发帖数: 1 | 1 #注明译者，请随便转载：）
CRISPR英雄谱
埃里克・兰德（Eric Lander）
小鹿／译
三年之前，科学家们宣布，CRISPR技术能够对真核活细胞进行精准与有效的基因组编辑
。自此，这项技术手段已然震撼了科学界，数以千计的实验室正在将其运用于从生物医
药到农业的各个领域。然而，从一种奇特的细菌重复序列现象的发现开始，到确认这种
现象为适应性免疫系统，进而对它的生物功能特性的了解，直至开发为一项基因工程的
技术，这此前二十载相关的研究历程却不为人所知。本文正是着眼于填补这段科学历史
的空白，它讲述的是观念的演化历史和先锋人物的传奇故事，并且从中获得关于支撑科
学发现的优秀科研环境的启迪。
前言
很难想起曾经有哪一次科学革命像CRISPR这般如此迅速地改变生物学界。仅仅三年之前
，科学家宣布，CRISPR系统，即细菌通过纪录和精准攻击入侵病毒的DNA序列而进行自
身防御的适应性免疫系统，可以利用转化为一项简单而有效的技术在哺乳动物和其它生
物体的活体细胞内进行基因组编辑。CRISPR即此被全球数以千计的实验室运用于广泛的
领域，如创建人类遗传疾病和癌症的复杂动物模型；... 阅读全帖 |
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c*********e
发帖数: 16335 | 2 中美基因专利官司涉数亿美元 中国留学生倒戈(图)
文章来源: 澎湃新闻 于 2016-08-19 22:33:19 - 新闻取自各大新闻媒体，新闻内容并
不代表本网立场！
一封18个月前的邮件，搅动了一场涉及数亿美元的官司，给一场科学家之间的专利之争
添加波澜。
打官司的两方是加州大学伯克利分校生物学家詹妮弗·杜德娜博士（Jennifer Doudna
）和麻省理工学院博德研究所（Broad Institute）实验室主任张锋，他们争夺的对象
是当前最为主流的基因编辑技术——被誉为“基因魔剪”的CRISPR-Cas9的专利。
基因编辑技术可以实现对DNA片段的敲除、加入等，在可预计的未来，将在治疗疑难杂
症上大有市场。目前已有数个关于CRISPR的生物技术公司成立，涉及数亿元的风险投资
。其中就包括张锋创立的、已经公开募股筹得9440万美元的公司Editas Medicine和杜
德娜创立的、获得诺华两轮共计8500万美元投资的公司Intellia Therapeutics。
近日，一封来自张峰实验室前工作人员林帅亮倒戈的邮件被公开，让CRISPR的专利之争
升级。这是一封带着求职意向... 阅读全帖 |
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l*******1
发帖数: 16217 | 3 看你们这二道贩子文章 不如看底下英文UC伯克利是怎么耍臭不要脸的
专利局都说了张峰的专利在真核生物中有效 是一个separate case
UC 伯克利还在那意淫要所有细胞类型中的专利 你让美国专利局自己抽自己的脸吗
Appeals board clears way for UC Berkeley to receive patent on CRISPR-Cas9
gene editing
By Robert Sanders, Media relations | FEBRUARY 15, 2017
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发帖数: 1 | 4 现在庆祝为时尚早，张锋CRISPR基因编辑专利仍然会被无效的！
已有 1811 次阅读 2017-2-17 17:29 |系统分类:观点评述 推荐到群组
刘学武
最近中国生物界乐开了花，多个媒体公众号都报道了Broad研究所张锋团队赢得CRISPR
专利之战，好像张锋最终胜利保住了CRISPR 基因编辑的关键专利。被媒体这么一鼓噪
，我还真以为张锋取得胜利，可惜UC的Doudna团队自己没有保护好自己的专利。更有甚
者，大家都以为同行承认了张锋在CRISPR 基因编辑领域的关键贡献，获得诺奖指日可
待。
这与我原来认定张锋的CRISPR基因编辑专利最终会被无效预期完全相反，我似乎被“打
脸了”。我一个在美国、欧盟、日本、中国和印度申请多个生物领域专利的专利专家这
时感觉特别狼狈。科学网博主岳东晓还讽刺挖苦我，要我好好钻研，凭真本事吃饭，他
反复要我通读美国专利局关于张锋专利的裁决书。虽然这家伙是在嘲笑我，但是我还是
稍微静下心看了一下这个所谓张锋胜利的裁决书。看完我就乐了，原来媒体都在胡说八
道，媒体报道和专利局出的裁决书根本不是一条道上的东西。高中偏上文化素质从业者
的媒体不按... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 5 最近中国生物界乐开了花，多个媒体公众号都报道了Broad研究所张锋团队赢得CRISPR
专利之战，好像张锋最终胜利保住了CRISPR 基因编辑的关键专利。被媒体这么一鼓噪
，我还真以为张锋取得胜利，可惜UC的Doudna团队自己没有保护好自己的专利。更有甚
者，大家都以为同行承认了张锋在CRISPR 基因编辑领域的关键贡献，获得诺奖指日可
待。
这与我原来认定张锋的CRISPR基因编辑专利最终会被无效预期完全相反，我似乎被“打
脸了”。我一个在美国、欧盟、日本、中国和印度申请多个生物领域专利的专利专家这
时感觉特别狼狈。科学网博主岳东晓还讽刺挖苦我，要我好好钻研，凭真本事吃饭，他
反复要我通读美国专利局关于张锋专利的裁决书。虽然这家伙是在嘲笑我，但是我还是
稍微静下心看了一下这个所谓张锋胜利的裁决书。看完我就乐了，原来媒体都在胡说八
道，媒体报道和专利局出的裁决书根本不是一条道上的东西。高中偏上文化素质从业者
的媒体不按事实，胡编滥造还情有可原，那些本身就是科学家撰稿的专业公众号再如此
瞎宣传就不应该了。
大家不要高兴的太早，仔细看一眼美国专利局关于张锋CRISPR 基因编辑专利的裁决... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 6 CRISPR, /ˈkrɪspər/, is a family of DNA sequences in bacteria
that contains snippets of DNA from viruses that have attacked the bacterium.
