要结果测得还不错(废话)
第三至少要有一个是wildtype的allele
满足以上前提的话,自己就可以读.感觉比软件靠谱多了. |
f********e
发帖数: 15 | 3 我的情况就是有些复杂啊。三个allele……而且目前在突变体里从没有看到过WT，只要
有突变就是所有allele一起突变。唉，如果事情像你说的那样我也就自己读了啊。 想
想三个allele的TOPO clone 就头疼，纯体力劳动...
【在 l********e 的大作中提到】
: 能读有三个前提,
: 第一只能有2个allele(或者一个...废话)
: 第二要结果测得还不错(废话)
: 第三至少要有一个是wildtype的allele
: 满足以上前提的话,自己就可以读.感觉比软件靠谱多了.
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c********e
发帖数: 215 | 4 为什么一定要知道序列？把它KO掉不就好了？
【在 f********e 的大作中提到】
: 我的情况就是有些复杂啊。三个allele……而且目前在突变体里从没有看到过WT，只要
: 有突变就是所有allele一起突变。唉，如果事情像你说的那样我也就自己读了啊。 想
: 想三个allele的TOPO clone 就头疼，纯体力劳动...
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s*****g
发帖数: 87 | |
l********e
发帖数: 415 | 6 三个的话只有subclone,
因为从理论上,你无法把一个位置上的三个峰正确分配到三个未知的allele上
【在 f********e 的大作中提到】
: 我的情况就是有些复杂啊。三个allele……而且目前在突变体里从没有看到过WT，只要
: 有突变就是所有allele一起突变。唉，如果事情像你说的那样我也就自己读了啊。 想
: 想三个allele的TOPO clone 就头疼，纯体力劳动...
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C****n
发帖数: 79 | 7 你筛了多少个突变子？遇到过三个allele 同样的突变吗？也就是Homozygous的情况。
【在 f********e 的大作中提到】
: 我的情况就是有些复杂啊。三个allele……而且目前在突变体里从没有看到过WT，只要
: 有突变就是所有allele一起突变。唉，如果事情像你说的那样我也就自己读了啊。 想
: 想三个allele的TOPO clone 就头疼，纯体力劳动...
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z*t
发帖数: 863 | 8 try mi-seq
【在 c********e 的大作中提到】
: 为什么一定要知道序列？把它KO掉不就好了？
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f********e
发帖数: 15 | 9 筛了四五十个，只有一个发生同源重组的是三个同样的突变，其他的突变体都是
heterozygous。我的问题在于，我不只是想把基因全本KO，还想研究基因的dosage效应
，所以还想要筛到只敲掉一个或者两个allele的突变体，难啊。
以前在euploid细胞里做突变的时候，倒是看到一些两个allele一样的突变，但是现在
变成三个allele，indel mutation就没有看到homozygous的情况了，可能allele太多了
吧，呵呵。
【在 C****n 的大作中提到】
: 你筛了多少个突变子？遇到过三个allele 同样的突变吗？也就是Homozygous的情况。
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C****n
发帖数: 79 | 10 Great,你说得到一个homozygote。 我之前也问相同的问题。这里再请教一下，那据你
分析，为什么会有相同的突变出现？
【在 f********e 的大作中提到】
: 筛了四五十个，只有一个发生同源重组的是三个同样的突变，其他的突变体都是
: heterozygous。我的问题在于，我不只是想把基因全本KO，还想研究基因的dosage效应
: ，所以还想要筛到只敲掉一个或者两个allele的突变体，难啊。
: 以前在euploid细胞里做突变的时候，倒是看到一些两个allele一样的突变，但是现在
: 变成三个allele，indel mutation就没有看到homozygous的情况了，可能allele太多了
: 吧，呵呵。
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f********e
发帖数: 15 | 11 最大的可能就是发生了同源重组吧 ：一条链先发生indel mutation，然后另外一条链
以这个突变的链为模版进行同源重组，然后就是homozygous了。
【在 C****n 的大作中提到】
: Great,你说得到一个homozygote。 我之前也问相同的问题。这里再请教一下，那据你
: 分析，为什么会有相同的突变出现？
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