These snippets are used by the bacterium to detect and destroy DNA from
further attacks by similar viruses. These sequences play a key role in a
bacterial defence system,[2] and form the basis of a genome editing
technology known as CRISPR/Cas9 that allows permanent modification of genes
within organisms.[3]
The CRISPR/Cas system is a prokaryoti... 阅读全帖 |
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n*******3
发帖数: 128 | 7 1月5日，孟山都宣布与哈佛大学-麻省理工学院的Broad研究院就新型的CRISPR-Cpf1基
因组编辑技术在农业中的应用达成全球许可协议。新的CRISPR-Cpf1系统与CRISPR-Cas9
系统相比，在针对性的改善细胞DNA方面有望变得更加简单和精确，是基因编辑技术领
域的重大进展。
研究人员相信CRISPR-Cpf1系统相较于CRISPR-Cas9，在改善农业产品方面，能够带来
更多的好处，包括更加灵活的编辑方式以及编辑发生位点。此外，体积更小的CRISPR-
Cpf1系统使研究人员能够在多种作物中更加灵活的运用基因编辑技术。
“CRISPR-Cpf1系统是基因编辑领域最新的一个重大发现，我们很高兴能够获得该系统
的许可授权，并将其添加到我们快速发展的基因编辑工具库中。”孟山都的生物技术总
监Tom Adams博士说道，“这个新的系统带来了一个技术上的革新，能够通过多种方式
改善作物。同时研究人员也获得了更大的灵活性和新功能来通过基因编辑这个新兴技术
来改善农业。”
“CRISPR-Cpf1系统是基因编辑研究领域中一项革命性的应用成果。” Broad研究院的
首席商务官Issi... 阅读全帖 |
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P*****e
发帖数: 25 | 8 今天有空去查了一下CRISPR专利的历史，UCB的专利已经有claim通过了审查（allow）
，只是还没有issue（时间问题）。我在后面列出来了其中一个通过了的claim，同时把
张锋issue了的专利里面的一个claim也列了出来。大家看能避开不？张锋后来的Cpf1看
着能避开UCB的Cas9。
有意思的是发现最早的一篇CRISPR相关专利申请其实是Luciano A. Marraffini（张锋
合作者）在Northwestern University时申请的，priority date Sep 23, 2008，早了
好几年。看看claim，只有interference，还没进化到切割，可惜一个claim也没批，居
然华丽丽的被一堆112给毙了，也就是审查员觉得那专利写的不清不楚，业内普通人士
看着不可能做出claim的结果，连101，102，103都没用上就挂了。西北也是早早的
abandon了，当年连PCT都没申请，可见并不重视。张锋专利里也没有Marraffini，虽然
science文章有他，我猜可能也是他只做真核interference方面的工作吧，张跟他合作
并进... 阅读全帖 |
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F*****t
发帖数: 3219 | 9 核心提示：
我们可以看出：美国之所以丧失领先优势的主要原因是其监管更严，需要通过种种风险
评估与安全检查，在尽可能保证患者安全的前提下，才能实施基因编辑的临床试验。
当然，同样的研究担忧在中国同样存在，吴式琇医生明确表示，在事先告知患者治疗的
风险后，很多患者仍然是愿意接受新的治疗方案。
正如中国的一句老话：好死不如赖活着！而这也是道德委员会和实验室对此非常积极的
原因。
。。。。。。。。。。。。。。。。
占领基因编辑技术制高点！杭州市肿瘤医院开展CRISPR治疗食管癌临床试验，有效率超
40%
丨医麦猛爆料
据媒体报道：杭州市肿瘤医院院长兼任杭州市肿瘤研究所所长，吴式琇主任医师测试了
一种新的治疗方法，通过对患者体内的T细胞进行基因编辑(安徽柯顿生物科技有限公司
实验室运用CRISPR技术敲除T细胞的PD-1基因)，使其靶向癌细胞，修饰后的T细胞回输
到患者体内能够发挥抗癌作用。其实从去年3月起，吴式琇医生就尝试用CRISPR-Cas9技
术治疗食道癌患者。而中国作为全球第一个将CRISPR用于人体试验的国家，迄今至少有
86名中国患者接受了基因编辑治疗。
目前，接受治疗的21位晚期... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 351 | 10 Jaenisch lab最新发表的利用CRISPR同时敲除5个基因的文章。CRISPR前途无限啊。再搞
出几个inducible的CRISPR就更厉害了。
One-Step Generation of Mice Carrying Mutations in Multiple Genes by CRISPR/C
as-Mediated Genome Engineering
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23643243
Cell. 2013 May 1. pii: S0092-8674(13)00467-4. doi: 10.1016/j.cell.2013.04.02
5.
One-Step Generation of Mice Carrying Mutations in Multiple Genes by CRISPR/C
as-Mediated Genome Engineering.
Wang H, Yang H, Shivalila CS, Dawlaty MM, Cheng AW, Zhang F, Jaenisch R.
Source
W... 阅读全帖 |
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S***J
发帖数: 1210 | 11 Lander的文章确实有故意拔高Feng zhang的嫌疑，给了大段的煽情描述，不过Zhang在
Crispr用于genome editing方面，绝对是贡献最大的。
但是不管是不是拔高了Zhang，Doudna的贡献并没有被贬低。她绝对是个抢credit的好
手，整天的给自己打广告，恨不得抓住机会就说她是发现者，呵呵。Crispr这个系统的
基本生物学问题Doudna没有贡献，她只做了纯生化的工作。然而她的这篇唯一的重要文
章，还是Charpentier领头做出来的（doudna只是次要共通讯作者）。
crispr的发现过程和其生物学问题，zhang和doudna都没有任何贡献。现在问题的核心
就是，谁是最先用crispr做的genome editing？目前zhang和doudna的专利之争，也是
关于这个方面。目前的小道消息是，zhang绝对早于doudna和charpentier，有很清楚的
notebook为证据。据说这也是为什么Lander敢发表这篇文章的原因，因为他们已经确信
能够赢下这个专利之争。
至于得诺奖，看怎么分。如果是genome editing发奖，估计要包括... 阅读全帖 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 12 先发中文译文
Nature：CRISPR–Cas9基因编辑蘑菇问世，或“逃脱”了美国政府的监管
2016-04-18 测序中国
如今，利用CRISPR–Cas9基因编辑技术得到的工程化蘑菇已经开始种植并且售卖，而美
国农业部(US Department of Agriculture)目前并没有对这种新型的CRISPR–Cas9基因
编辑蘑菇进行管制，这或许意味着这种新型蘑菇并不需要进行监管机构的相关监管程序
来进行培养并且售卖，而首个CRISPR编辑的有机体或许已经接到了美国政府的绿灯指示。
来自中国科学院遗传学和发育生物学研究所的植物学家Caixia Gao表示，很多研究团体
将会因为这个新闻而非常高兴，而我们也很有信心看到多个基因编辑的作物不在监管范
围之内。宾夕法尼亚大学的科学家Yinong Yang指出，我们对常见的双孢蘑菇进行了基
因编辑使其能够抵抗蘑菇变为棕色，而这一效应通常是通过靶向作用编码多酚氧化酶（
PPO）的基因家族来实现的，多酚氧化酶是一种引发蘑菇变为褐色的酶类；通过剔除蘑
菇基因组的一系列碱基对，研究者Yang就敲除了6个PPO基因中的一个，从而就降低了该
酶3... 阅读全帖 |
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t*******w
发帖数: 107 | 13 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28557981/#comments
FYI all.
Xiaolin Wu2017 May 31 2:11 p.m. (6 days ago) 9 of 9 people found this
helpful
This paper raises important safety issue for gene therapy application of
CRISPR-Cas9. However, there are serious doubts about the results or
interpretation. First of all, the authors listed Top-10 predicted off-target
sites. But all genes are wrong! looking at the sequence they listed (supp.
figure 3), you will not be able to find it in the genes! After ca... 阅读全帖 |
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c******i
发帖数: 63 | 14 之前网上有一篇关于今年诺奖的预测贴，提到Crispr会是化学奖三个候选之一，而
Emmanuelle Charpentier和Jennifer A. Doudna是这个奖项的两位候选者，没有张峰。
基于自2002年以来汤森路透成功预测化学、物理、生理及医学、经济四个奖项中的37个
，预测成功率为71%（37/52），具体到Crispr有23.7%，已经很高了。
不过考虑到crispr刚刚热起来，而且目前在临床上尚无应用，候选人还很年轻，我的判
断是今年crispr不会获奖。基于接下来几年的研究及应用情况，5-10年内获奖的可能性
更大。
第二个相关的预测是如果crispr获奖，有没有张峰的份？从中国人的立场出发，我们自
然希望张峰获奖。但客观来说，虽然张峰在crispr的完善及普及上功不可没，但诺奖是
颁给做出原创发现的。就像干细胞领域的Rudolf Jaenisch，虽然他在iPS领域的文章数
目远超yamanaka，但没人觉得他会因此获诺奖。汤森路透给出的候选人榜单，基本上反
映了主流意见。因此，张峰获奖的可能性不大。但考虑到这一领域目前只有两个候选人
，加上张峰也不为过。
以上是... 阅读全帖 |
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K**4
发帖数: 1015 | 15 Lander的这篇文章本来本意是好的，试图理清CRISPR领域科研人员的贡献，可是Lander
不是这个领域的人，结果就是这片文章很遗憾的忽略了一个很重要的工作，
在Lander的文章中，figure 2把CRISPR的发展划分成了三部分：
绿色：发现阶段，1993年一篇发现repeat的工作，和2003年的2篇文章
红色：2006年后2012年关于机制的
蓝色：2012年editing part
可见Lander也认为最初发现这个系统的阶段是很重要的；但正是这个阶段Lander忽略了
一个工作：在
2002年已经有一篇重要的计算生物学的文章：A DNA repair system specific for
thermophilic Archaea and bacteria predicted by genomic context analysis 发表
在Nucleic Acids Research。
这是一篇与1993年的文章的完全独立的工作，系统的报道了archaea和细菌中的DNA修复
系统，也就是后来的CRISPR系统（换了个名字）！并且这篇文中在CRISPR领域得到了广
泛... 阅读全帖 |
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P*****e
发帖数: 25 | 16 个人认为此案尘埃落定后，张峰专利被无效的概率大大降低。张峰专利的技术创新点是
真核细胞应用。如果业内都认可张峰是第一个将CRISPR从细菌拓展到真核/动物细胞的
，那么很难有直接的102 prior art。 如果走103，此案裁定本领域技术人员在UCB团队
提出的用于体外CRISPR 基因编辑技术基础上不能轻易想到这个技术应用于真核细胞，
那么同理，本领域技术人员通过整合两个以上的prior art预测张峰结果也是不成立的
。可以推测，所能找到的最好的无效性的prior art基本是一个细菌体系CRISPR附带几
句可能扩展到真核体系但不给具体方法的prior art 和一个从细菌拓展到真核体系的类
似系统的prior art。此案一定下来，即使找到了上述组合，恐怕也没那么容易无效成
功的。专利无效不是多多砸钱就一定能成功的，相应的证据有就是有，没有就是没有，
捏造事实的另当别论。很多被无效的专利实在是因为技术不够新关注度不够加上审查时
prior art查得不够彻底（审查员的时间也是有限，不可能把examination search当成
invalidity search来做），投... 阅读全帖 |
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P*****e
发帖数: 25 | 17 个人认为此案尘埃落定后，张峰专利被无效的概率大大降低。张峰专利的技术创新点是
真核细胞应用。如果业内都认可张峰是第一个将CRISPR从细菌拓展到真核/动物细胞的
，那么很难有直接的102 prior art。 如果走103，此案裁定本领域技术人员在UCB团队
提出的用于体外CRISPR 基因编辑技术基础上不能轻易想到这个技术应用于真核细胞，
那么同理，本领域技术人员通过整合两个以上的prior art预测张峰结果也是不成立的
。可以推测，所能找到的最好的无效性的prior art基本是一个细菌体系CRISPR附带几
句可能扩展到真核体系但不给具体方法的prior art 和一个从细菌拓展到真核体系的类
似系统的prior art。此案一定下来，即使找到了上述组合，恐怕也没那么容易无效成
功的。专利无效不是多多砸钱就一定能成功的，相应的证据有就是有，没有就是没有，
捏造事实的另当别论。很多被无效的专利实在是因为技术不够新关注度不够加上审查时
prior art查得不够彻底（审查员的时间也是有限，不可能把examination search当成
invalidity search来做），投... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 18 Broad 已经辟谣了
https://www.broadinstitute.org/what-broad/areas-focus/project-spotlight/
journalists-statement-and-background-crispr-patent-interfer
Update: August 17, 2016
In its Opposition Document 2, posted August 16, the Regents of the
University of California again claim Broad relied on Jinek 2012 to engineer
a eukaryotic CRISPR-Cas9 gene editing system.
This is false, and has been demonstrated to be false numerous times in the
public record.
In an attempt to strengthen its case, in Opposition ... 阅读全帖 |
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H********g
发帖数: 43926 | 19 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: niuheliang (别问我是谁), 信区: Military
标 题: CRISPR的高超技巧
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Aug 28 15:12:26 2017, 美东)
早饭的时候读了一公众号的推送。差点没把昨晚的剩饭吐出来。难怪生物千老干的是黑
砖窑。原来大名鼎鼎的CRISPR需要如此高超的技巧。
首先的感觉是CRISPR需要瞎蒙。千老完全没有控制。举例说，时间多少不知道。文章说
6小时以上脱靶问题就严重。好吧，脑补一下就分6管从1小时到6小时做6个实验。看哪
一管最后“显示活性”。尼玛难关重复率低。换别人按你的论文说的要等1小时吧。
Good luck。
其次放狗看看啥叫脱靶：
“操作以后留下的序列是非常随机的，根本无法预测会切割在哪里。根据我们实验室的
测序结果来看，CRISPR-CAS处理后靶序列的缺失位置变化非常大，从21bp的巨大缺失，
到根本无变化的都有，实际编辑位点左右偏移可以达到20bp，有的造成frame shift，
有的只缺失1个或几个氨基酸，有的是一个或数个点突变，有的根本没变... 阅读全帖 |
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j******i
发帖数: 939 | 20 ZFN, TALEN, CRISPR我都在用。挑最喜欢的，还是ZFN，因为他小，很容易放到viral
vector里边。但是它贵啊，自己合成的话，成功率又不高。TALEN克隆费力了一点，不
过熟练的话，一周就能拿到了。CRISPR定oligo, 克隆，怎么也要一周了吧。TALEN的专
一性很好，CRISPR的潜在off-targets一搜能搜出一大堆，吓死人。
shRNA是RNA识别RNA, CRISPR是RNA识别DNA+cas9识别DNA, 所以你不能简单的说都是RNA
guide. Cas9没有gRNA就没有办法cut on target了。当然，不知道cas9本身有没有细
胞毒性。 |
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p*******i
发帖数: 449 | 21 最近在用CRISPR来删除一部分基因组，就在试验细胞系上成功地看到一次正确的删除。
其他目的细胞系尝试全部都是未删除。具体就不说了，只说一个问题：
我使用下列两个CRISPR来做double strand break. 两个CUT之间不想引入任何序列。然
后通过系列稀释和PCR筛选正确的删除细胞克隆。
CRISPR1 gRNA特异部分: XXXXXXXXXXXXXXXXXGT()TAA
CRISPR2 gRNA特异部分: XXXXXXXXXXXXXXXXXAG()TAA
具体序列保密，不方便透露。 两CRISPR相距400bp. 括弧是double strand break位点。
我发现重组修复后，如果精确剪切和连接，会产生一个完全相同的CRISPR位点。 如果
我做的是瞬转， 这个位点会不会再次被“CRISPR1"识别和剪切？ 如果如此，是不是大
大降低了我得到正确克隆的可能性？是不是可以解释为什么我重复4 5次，筛几百克隆
无一正确的原因？
请大家讨论指教，非常非常感谢！ |
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j******i
发帖数: 939 | 22 有意思的是他们自己都还没有想好如何用CRISPR挣钱。CRISPR最大的一个用途也许是
基因治疗，但在基因治疗领域ZFN远远的走在前头，至少要领先五年，而且CRISPR究竟
能否用在人体还有待检验。ZFN的影响力比较小众，主要是因为他已经被专利了；如果
CRISPR也被专利，不知道是否会限制其在基因治疗领域的研究。 |
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h****a
发帖数: 65 | 23 我是新手，正准备做crispr point mutant, 很多问题想请教
1. Crispr载体选择， px330, px335(nickase), px459(puro+), px462(nickase,
puro+)
Nickase的系列在做KO的时候效率会高些，不知道做knock-in mutation哪种效率更高？
你所说的selection marker是crispr载体上带的selection marker(eg.
Puro+), 还是donor上带的selection marker? 我准备用ssDNA做donor, 做点突变的
时候好像也不方便在donor上引入selection marker
2. 你是在donor 上引入酶切位点（通过silence mutation）, 然后PCR酶切鉴定吗？
3. 一般knock-in mutation挑克隆都挑一百个克隆以上，具体操作的时候，是不是
在大板上有单克隆后，转96孔板里面，然后duplicate， 其中一板用来做PCR鉴定？做
PCR鉴定的模板是96孔板里面的细胞提取的g... 阅读全帖 |
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m***T
发帖数: 11058 | 24 USPTO Declares Interference Proceeding to Adjudicate CRISPR Patent Spat
Jan 12, 2016 | a GenomeWeb staff reporter
NEW YORK (GenomeWeb) – The US Patent and Trademark Office yesterday
declared an interference proceeding to settle certain claims related to the
CRISPR patent battle between parties led by the Broad Institute and the
University of California, respectively.
In the interference proceedings, the USPTO will collect, consider, and
compare historical documentary evidence to establish invent... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 25 The Broad’s rivals in the patent dispute may have different versions of
specific chapters, but Lander also draws general lessons from the CRISPR
back-story:
The most important is that medical breakthroughs often emerge from
completely unpredictable origins. The early heroes of CRISPR were not on a
quest to edit the human genome — or even to study human disease. Their
motivations were a mix of personal curiosity (to understand bizarre repeat
sequences in salt-tolerant microbes), military exigency... 阅读全帖 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 26 （CRISPR的背景资料请参阅Feng Zhang的“Genome engineering using the CRISPR-
Cas9 system”，Nature Protocols 8, 2281–2308 (2013)）
背景
我们是作一个与激素相关的肿瘤的。这个肿瘤的治疗方法已经相当完善，就是让身体里
不能生产激素或用一个小分子化合物抢占激素受体上激素的结合部位。但多年治疗后，
会有相当比例的病人产生抗药性。这个抗药性机理相当复杂。我们实验室一直致力于筛
选和现有药物不同的机理的小分子化合物，包括受体和DNA的结合或其他与受体相关的
pathway的inhibitors。前几年成功地筛选出了几个不同机理的化合物，个别在细胞水
平达到了nM的级别，动物测试也在10 mg/kg的水平。
最近在这个领域对抗药性肿瘤的研究发现，部分病人的抗药性是因为受体激素结合部位
发生了突变。一个或几个氨基酸的突变就能导致肿瘤细胞的生长不能被现有药物抑制。
所以，我们很想知道我们筛选出来的化合物对这些突变受体是不是也起作用。理论上来
说，我们的化合物不和激素竞争，突变不会影响我们化合物的效果。但只... 阅读全帖 |
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s***n
发帖数: 678 | 27 从关心韩才发现CRISPR 在制药行业已经走到phase1了，刘峰那个专利值老鼻子钱了现
在，加上他自家的公司Editas，哇塞。
问一下这几个CRISPR公司哪个在做的靠谱一点？Editas Medicine, Intellia
Therapeutics, and CRISPR Therapeutics. 感觉各家做的药都很杂。CRISPR为什么可
能治疗这么多不同领域的病？ |
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x****6
发帖数: 4339 | 28 从科学上，应该找出编辑（Knockout/in）效率和crispr/cas9表达强度之间，突变数目
和crispr/cas9表达强度之间的两种关系，然后找到最佳的保持高效率编辑和低风险突
变的表达水平。
药的剂量基本上也是这么确定的。
你强调编辑效率，文章强调风险，都没错，但是具体的平衡要做实验来决定。
我从局外人来看，任何新兴又流行的事物都会遵循一个社会学意义上的gardner's hype
cycle。crispr有过热的症状，现在可能是稍微熄点火的时候，很正常。
另外，请你举一个crispr/cas用来救垂危病人的例子。 |
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发帖数: 1 | 29 CRISPR基因编辑技术因基在生物医学领域的多方面应用，必将改变世界：
7 ways CRISPR is about to change our world | TechCrunch
techcrunch.com/gallery/7-ways-crispr-is-about-to-change-our-world/
Gene editing could stop cancer, diabetes—and bioterrorism: An ...
www.newsweek.com/crispr-gene-editing-cancer-diabetes...
NgAgo论文撤稿最终证明是一项伪基因编辑技术，将在观念上深刻改变中国：
人们对CNS论文的真伪将保持高度警惕，CNS论文重奖模式是否还能继续，中国人不再相
信“✕✕逆袭”，大放“科研卫星”弄不好会砸到自己，--- --- |
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发帖数: 1 | 30 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: niuheliang (别问我是谁), 信区: Military
标 题: CRISPR的高超技巧
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Aug 28 15:12:26 2017, 美东)
早饭的时候读了一公众号的推送。差点没把昨晚的剩饭吐出来。难怪生物千老干的是黑
砖窑。原来大名鼎鼎的CRISPR需要如此高超的技巧。
首先的感觉是CRISPR需要瞎蒙。千老完全没有控制。举例说，时间多少不知道。文章说
6小时以上脱靶问题就严重。好吧，脑补一下就分6管从1小时到6小时做6个实验。看哪
一管最后“显示活性”。尼玛难关重复率低。换别人按你的论文说的要等1小时吧。
Good luck。
其次放狗看看啥叫脱靶：
“操作以后留下的序列是非常随机的，根本无法预测会切割在哪里。根据我们实验室的
测序结果来看，CRISPR-CAS处理后靶序列的缺失位置变化非常大，从21bp的巨大缺失，
到根本无变化的都有，实际编辑位点左右偏移可以达到20bp，有的造成frame shift，
有的只缺失1个或几个氨基酸，有的是一个或数个点突变，有的根本没变... 阅读全帖 |
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n********g
发帖数: 6504 | 31 早饭的时候读了一公众号的推送。差点没把昨晚的剩饭吐出来。难怪生物千老干的是黑
砖窑。原来大名鼎鼎的CRISPR需要如此高超的技巧。
首先的感觉是CRISPR需要瞎蒙。千老完全没有控制。举例说，时间多少不知道。文章说
6小时以上脱靶问题就严重。好吧，脑补一下就分6管从1小时到6小时做6个实验。看哪
一管最后“显示活性”。尼玛难关重复率低。换别人按你的论文说的要等1小时吧。
Good luck。
其次放狗看看啥叫脱靶：
“操作以后留下的序列是非常随机的，根本无法预测会切割在哪里。根据我们实验室的
测序结果来看，CRISPR-CAS处理后靶序列的缺失位置变化非常大，从21bp的巨大缺失，
到根本无变化的都有，实际编辑位点左右偏移可以达到20bp，有的造成frame shift，
有的只缺失1个或几个氨基酸，有的是一个或数个点突变，有的根本没变化。而因为人
类基因有两个拷贝，这两个等位基因不是同时被切割的，有可能只切割一个，另一个还
是原样，也有可能两个都切割了，但位点和产生的序列还各自不同。”
难怪颜mm提到可重复问题。感情是颜mm针对的不是小韩；而是黑砖窑里人所共知的高超
技巧问题。要多高... 阅读全帖 |
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j******i
发帖数: 939 | 32 CRISPR能实现的功能（除了screening), zfn几乎都能实现。但是zfn已经被专利了。
crispr的最大意义就是不花钱谁都可以gene eiding了。zfn敲除ccr5受体已经临床有几
年了。如果敲除ccr5可行的话，crispr没有理由能赶上zfn. |
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V******t
发帖数: 444 | 33 这个CRISPR最主要的好处还不是临床转化，而是作为一种实验工具
就像RNAi刚发现两年，所有的实验室都有简便可行的基因敲低手段
今天没有哪个实验室不在CRISPR 不是要转化临床，而是用来作为实验工具
比起zfn talen， CRISPR用来做细胞系的基因KO实在太容易了 克隆一个质粒 转个细胞
一个星期就得到结果
比shRNA也快很多 任何一个实验室都能用
以前好多没法开展研究的工作 现在都能做了 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 34 1. Crispr载体选择， px330, px335(nickase), px459(puro+), px462(nickase,
puro+)
Nickase的系列在做KO的时候效率会高些，不知道做knock-in mutation哪种效率更高？
你所说的selection marker是crispr载体上带的selection marker(eg.
Puro+), 还是donor上带的selection marker? 我准备用ssDNA做donor, 做点突变的
时候好像也不方便在donor上引入selection marker
**我用的459，主要是要它的puro-selection。这个是筛选transfected cells的。也可
以用带GFP的vector,作cell sorting. 我原文说的selection和这个无关，是指有HDR发
生后的筛选。是，这个selection marker是一个头疼事，我也不太熟悉。
2. 你是在donor 上引入酶切位点（通过silence mutation）, 然后PCR酶切鉴定吗？
*... 阅读全帖 |
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C****n
发帖数: 79 | 35 看到很多大虾在谈论CRISPR，屡试不爽。这里就贴个negative 的case,请教各位专家有
没有什么好的建议。
background:
想在一个fungus里用CRISPR系统，非model system。
在该fungus中还没发现homologous recombination，so till now gene-knock-out is
not accessible.
current status:
1) Cas9 gets expressed by using GFP fused Cas9。
2)NLS works，在hyphae 中观察到 nuclear localization of GFP fused Cas9 and
NLS。 没有做western blot，因为GFP fuse 在Cas9 的 C末端，NLS 在Cas9的N末端，
这样理论上可以validate Cas9 能表达吧
2)U6 promoter，是个问题，由于该物种中U6 没有define，PCR克隆的U6 promoter不
work。根据之前大虾的建议，用了Pol II，一个version是直接... 阅读全帖 |
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j******i
发帖数: 939 | 36 Sangamo抱着zfn的专利，客观上促使了其他人寻找更容易更便宜的基因编辑方法。
TALEN出现，还没来得及享受欢呼，就突然又杀出来个crispr, 风头都被抢走了。公平
发诺奖的话，zfn, talen, crispr，应该一起发。但如果只发CRISPR也并不太意外，诺
奖失误的次数也不少。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 37 请问版上有人用CRISPR研究noncoding loci的么？比如很多疾病的GWAS loci都在
noncoding区域
noncoding SNP或者genetic variation的效果一般都是比较modest的，所以好奇是否有
人做过这种研究，crispr改变noncoding SNP后如果做RNA-seq，不知道基因表达量有多
大变化呢？或者说这种方法的robustness如何。。。
第二个问题，不知道现在CRISPR到底发展到啥程度了？如果现在才开始做，会不会算落
后了呢？
谢谢 |
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m*********D
发帖数: 1727 | 38 简单地说，就是ZFN和 TALEN利用蛋白质上AA和DNA的Nt的相互作用来识别DNA的序列,一
般识别的长度在9-18bp。它们往往是两个domain--一个用于DNA序列的识别，一个是切
割双链DNA。
CRISPR/Cas是一个蛋白-RNA complex.RNA用配对来识别特定的DNA序列，蛋白用来切割
双链DNA。识别的长度在20Nt。
切割完后，产生double strand break(DBS)。修复都靠细胞里面自己的系统。在有修复
模板（可以人工提供）的情况下，找模板来，你要提供就可以按你的设计引入mutation
等等；没有模板，细胞就自己连接两头，顺便会插入/删掉几个bp（indel)，这就导致
reading-fram-shift,基因失活。
CRISPR就目前来看，操作容易，识别的特异性高（长度大）。估计会取代前两个。
你可以详细读这篇：ZFN, TALEN, and CRISPR/Cas-based methods for genome
engineering
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S... 阅读全帖 |
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m****a
发帖数: 270 | 39 照你的意思，全世界所有的CRISPR的应用都以她的研究为基础，因为她预想了CRISPR能
用到各种方式，
所有CRISPR专利是不是都得归她？lol |
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w*****1
发帖数: 121 | 40 我们最近准备围绕crispr/cas9技术开发一系列的产品和服务体系，比如病毒包装业务
、靶向药筛、基因编辑治疗或CAR-T免疫治疗过程中的临床级病毒或T细胞体外扩增体系
等，这需要建立一系列的病毒库、稳转细胞库、转基因动物模型等。
目前我们已经可以开展一些简单的病毒包装服务，也有技术人员可以做转基因动物模型
，但仍需要有在crispr/cas9这块造诣较为深厚的技术领军人物能带领公司技术团队走
向更深入的应用研究。
我们公司在上海，有从体外到体内的完善技术平台，在全国范围内有较为丰富的临床资
源，如果确定了应用方向，需要大笔资金投入的话，我们也可以及时的引入风险资金。
要求：博士以上学历、拥有深厚的分子生物学背景，熟悉并精通crispr/cas9技术，至
少拥有3篇5分以上论著发表。
如有朋友感兴趣的可以与我联系（有认识的朋友也可以推荐），我们将提供有竞争力的
薪资和股权激励方案，在保证生活稳定的基础上与你一起创业分享成功果实。我的微信
：xizhongzhu，Email:[email protected]/* */ |
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A*****7
发帖数: 197 | 41 生物千老真的是非常苦的。。。 如果做全基因的测序， 可能大部分crispr 都会有拖
把效应。 但是， 不论目前是否完善， crispr 代表生物技术的重大突破， 等下一代
千老们去完善。。。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 43 光遗传学有好几个组共同贡献。张峰的屁挨着地写的就是光遗传学的工作。不过张在那
的贡献没有在crispr这里大。
等于是光遗传练了手，然后到crispr这里大展拳脚。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 44 丫物理出身，后来博后去做蛋白质，主要搞数据分析，测序。丫根本就不是细胞生物学
家/发育生物学家，跟医学更是不相关。
丫就一外行来蹭crispr的风头。根本就不负责的态度。
1. Yan Gao, Liwei Deng, Qin Yan, Yongqian Gao, Zengding Wu, Jinsen Cai,
Daorui Ji, Gailing Li, Ping Wu, Huan Jin, Luyang Zhao, Song Liu, Liangjin Ge
, Michael W. Deem, Jiankui He* (2016) “Single molecule targeted sequencing
for cancer gene mutation detection” Scientific Reports, 6:26110(pdf)
2. Ronghai Cheng, Ross Ka-Kit Leung, Yao Chen, Yidan Pan, Yin Tong, Zhoufang
Li, Luwen Ning, Xuefeng B. Ling, Jiankui He*... 阅读全帖 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 45 不是，CRISPR是切割DNA, RNA的大剪刀。
根据设计的guide RNA 决定切割点。病毒需要在人体细胞里释放自己的genome来复制自
己，这时候CRISPR/cas 9系统就可以上去咔咔咔剪成碎片，切断病毒复制。
只要病原体gemone一测出来，就可以设计guide RNA, 马上就可以给人用了。
这个系统成功了，人类就不怕任何病毒性传染病了。
第一时间响应，可以在几天之内拿出特效药。
也不怕病毒变异，变了重新设计个guide RNA, 一个小时的事情。 |
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P****Y
发帖数: 614 | 46 potential postdoc postion on CRISPR in top University at bay area
最好有过CRISPR 研究经验的。
人最好在美国，postdoc position 在湾区top university。 |
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h****n
发帖数: 2552 | 47 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: midwestPstD (中西部博士后), 信区: Biology
标 题: 请教CRISPR行家-HDR Template Design
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 18 16:24:10 2014, 美东)
看了Zhang Feng的Nature Protocol关于CRISPR的文章，Figure 6里面的ssDNA
template明显的效率比plasmid作template高。文章并没有明确说明哪个template好。
想了一下，ssDNA分子量比plasmid小多了，同样的ug template, ssDNA的分子数肯定多
多了，也许这是一个解释。
我自己在设计HDR template，想两边各一个Kb的homologous arm,中间有60-70bp 的
mutation insertion。这个两kb的DNA准备克隆到一个plasmid里面，sequencing确定
mutation后，就可以用作HDR template了。
想请教的是：需要把这个两Kb的template从plasmid里... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 48 【 以下文字转载自 Missouri 讨论区 】
发信人: CornucopiaX (小土豆), 信区: Missouri
标 题: Re: CRISPR的高超技巧 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 31 20:59:40 2017, 美东)
发信人: CornucopiaX (小土豆), 信区: Military
标 题: Re: CRISPR的高超技巧
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 31 20:57:59 2017, 美东)
是的。
我希望大家都对学生物的尊重一点。
没有生物学的发展，人类的生活质量不是这样的。
生物是非常了不起的专业。需要投入大量的人力物力精力和热情。中了儒毒的一些华人
真的很令人心碎。我的邻居(她是国内5等烂医学院毕业的，靠生物出国的），她们聪明
，都转行变成了统计的了，在FLAG 挣大钱。
她当年是这么形容生物的：那是农奴，付出与收入不成比例。。
我永远都忘不了那一幕。。。
可惜，她的儿子永远跟在我儿子后面跑，他们无可奈何的说：我儿子就是一个follower
,你们家的是leader...
时过境迁了，很多年了，不... 阅读全帖 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 49 还好吧
最近CRISPR比较火
很多杂志都争先恐后发这个题材的
然后用CRISPR做knock out的去年就连发了几篇
从人、老鼠、到斑马鱼
然后还有一篇是用回到细菌身上的
不过说什么“genome engineering”实在是个噱头
只能做Knock out，而且不能控制"knock out"基因的多长的一部分
不是什么想怎么加/减/替换都行的 |
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